利用cDNA/EST序列大规模开发内含子多态性标记的研究
| 目录 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 前言 | 第12-14页 |
| 文献综述 | 第14-26页 |
| 1 几个主要分子标记的原理与特点 | 第14-17页 |
| ·RFLP | 第14-15页 |
| ·RAPD | 第15页 |
| ·AFLP | 第15-16页 |
| ·SSR | 第16-17页 |
| ·SNP | 第17页 |
| 2 内含子的特点及相关分子标记 | 第17-21页 |
| ·内含子的分类 | 第17-18页 |
| ·内含子的功能研究 | 第18页 |
| ·内含子长度与密度 | 第18-19页 |
| ·内含子位置的保守性 | 第19-20页 |
| ·内含子相关标记 | 第20-21页 |
| 3 EST分子标记开发 | 第21-26页 |
| ·EST分子标记的类型及特点 | 第21-22页 |
| ·EST标记的开发策略 | 第22-26页 |
| 第一章 潜在内含子多态性标记的开发 | 第26-41页 |
| ·材料和方法 | 第26-29页 |
| ·序列数据来源 | 第26页 |
| ·PIP标记开发的原理 | 第26-28页 |
| ·开发PIP标记的方法 | 第28-29页 |
| ·PIP标记的命名 | 第29页 |
| ·PIP标记的批量设计开发环境 | 第29页 |
| ·结果与分析 | 第29-39页 |
| ·开发的PIP标记 | 第29-30页 |
| ·PIP标记数据库 | 第30-34页 |
| ·PIP标记的可靠性和实用性 | 第34-39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| ·PIP标记在比较基因组学研究中的应用价值 | 第39页 |
| ·内含子长度的相关性分析 | 第39-40页 |
| ·PIP标记数据库的更新和应用前景 | 第40-41页 |
| 第二章 内含子长度多态性标记的开发和应用 | 第41-49页 |
| ·材料与方法 | 第41-43页 |
| ·棉花材料 | 第41页 |
| ·DNA的提取 | 第41-42页 |
| ·棉花PIP标记的筛选与引物合成 | 第42页 |
| ·PCR扩增和电泳检测 | 第42-43页 |
| ·ILP标记多态性水平的评价 | 第43页 |
| ·棉属系统发生树的构建 | 第43页 |
| ·结果与分析 | 第43-46页 |
| ·棉花PIP标记的扩增情况 | 第43-45页 |
| ·棉花中的ILP水平 | 第45-46页 |
| ·棉属的系统发生树 | 第46页 |
| ·讨论 | 第46-49页 |
| ·ILP标记的评价 | 第46-47页 |
| ·ILP标记的应用 | 第47页 |
| ·ILP标记的局限性 | 第47-49页 |
| 第三章 内含子单核苷酸多态性检测方法的研究 | 第49-64页 |
| ·材料与方法 | 第49-57页 |
| ·材料 | 第49页 |
| ·DNA的提取、PCR扩增和电泳 | 第49页 |
| ·对未知SNP的检测(简化TILLING法) | 第49-51页 |
| ·对已知SNP的检测(引物长度差别PCR法) | 第51-57页 |
| ·结果与分析 | 第57-61页 |
| ·simTILLING的结果与分析 | 第57-58页 |
| ·sPLD-PCR的结果与分析 | 第58-60页 |
| ·mPLD-PCR的结果与分析 | 第60-61页 |
| ·讨论 | 第61-64页 |
| ·PCR试验所需杂种DNA的获得 | 第61页 |
| ·CEL Ⅰ酶切在ISNP标记开发中的应用 | 第61页 |
| ·用CEL Ⅰ酶切法大规模检测ISNP的可能性 | 第61-62页 |
| ·EST-SNP标记的优点 | 第62-63页 |
| ·EST-SNP标记的局限性 | 第63页 |
| ·ISNP标记的应用前景 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-77页 |
| 附表1 PIP标记数据库中的物种及标记个数信息表 | 第77-79页 |
| 附表2 合成的棉花PIP标记列表 | 第79-89页 |
| 附录1 所用栽培棉花材料介绍 | 第89-91页 |
| 附录2 改良的棉花基因组DNA的提取、分离和纯化 | 第91-93页 |
| 附录3 Tag酶的提取方法 | 第93-95页 |
| 附录4 非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳的方法 | 第95-96页 |
| 附录5 CEL Ⅰ酶的提取 | 第96-97页 |
| 附录6 CEL Ⅰ酶切 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
