胶质类芽孢杆菌KNP414抗逆比较基因组及氮饥饿的转录组分析
| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 目录 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-37页 |
| 1 多糖研究进展 | 第15-23页 |
| ·胞外多糖的概述 | 第15-16页 |
| ·胞外多糖的组成 | 第16页 |
| ·胞外多糖的功能 | 第16-17页 |
| ·细菌的保护屏障 | 第17-18页 |
| ·细胞-细胞的识别和互作 | 第18页 |
| ·参与生物膜的形成 | 第18-19页 |
| ·细菌多糖合成的研究进展 | 第19页 |
| ·单糖的合成及其活化 | 第19-21页 |
| ·糖基转移酶 | 第21-22页 |
| ·细菌胞外多糖基因簇的研究 | 第22-23页 |
| 2 芽孢形成的研究进展 | 第23-29页 |
| ·芽孢形成的不同阶段 | 第23-24页 |
| ·芽孢的结构 | 第24页 |
| ·芽孢形成的相关基因 | 第24-25页 |
| ·调控基因 spo0A | 第25-26页 |
| ·调控基因 sigF | 第26页 |
| ·调控基因 sigE | 第26-27页 |
| ·调控基因 sigG | 第27页 |
| ·调控基因 sigK | 第27-29页 |
| 3 氮应激反应 | 第29-31页 |
| ·节约化利用氮源 | 第29页 |
| ·氨同化的途径 | 第29-30页 |
| ·氨基酸代谢的调控 | 第30-31页 |
| ·固氮 | 第31页 |
| 4 胶质类芽孢杆菌的研究进展 | 第31-36页 |
| ·类芽孢杆菌属的研究进展 | 第31-32页 |
| ·类芽孢杆菌属固氮功能的研究进展 | 第32-33页 |
| ·胶质类芽孢杆菌 | 第33页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的分布及其特征 | 第33-34页 |
| ·胶质类芽孢杆菌胞外多糖的研究进展 | 第34页 |
| ·胞外多糖在不溶性矿物分解过程中发挥的作用 | 第34-35页 |
| ·胞外多糖在絮凝过程中发挥的作用 | 第35-36页 |
| 5. 课题的立题依据及意义 | 第36-37页 |
| 第二章 比较基因组学分析 | 第37-59页 |
| 1 实验材料 | 第37-38页 |
| ·菌株基因组数据 | 第37-38页 |
| ·分析软件 | 第38页 |
| 2 比较基因组的分析方法 | 第38-39页 |
| ·Blast 本地化构建 | 第38-39页 |
| ·代谢途径分析 | 第39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-57页 |
| ·胞外多糖合成相关基因的分析 | 第40-47页 |
| ·单糖合成与转运相关基因的分析 | 第40-41页 |
| ·核苷酸糖合成相关基因的分析 | 第41-43页 |
| ·糖基转移酶基因的分析 | 第43-44页 |
| ·多糖转运蛋白基因的分析 | 第44-47页 |
| ·芽孢形成相关基因分析 | 第47-50页 |
| ·芽孢形成的调控基因 | 第47-49页 |
| ·芽孢形成的结构基因 | 第49-50页 |
| ·氮应激相关基因的分析 | 第50-57页 |
| ·氨基酸代谢相关基因的分析 | 第51-54页 |
| ·氨同化相关基因的分析 | 第54-56页 |
| ·固氮基因的分析 | 第56-57页 |
| 4 小结与讨论 | 第57-59页 |
| 第三章 氮饥饿条件下的转录组分析 | 第59-82页 |
| 1 实验材料 | 第59-60页 |
| ·转录组数据 | 第59页 |
| ·菌株 | 第59页 |
| ·培养基的配置 | 第59-60页 |
| ·主要仪器设备 | 第60页 |
| 2 实验方法 | 第60-63页 |
| ·表型分析 | 第60-61页 |
| ·菌体培养 | 第60页 |
| ·荚膜与芽孢染色 | 第60-61页 |
| ·转录组分析 | 第61-62页 |
| ·RNA 的提取 | 第61页 |
| ·差异表达基因的分析 | 第61-62页 |
| ·转录组数据可靠性的荧光定量 PCR 验证 | 第62-63页 |
| ·荧光定量 PCR 引物设计 | 第62页 |
| ·荧光定量 PCR | 第62-63页 |
| 3 结果与分析 | 第63-80页 |
| ·氮饥饿条件下的表型分析 | 第63-65页 |
| ·氮饥饿条件下的转录组分析 | 第65-79页 |
| ·胞外多糖合成相关基因差异表达的分析 | 第65-73页 |
| ·在氮饥饿条件下芽孢形成相关基因表达量的分析 | 第73-76页 |
| ·在氮饥饿条件下氮代谢相关基因的表达分析 | 第76-79页 |
| ·荧光定量 PCR 对转录组数据的可靠性验证 | 第79-80页 |
| 4 小结与分析 | 第80-82页 |
| 总结 | 第82-85页 |
| 参考文献 | 第85-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
