| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-28页 |
| §1.1 基本知识 | 第13-17页 |
| §1.2 系统生物学 | 第17-20页 |
| §1.3 细胞内生化反应系统的建模和仿真 | 第20-25页 |
| §1.3.1 宏观模型 | 第20-21页 |
| §1.3.2 介观模型 | 第21-25页 |
| §1.4 本文的工作 | 第25-28页 |
| 第二章 直接加速SSA的随机模拟算法 | 第28-47页 |
| §2.1 引言 | 第28-33页 |
| §2.2 概率权重的动力学蒙特卡罗算法 | 第33-35页 |
| §2.3 改进的概率权重的动力学蒙特卡罗算法 | 第35-36页 |
| §2.4 数值模拟 | 第36-47页 |
| 第三章 基于数据分析的加速的随机模拟算法 | 第47-61页 |
| §3.1 引言 | 第47-49页 |
| §3.2 "所有可能的步进"(APS)算法 | 第49-52页 |
| §3.3 "最后所有可能的步进"(FAPS)算法 | 第52-54页 |
| §3.4 "最后所有可能的步进"leap(FAPS leap)算法 | 第54-55页 |
| §3.5 数值模拟 | 第55-61页 |
| §3.5.1 对独立双通道系统的数值模拟 | 第55-57页 |
| §3.5.2 对降解-二聚化模型的数值模拟 | 第57-61页 |
| 第四章 时滞生化反应系统的随机模拟算法 | 第61-76页 |
| §4.1 引言 | 第61-64页 |
| §4.2 时滞生化反应系统的精确随机模拟算法 | 第64-68页 |
| §4.3 时滞生化反应系统的加速的随机模拟算法 | 第68-72页 |
| §4.3.1 基于算法本身的加速的算法 | 第68-70页 |
| §4.3.2 基于数据分析的加速的算法 | 第70-72页 |
| §4.4 数值模拟 | 第72-76页 |
| §4.4.1 对双通道系统的数值模拟 | 第72-74页 |
| §4.4.2 对有负反馈的基因表达系统的数值模拟 | 第74-76页 |
| 第五章 非齐性空间的随机模拟算法 | 第76-97页 |
| §5.1 引言 | 第76-79页 |
| §5.2 非齐性空间的精确随机模拟算法 | 第79-82页 |
| §5.3 改进的非齐性空间的精确随机模拟算法及数值模拟 | 第82-92页 |
| §5.3.1 改进的下一子空间方法 | 第84-88页 |
| §5.3.2 数值模拟 | 第88-92页 |
| §5.4 加速的非齐性空间的随机模拟算法 | 第92-97页 |
| 第六章 结论与展望 | 第97-99页 |
| §6.1 本文的工作总结 | 第97-98页 |
| §6.2 对未来研究的展望 | 第98-99页 |
| 附录 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-109页 |
| 作者在攻读博士学位期间完成的论文 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110页 |