分子对接多目标优化算法研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-19页 |
| ·药物研发概况 | 第8-9页 |
| ·计算机辅助药物分子设计 | 第9-11页 |
| ·分子对接方法研究现状 | 第11-15页 |
| ·分子柔性 | 第11-13页 |
| ·溶剂效应 | 第13页 |
| ·构造打分函数 | 第13-14页 |
| ·构象搜索方法 | 第14-15页 |
| ·多目标优化算法 | 第15-17页 |
| ·多目标优化理论的发展 | 第15页 |
| ·多目标优化问题的解法 | 第15-17页 |
| ·多目标优化方法的应用 | 第17页 |
| ·本文主要研究内容 | 第17-19页 |
| 2 分子对接方法 | 第19-33页 |
| ·分子对接基本原理 | 第19-23页 |
| ·理论基础 | 第20页 |
| ·锁钥模型 | 第20-21页 |
| ·诱导契合模型 | 第21-22页 |
| ·构象选择-诱导理论 | 第22-23页 |
| ·分子对接优化模型 | 第23-28页 |
| ·基本模型 | 第23页 |
| ·设计变量和约束条件 | 第23-25页 |
| ·打分函数 | 第25-28页 |
| ·分子对接优化方法 | 第28-30页 |
| ·系统方法 | 第29页 |
| ·随机方法 | 第29-30页 |
| ·确定性搜索 | 第30页 |
| ·几种有代表性的分子对接软件 | 第30-33页 |
| ·DOCK | 第31页 |
| ·AutoDOCK | 第31-32页 |
| ·FlexX | 第32页 |
| ·GOLD | 第32-33页 |
| 3 分子对接多目标优化方法 | 第33-47页 |
| ·基本模型 | 第33-36页 |
| ·目标函数 | 第33-35页 |
| ·约束及设计变量 | 第35-36页 |
| ·多目标优化模型的转化 | 第36-39页 |
| ·凝聚函数法 | 第36-39页 |
| ·转化为单目标优化问题 | 第39页 |
| ·基于信息熵的多种群遗传算法 | 第39-45页 |
| ·遗传算法概述 | 第40-42页 |
| ·主要策略 | 第42-43页 |
| ·基于信息熵的空间收敛准则 | 第43-45页 |
| ·遗传算法流程 | 第45页 |
| ·分子对接程序的描述 | 第45-47页 |
| 4 对接测试及结果讨论 | 第47-55页 |
| ·测试准备 | 第47页 |
| ·测试集 | 第47页 |
| ·预处理 | 第47页 |
| ·测试集结果与讨论 | 第47-55页 |
| ·评估标准 | 第48-49页 |
| ·对接精度比较分析 | 第49-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
