| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-17页 |
| 1. 研究背景 | 第12-13页 |
| 2. 国内外研究现状、存在问题及发展趋势 | 第13-14页 |
| 3. 研究目的和意义 | 第14-15页 |
| 4. 论文的研究内容和创新性 | 第15-17页 |
| 4.1. 研究内容和方法 | 第15-16页 |
| 4.2. 研究创新性 | 第16-17页 |
| 第二章 包含定量可靠性的蛋白质相对定量方法研究 | 第17-33页 |
| 1. 概述 | 第17-18页 |
| 2. 材料和方法 | 第18-19页 |
| 2.1. 实验数据集 | 第18页 |
| 2.2. 数据搜库与质量控制 | 第18-19页 |
| 2.3. Max Quant和Proteome Discoverer的定量分析 | 第19页 |
| 3. 包含定量可靠性的蛋白质相对定量算法流程 | 第19-26页 |
| 3.1. 动态选峰误差算法 | 第20-21页 |
| 3.2. 同位素峰簇匹配模型 | 第21-22页 |
| 3.3. 肽段XIC构建时的过滤指标 | 第22-23页 |
| 3.4. 肽段定量可靠性打分 | 第23-25页 |
| 3.5. 肽段和蛋白质定量时的孤点排除方法 | 第25页 |
| 3.6. 蛋白质定量算法 | 第25-26页 |
| 4. 结果与讨论 | 第26-31页 |
| 4.1. 动态选峰误差算法效果评估 | 第26-27页 |
| 4.2. 定量准确性比较 | 第27-30页 |
| 4.3. 运行时间比较 | 第30-31页 |
| 4.4. 结果展示与分析 | 第31页 |
| 5. 本章小结 | 第31-33页 |
| 第三章 基于肽段定量效率指标的蛋白质绝对定量方法研究 | 第33-48页 |
| 1. 概述 | 第33-34页 |
| 2. 材料和方法 | 第34-40页 |
| 2.1. 实验设计 | 第34页 |
| 2.2. 细胞裂解和蛋白酶解 | 第34-35页 |
| 2.3. 质谱分析 | 第35页 |
| 2.4. Max Quant的定性和定量参数设置 | 第35-36页 |
| 2.5. 肽段定量效率指标Qscore构建 | 第36-37页 |
| 2.6. 肽段可检测性指标Dscore构建 | 第37-39页 |
| 2.7. 蛋白质绝对丰度模型评估 | 第39-40页 |
| 3. 结果与讨论 | 第40-47页 |
| 3.1. 肽段定量效率指标Qscore的回归效果评估 | 第40页 |
| 3.2. 肽段可检测性Dscore的分类效果评估 | 第40-41页 |
| 3.3. 定量准确性比较 | 第41-45页 |
| 3.4. 定量可重复性比较 | 第45-47页 |
| 4. 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 新型综合性并行化定量软件包PANDA的研发 | 第48-62页 |
| 1. 概述 | 第48页 |
| 2. 材料和方法 | 第48-49页 |
| 2.1. 实验数据集 | 第48-49页 |
| 2.2. 数据搜库与质控 | 第49页 |
| 3. PANDA的定量算法流程与设计框架 | 第49-54页 |
| 3.1. PANDA的无标定量算法流程 | 第50-51页 |
| 3.2. PANDA的母离子标记定量算法流程 | 第51页 |
| 3.3. PANDA的子离子标记定量算法流程 | 第51-52页 |
| 3.4. 并行化设计与架构 | 第52-53页 |
| 3.5. 交叉搜索算法的并行化 | 第53-54页 |
| 4. PANDA的结果展示与分析模块设计与开发 | 第54-59页 |
| 4.1. 差异蛋白质筛选流程 | 第55-56页 |
| 4.2. 定量结果的列表展示 | 第56-57页 |
| 4.3. 定量结果的可视化 | 第57-59页 |
| 5. 结果与讨论 | 第59-60页 |
| 6. 本章小结 | 第60-62页 |
| 第五章 蛋白质定量方法在大规模数据分析中的应用 | 第62-75页 |
| 1. 概述 | 第62-63页 |
| 2. 材料和方法 | 第63-65页 |
| 2.1. 实验设计 | 第63-64页 |
| 2.2. 实验数据集 | 第64页 |
| 2.3. 蛋白质组数据鉴定与质量控制 | 第64页 |
| 2.4. 大规模蛋白质组数据定量分析流程 | 第64-65页 |
| 3. 结果与讨论 | 第65-73页 |
| 3.1. 蛋白质组数据定量概况 | 第65-68页 |
| 3.2. 多组学数据整合分析 | 第68-70页 |
| 3.3. 蛋白质丰度与功能的关系 | 第70-72页 |
| 3.4. 多组学定量数据的动态范围 | 第72-73页 |
| 4. 本章小结 | 第73-75页 |
| 第六章 总结与展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 附录 | 第83-88页 |
| 综述 | 第88-109页 |
| 参考文献 | 第102-109页 |
| 代表性论著 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-112页 |
| 个人简历 | 第112-113页 |
