尿素通道dvUT通透机理的分子动力学模拟
| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-22页 |
| ·分子动力学模拟的研究现状 | 第9-17页 |
| ·分子动力学模拟概述 | 第9-10页 |
| ·分子动力学模拟的研究现状 | 第10-11页 |
| ·分子动力学模拟在膜蛋白中的成功应用 | 第11页 |
| ·分子动力学模拟的两种方法 | 第11-12页 |
| ·力场 | 第12-14页 |
| ·分子动力学模拟软件NAMD | 第14-15页 |
| ·分子动力学模拟结果分析软件VMD | 第15页 |
| ·分子动力学模拟的操作流程 | 第15-17页 |
| ·尿素通道蛋白的研究现状 | 第17-19页 |
| ·尿素通道蛋白概述 | 第17页 |
| ·脱硫弧菌尿素通道(dvUT)的结构特征 | 第17-19页 |
| 参考文献 | 第19-22页 |
| 第二章 立题依据与实验设计 | 第22-23页 |
| 第三章 材料与方法 | 第23-30页 |
| ·模拟体系的构建 | 第23-26页 |
| ·利用同源建模软件Modeller补全残基 | 第23-24页 |
| ·替换二甲基脲为尿素分子 | 第24-25页 |
| ·旋转产生三个单体 | 第25页 |
| ·组合单体产生三聚体的psf和pdb文件 | 第25页 |
| ·水合当前体系并确定跨膜区域 | 第25-26页 |
| ·将蛋白插入膜中并加入水盒子与离子 | 第26页 |
| ·软件及力场 | 第26-28页 |
| ·模拟过程 | 第28页 |
| ·预平衡 | 第28页 |
| ·平衡 | 第28页 |
| ·无尿素体系的模拟 | 第28-29页 |
| 参考文献 | 第29-30页 |
| 第四章 结果与讨论 | 第30-52页 |
| ·含尿素体系——尿素分子的通透机理 | 第30-47页 |
| ·蛋白构象变化 | 第30-34页 |
| ·尿素分子在蛋白中的稳定 | 第34-41页 |
| ·水分子对于尿素分子运输的作用 | 第41-43页 |
| ·尿素分子在蛋白孔道运输过程中的阻碍 | 第43-45页 |
| ·蛋白孔道外的区域 | 第45-46页 |
| ·dvUT以同三聚体形式存在 | 第46页 |
| ·三聚体形成的中央孔道 | 第46-47页 |
| ·无尿素体系——水分子的通透特征 | 第47-51页 |
| ·水分子在dvUT中的通透性 | 第47页 |
| ·dvUT孔道半径的变化 | 第47-48页 |
| ·水分子在SF区的分布 | 第48-49页 |
| ·水分子在SF区的特征 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-52页 |
| 第五章 结论 | 第52-54页 |
| 在学期间的研究成果 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
