| 致谢 | 第1-8页 |
| 缩写词 | 第8-9页 |
| 图一览表 | 第9-11页 |
| 表一览表 | 第11-12页 |
| 摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-19页 |
| 第1章 文献综述 | 第19-45页 |
| ·植物基因组的倍增事件 | 第19-24页 |
| ·禾本科植物的基因组共线性 | 第24-26页 |
| ·植物小RNA | 第26-40页 |
| ·microRNA | 第29-33页 |
| ·SiRNA | 第33页 |
| ·tasiRNA | 第33-37页 |
| ·小RNA代谢途径相关蛋白 | 第37-38页 |
| ·TAS3基因 | 第38-40页 |
| ·miR156基因家族 | 第40页 |
| ·系统发育树的构建方法和工具 | 第40-45页 |
| ·多序列联配常用工具 | 第41页 |
| ·系统发育树的推断和评估 | 第41-43页 |
| ·系统发育树构建的常用软件 | 第43-45页 |
| 第2章 水稻等禾本科TAS3基因的比较与分子进化分析 | 第45-71页 |
| ·材料和方法 | 第46-50页 |
| ·材料 | 第46页 |
| ·TAS3基因的计算识别 | 第46-47页 |
| ·PCR扩增和测序 | 第47页 |
| ·TAS3基因序列分析 | 第47-50页 |
| ·结果和讨论 | 第50-71页 |
| ·禾本科中TAS3基因的计算识别 | 第50-52页 |
| ·TAS3基因的PCR扩增和测序 | 第52-54页 |
| ·TAS3基因的系统发育分析 | 第54-59页 |
| ·相位的保守性 | 第59-63页 |
| ·TAS3-like基因座位 | 第63-65页 |
| ·TAS3基因的进化 | 第65-66页 |
| ·TAS基因的起源 | 第66-69页 |
| ·相位改变导致的TAS3基因的进化 | 第69-71页 |
| 第3章 水稻MIR156b/c基因的进化与选择分析 | 第71-85页 |
| ·材料和方法 | 第72-75页 |
| ·材料 | 第72-74页 |
| ·PCR扩增和测序 | 第74-75页 |
| ·基因组数据 | 第75页 |
| ·序列分析 | 第75页 |
| ·结果和讨论 | 第75-85页 |
| ·基因组倍增驱动的MIR156b/c的进化 | 第75-81页 |
| ·禾本科作物之间MIR156b/c的高度保守性 | 第81-83页 |
| ·MIR156b/c的遗传多样性和选择 | 第83-85页 |
| 第4章 水稻小RNA的全基因组分析 | 第85-100页 |
| ·材料和方法 | 第85-86页 |
| ·数据来源 | 第85页 |
| ·序列分析 | 第85-86页 |
| ·表达差异的统计分析 | 第86页 |
| ·结果和讨论 | 第86-100页 |
| ·小RNA序列的概况 | 第86-87页 |
| ·产生小RNA位点的分布 | 第87-91页 |
| ·在种子两个发育时期表达存在差异的基因座位 | 第91页 |
| ·水稻基因组复制块上小RNA分布的差异 | 第91-100页 |
| 参考文献 | 第100-110页 |
| 作者简历 | 第110页 |