| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-22页 |
| ·SMD——在计算机上实现AFM实验 | 第9-10页 |
| ·恒力与恒速SMD概述 | 第10-11页 |
| ·NAMD中实现SMD的方法 | 第11-13页 |
| ·直接在NAMD的conf文件中设置 | 第11-12页 |
| ·利用tclforce | 第12-13页 |
| ·利用tclBC | 第13页 |
| ·利用cv-SMD结果重构平均力势(PMF) | 第13-14页 |
| ·SMD在生物体系中的成功运用 | 第14页 |
| ·尿素通道蛋白的研究进展 | 第14页 |
| ·脱硫弧菌尿素通道蛋白的结构概述 | 第14-19页 |
| 参考文献 | 第19-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-31页 |
| ·初始体系的构建 | 第22-23页 |
| ·预备体系的构建与平衡 | 第22页 |
| ·SMD初始体系的构建 | 第22-23页 |
| ·恒力SMD模拟 | 第23-24页 |
| ·恒速SMD模拟 | 第24-29页 |
| 参考文献 | 第29-31页 |
| 第三章 结果及分析 | 第31-49页 |
| ·尿素分子在恒定拉力引导下的SMD模拟 | 第31-35页 |
| ·尿素分子在恒定速度引导下的SMD模拟 | 第35-48页 |
| ·尿素分子与dvUT关键结构的静电相互作用 | 第36-41页 |
| ·尿素分子沿通道轴的取向 | 第41-42页 |
| ·尿素分子的水合状态以及与水的静电相互作用 | 第42-43页 |
| ·尿素分子沿dvUT通道轴运动的平均力势(PMF) | 第43-48页 |
| 参考文献 | 第48-49页 |
| 第四章 结论及意义 | 第49-52页 |
| 在学期间的研究成果 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53页 |