| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-30页 |
| ·引言 | 第13页 |
| ·根瘤菌多样性研究进展 | 第13-19页 |
| ·根瘤菌表型多样性研究 | 第14-17页 |
| ·根瘤菌遗传多样性研究 | 第17-19页 |
| ·根瘤菌的分类系统 | 第19-21页 |
| ·早期根瘤菌的分类系统 | 第20页 |
| ·现代根瘤菌的分类系统 | 第20-21页 |
| ·根瘤菌的系统发育研究 | 第21-27页 |
| ·根瘤菌系统发育研究历史及现状 | 第21-22页 |
| ·基因序列建立的根瘤菌系统发育关系 | 第22-24页 |
| ·根瘤菌的最新分类系统 | 第24-27页 |
| ·立题依据及目的 | 第27-30页 |
| ·慢生根瘤菌属Bradyrhizobium的多样性 | 第27-28页 |
| ·立题依据及目的 | 第28-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-56页 |
| ·土样来源 | 第30页 |
| ·采样地概况 | 第30页 |
| ·样品采集及保存 | 第30页 |
| ·仪器、试剂、培养基及营养液 | 第30-34页 |
| ·试验仪器 | 第30-31页 |
| ·主要试剂 | 第31-32页 |
| ·培养基 | 第32-33页 |
| ·营养液 | 第33-34页 |
| ·大豆根瘤菌的分离、纯化及保存 | 第34-44页 |
| ·共生结瘤 | 第34-35页 |
| ·根瘤的收集 | 第35页 |
| ·大豆根瘤菌的分离、纯化及保存 | 第35-43页 |
| ·供试大豆根瘤菌 | 第43-44页 |
| ·DNA提取、PCR扩增及测序 | 第44-48页 |
| ·基因选取策 | 第44-45页 |
| ·细菌基因组DNA提取 | 第45页 |
| ·PCR扩增及产物纯化 | 第45-47页 |
| ·PCR产物测序 | 第47-48页 |
| ·核苷酸序列分析 | 第48-49页 |
| ·多序列比对 | 第48页 |
| ·各基因序列多态性分析 | 第48页 |
| ·分离株的序列类型(Sequence Type,ST) | 第48-49页 |
| ·phi检验 | 第49页 |
| ·Structure分析 | 第49-50页 |
| ·数据格式及参数设定 | 第49页 |
| ·群体分群数(K)的估计 | 第49-50页 |
| ·群体结构分析 | 第50页 |
| ·看家基因系统发育分析 | 第50-52页 |
| ·模型选择 | 第50页 |
| ·系统发育重建 | 第50-51页 |
| ·系统发育网络分析 | 第51页 |
| ·一致性检验 | 第51-52页 |
| ·ClonalFrame分析 | 第52页 |
| ·数据格式及参数设置 | 第52页 |
| ·重组对系统发育的影响 | 第52页 |
| ·推断重组事件 | 第52页 |
| ·推断种群历史 | 第52页 |
| ·Unifrac分析 | 第52-53页 |
| ·MLST分析 | 第53-54页 |
| ·共生基因nodC序列分析 | 第54页 |
| ·nodC基因序列 | 第54页 |
| ·nodC系统发育分析 | 第54页 |
| ·卡方测定 | 第54页 |
| ·固氮相对有效性 | 第54-56页 |
| ·供试材料 | 第54页 |
| ·豆科植物试验 | 第54-55页 |
| ·RE测定 | 第55-56页 |
| 第三章 结果与分析 | 第56-89页 |
| ·看家基因序列分析 | 第56-59页 |
| ·看家基因序列的多样性 | 第56-57页 |
| ·看家基因的序列类型及频率 | 第57-59页 |
| ·STRUCTURE分析 | 第59-61页 |
| ·大豆根瘤菌的系统发育关系 | 第61-74页 |
| ·单个看家基因系统发育分析 | 第61-69页 |
| ·Randomization Test | 第69-71页 |
| ·系统发育网络 | 第71-74页 |
| ·ClonalFrame分析 | 第74-79页 |
| ·重组对系统发育推断的影响 | 第74页 |
| ·重组事件 | 第74-78页 |
| ·重组率与突变率 | 第78-79页 |
| ·最近的种群历史 | 第79页 |
| ·采样地及大豆栽培种的影响 | 第79-81页 |
| ·MLST分型 | 第81-83页 |
| ·nodC序列的多样性 | 第83-86页 |
| ·固氮相对有效性 | 第86-89页 |
| 第四章 讨论 | 第89-94页 |
| 附录1 | 第94-100页 |
| 附录2 | 第100-101页 |
| 附录3 | 第101-102页 |
| 附录4 | 第102-103页 |
| 附录5 | 第103-112页 |
| 参考文献 | 第112-124页 |
| 在读期间发表科研论文情况 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |