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龙眼体胚发生过程中的CDC48和GPX基因克隆与表达

摘要第1-21页
Abstract第21-25页
第一章 引言第25-44页
 1 植物体细胞胚胎发生的分子生物学研究进展第25-29页
   ·体细胞胚发生过程中的相关基因的表达第26-27页
     ·细胞周期相关基因第26页
     ·体胚发生晚期丰富蛋白(LEA)基因第26-27页
     ·Atgrp-5(glycine-rich protein gene)基因第27页
   ·体细胞胚发生中的特异蛋白质第27-29页
     ·阿拉伯半乳聚糖蛋白(AGPs)与体胚发育的关系第27-28页
     ·热激蛋白(HSPs)体胚发育的关系第28页
     ·体细胞胚发生相关类受体蛋白激酶(SERK)第28页
     ·Eps蛋白与体胚发育的关系第28-29页
     ·葡聚糖酶第29页
 2 植物细胞周期调控及其研究现状第29-35页
   ·细胞周期简介第29-30页
   ·细胞周期调控第30-31页
     ·细胞周期蛋白(cyclin)第30页
     ·CDK(依赖于细胞周期蛋白的激酶)第30-31页
     ·CDKI(细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子)第31页
     ·APC(分裂后期促进因子)第31页
   ·细胞周期的调控过程第31-32页
   ·CDC48(cell division cycle 48)第32-35页
     ·AAA(ATPase associated with various cellular activities)蛋白的结构第32-33页
     ·CDC48/p97 与泛素依赖蛋白降解途径的关系第33页
     ·Cdc48p在细胞内的功能第33-35页
 3 植物体内活性氧(ROS)的产生与伤害机理第35-39页
   ·ROS 的产生机理第36页
   ·ROS 对细胞成分的伤害第36页
   ·活性氧的清除机制第36-38页
     ·超氧化物歧化化酶(SOD)第37页
     ·过氧化氢酶(CAT)第37-38页
     ·抗坏血酸过氧化酶(APX)第38页
     ·谷胱甘肽过氧化酶(GPX)第38页
     ·谷胱甘肽(GSH)第38页
     ·抗坏血酸第38页
   ·GPX 的研究现状第38-39页
     ·动物体GPX 的研究现状第38-39页
     ·植物体GPX 的研究进展第39页
     ·植物体磷脂氢过氧化物谷胱甘肽过氧化物(PHGPX)第39页
 4 龙眼生物技术研究进展第39-42页
   ·龙眼离体器官发生第40页
   ·龙眼体细胞胚胎发生第40-41页
   ·龙眼基因工程研究进展第41页
   ·龙眼体胚发生的分子生物学研究进展第41-42页
   ·龙眼体细胞发生过程蛋白质表达研究进展第42页
 5 本研究主要内容及意义第42-44页
   ·主要研究内容第42-43页
     ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因克隆及表达第42页
     ·龙眼胚性愈伤组织 GPX 基因克隆及表达第42-43页
   ·本研究意义第43-44页
第二章 龙眼胚性愈伤组织CDC48基因克隆及生物信息学分析第44-109页
 第一节 龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因克隆第44-72页
  1 材料与方法第44-57页
   ·材料第44-45页
     ·供试材料第44-45页
     ·供试菌种第45页
     ·仪器和试剂第45页
   ·方法第45-57页
     ·龙眼胚性愈伤组织总RNA 的提取方法和浓度检测第45-46页
     ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因cDNA 第一次保守区的克隆第46-48页
     ·龙眼胚性愈伤组织 CDC48 基因第二次保守区扩增第48-49页
     ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因cDNA 的3′RACE第49-51页
     ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因的cDNA 的5′RACE 扩增第51-53页
     ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因cDNA 的全长开放阅读框(ORF)的克隆第53-57页
     ·序列拼接第57页
     ·全长序列分析第57页
  2 结果与分析第57-70页
   ·龙眼胚性愈伤组织总RNA 提取纯度与浓度检测第57-58页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 cDNA 第一次保守区的克隆第58-60页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 cDNA 第二次保守区的克隆第60-61页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 的cDNA 的3' RACE 克隆结果第61-63页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 的cDNA 的5' RACE 克隆结果第63-64页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因全长序列拼接结果第64-66页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 cDNA 的ORF 克隆结果第66-68页
     ·3 个片段的扩增第66-67页
     ·1+2 片段(1 号片段和2 号片段)与3 号片段连接第67-68页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因序列分析第68-70页
     ·核苷酸序列同源性比较第68-69页
     ·龙眼 CDC48 编码基因开放阅读框氨基酸序列分析第69-70页
  3 讨论第70-72页
   ·关于利用RACE 的方法克隆龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因的难点分析第70-71页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 可能是AAA 蛋白家族成员之一第71-72页
   ·CDC48 基因在龙眼体胚发生中的作用第72页
 第二节 龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因原核表达第72-83页
  1 材料与方法第72-78页
   ·材料第72-73页
     ·供试材料第72-73页
     ·供试菌种和载体第73页
     ·试剂第73页
   ·方法第73-78页
     ·龙眼CDC48 基因表达载体的构建第73-75页
     ·重组质粒的诱导表达以及SDS-PAGE 分析第75-78页
  2 结果与分析第78-81页
   ·PET28a-CDC48 表达载体构建第78-79页
   ·重组质粒 PET28a-CDC48 原核表达分析第79-81页
  3 讨论第81-83页
   ·关于温度对原核表达的影响第81-82页
   ·龙眼 CDC48 基因原核表达在生产上的意义第82-83页
 第三节 龙眼胚性愈伤组织CDC48 DNA 全长的克隆第83-92页
  1 材料与方法第83-85页
   ·供试材料第83页
   ·仪器与试剂第83-84页
     ·主要试验试剂第83页
     ·主要溶液的配制第83-84页
   ·方法第84-85页
     ·龙眼胚性愈伤组织总 DNA 的提取方法第84页
     ·龙眼胚性愈伤组织基因组DNA 检测第84-85页
     ·龙眼胚性愈伤组织基因组DNA CDC48 基因全长(ORF)PCR 扩增第85页
  2. 结果与分析第85-91页
   ·龙眼胚性愈伤组织基因组DNA 的提取的效果第85-86页
   ·3 个片段的扩增和3 个片段连接的扩增结果第86-90页
     ·3 个片段的扩增结果第86-88页
     ·3 个片段连接的扩增结果第88-90页
   ·龙眼 CDC48 编码基因内含子分析第90-91页
  3 讨论第91-92页
   ·交错延伸 PCR 技术的应用第91-92页
   ·龙眼胚性愈伤组织 CDC48 基因 DNA 全长获得的意义第92页
 第四节 龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因的生物信息学分析第92-109页
  1. 材料与方法第92-93页
   ·材料第92页
   ·方法第92-93页
  2 结果与分析第93-107页
   ·蛋白质理化性质预测与分析第93-96页
   ·同源蛋白质家族比较分析第96-97页
   ·龙眼 CDC48 信号肽的预测和分析第97页
   ·龙眼CDC48 亚细胞定位预测与分析第97-98页
   ·龙眼 CDC48 蛋白的跨膜结构预测与分析第98-99页
   ·龙眼 CDC48 蛋白卷曲螺旋结构的预测与分析第99页
   ·龙眼 CDC48 蛋白质二级结构预测与分析第99-100页
   ·龙眼CDC48 磷酸化位点预测与分析第100-101页
   ·龙眼 CDC48 保守结构域与功能域分析第101-103页
   ·龙眼CDC48 其他功能点预测和分析第103页
   ·龙眼CDC48三维结构的预测和分析第103-104页
   ·龙眼CDC48 分子系统发育预测与分析第104-106页
   ·龙眼CDC48 基因功能的预测与分析第106-107页
  3 讨论第107-109页
   ·关于生物信息学重要性和准确性第107页
   ·用生物信息学推测龙眼 CDC48 在体胚中的作用机理第107-109页
第三章 龙眼胚性愈伤组织GPX 基因克隆及生物信息学分析第109-158页
 第一节 龙眼胚性愈伤组织GPX 基因cDNA 克隆第109-128页
  1 材料与方法第110-116页
   ·材料第110页
     ·供试材料第110页
     ·供试菌种第110页
     ·仪器和试剂第110页
   ·方法第110-116页
     ·龙眼愈伤组织总RNA 的提取方法和浓度检测第110页
     ·龙眼愈伤组织GPX 基因cDNA 保守区的克隆第110-111页
     ·龙眼愈伤组织GPX 基因cDNA 的3′RACE第111-112页
     ·龙眼愈伤组织GPX 基因cDNA 的5' RACE第112-115页
     ·龙眼愈伤组织GPX 基因cDNA 全开放阅读框的克隆第115页
     ·全长序列拼接第115-116页
     ·全长序列分析第116页
  2 结果与分析第116-126页
   ·龙眼胚性愈伤组织总RNA 提取纯度与浓度检测第116页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 的cDNA 的保守区的克隆第116-118页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 的cDNA 的3' RACE 的克隆第118-119页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 基因cDNA 的5' RACE 的克隆第119-120页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 基因全长序列拼接第120-122页
   ·龙眼胚性愈伤组织中 GPX 的cDNA 的ORF 扩增结果第122页
   ·龙眼胚性愈伤组织中GPX 基因序列分析第122-124页
     ·核苷酸序列同源性比较第122-123页
     ·龙眼 GPX 编码基因开放阅读框氨基酸序列分析第123-124页
   ·推测龙眼胚性愈伤组织GPX 基因是PHGPX 基因第124-126页
     ·多重序列分析推测第124-125页
     ·保守结构域与功能域分析推测第125-126页
  3 讨论第126-128页
   ·植物谷胱甘肽过氧化物酶的作用第126-127页
   ·关于GPX 与PHGPX 的关系第127页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 基因具有作为抗逆性基因工程的目的基因可能性第127-128页
 第二节 龙眼胚性愈伤组织GPX 基因原核表达第128-136页
  1 材料与方法第128-132页
   ·材料第128-129页
     ·供试材料第128页
     ·供试菌种和载体第128页
     ·试剂第128-129页
   ·方法第129-132页
     ·龙眼GPX 基因表达载体的构建第129-130页
     ·重组质粒的诱导表达以及 SDS-PAGE 分析第130-132页
  2 结果与分析第132-135页
   ·pET28a-GPX 表达载体构建第132-133页
   ·重组质粒 PET28a-GPX 原核表达分析第133-135页
  3 讨论第135-136页
 第三节 龙眼胚性愈伤组织GPX 基因 DNA 全长克隆第136-145页
  1 材料与方法第136-137页
   ·供试材料第136页
   ·仪器与试剂第136页
     ·主要试验试剂第136页
     ·主要溶液的配制第136页
   ·方法第136-137页
     ·龙眼愈伤组织总 DNA的提取方法第136页
     ·龙眼 EC基因组 DNA检测第136-137页
     ·龙眼 EC 基因组 DNA GPX 基因全长 PCR 扩增第137页
  2. 结果与分析第137-144页
   ·龙眼胚性愈伤组织基因组DNA 的提取的效果第137-138页
   ·PCR 扩增反应程序建立和Taq 酶的筛选第138-139页
   ·龙眼 GPX 编码基因内含子分析第139-143页
   ·龙眼 GPX 核苷酸序列同源性比较第143-144页
  3 讨论第144-145页
   ·GPX 内含子的功能第144页
   ·龙眼与其近缘属果树荔枝GPX 的内含子具有高度相似性第144-145页
 第四节 龙眼胚性愈伤组织GPX 基因的生物信息学分析第145-158页
  1. 材料与方法第145-146页
   ·材料第145页
   ·方法第145-146页
  2 结果与分析第146-157页
   ·蛋白质理化性质预测与分析第146-147页
   ·与同源蛋白质家族比较分析第147-148页
   ·龙眼GPX蛋白的亲疏水特性预测与分析第148-149页
   ·龙眼GPX信号肽的预测和分析第149-150页
   ·龙眼GPX亚细胞定位预测与分析第150页
   ·龙眼GPX 蛋白的跨膜结构预测与分析第150-151页
   ·龙眼GPX蛋白卷曲螺旋结构的预测与分析第151页
   ·龙眼GPX 蛋白质二级结构预测第151-152页
   ·龙眼GPX磷酸化位点预测与分析第152-153页
   ·龙眼GPX 其他功能点预测和分析第153页
   ·龙眼GPX 三维结构的预测和分析第153-154页
   ·龙眼GPX氨基酸序列的分子系统进化预测与分析第154-156页
   ·龙眼GPX 基因功能的预测与分析第156-157页
  3 讨论第157-158页
   ·分子系统进化分类与传统分类的关系第157页
   ·龙眼GPX在体胚中的作用机理的生物信息学预测第157-158页
第四章 龙眼体胚发生过程中CDC48 和GPX 基因表的荧光定量PCR 分析第158-173页
 第一节 龙眼体胚发生过程中 CDC48 基因表达分析第158-166页
  1 材料和方法第159-161页
   ·材料第159页
   ·主要试剂和仪器第159页
   ·方法第159-161页
     ·龙眼体胚发生过程中不同阶段胚性培养物同步化培养第159-160页
     ·总RNA 提取以及纯度、完整性鉴定第160页
     ·cDNA 合成第160页
     ·实时荧光定量PCR 条件优化和实时定量第160-161页
  2 结果与分析第161-165页
   ·龙眼体胚发生过程中不同阶段胚性培养物材料的获得第161-162页
   ·龙眼体胚发生不同阶段培养物总 RNA 提取第162-163页
   ·荧光实时PCR 扩增参照基因和CDC48 基因的参数分析第163-165页
   ·龙眼体胚发生过程中CDC48 基因相对定量表达分析第165页
  3 讨论第165-166页
   ·CDC48 在龙眼体胚发生过程中的作用第165-166页
   ·影响荧光定量PCR 效果的重要因素第166页
 第二节 龙眼体胚发生过程中 GPX 基因表达分析第166-173页
  1 材料和方法第166-168页
   ·材料第167页
   ·主要试剂和仪器第167页
   ·方法第167-168页
     ·龙眼体胚发生过程中不同阶段胚性培养物同步化培养第167页
     ·总RNA 提取以及纯度、完整性鉴定第167页
     ·cDNA 合成第167页
     ·实时荧光定量PCR 条件优化和实时定量第167-168页
  2 结果与分析第168-171页
   ·荧光实时PCR 扩增参照基因和GPX 基因的参数分析第168-170页
   ·龙眼体胚发生过程中GPX 基因相对定量表达分析第170-171页
  3 讨论第171-173页
   ·GPX 基因在龙眼体胚发生过程中作用第171页
   ·龙眼发生过程中不同阶段胚性培养物GPX 与APX 的关系第171-173页
第五章 龙眼体胚发生过程中 GPX 活性变化第173-183页
 第一节 龙眼体胚发生过程中GPX 活性变化第173-177页
  1 材料与方法第173-175页
   ·供试材料第173页
   ·主要试剂的配制第173-174页
   ·主要仪器第174页
   ·方法第174-175页
     ·龙眼体胚发生过程中不同阶段胚性培养物同步化培养第174页
     ·龙眼体胚发生过程中不同阶段胚性培养物的蛋白质测定、GPX 粗酶液制备及GPX 酶活性测定第174-175页
  2 结果与分析第175-176页
   ·GSH 标准曲线第175页
   ·龙眼体胚发生过程中不同阶段胚性培养物GPX 活性的变化第175-176页
  3 讨论第176-177页
   ·关于龙眼GPX 在体胚发生过程中的作用第176-177页
   ·关于温度对龙眼GPX 活性的影响第177页
 第二节 NaCl、光和温度胁迫对龙眼胚性愈伤组织GPX酶活性的影响第177-183页
  1 材料与方法第177-179页
   ·供试材料第177页
   ·方法第177-179页
     ·龙眼胚性愈伤组织的盐胁迫处理第177-178页
     ·龙眼胚性愈伤组织的光胁迫处理第178页
     ·龙眼胚性愈伤组织的温度胁迫处理第178-179页
     ·龙眼EC 中蛋白质测定、GPX 粗酶液制备及GPX 酶活性测定第179页
  2 结果与分析第179-181页
   ·NaCl 胁迫下龙眼EC 的GPX 活性变化第179-180页
   ·光胁迫下龙眼 EC 的 GPX 活性变化第180页
   ·温度胁迫下龙眼 EC 的 GPX 活性变化第180-181页
  3 讨论第181-183页
   ·关于GPX 在胁迫中的作用第181页
   ·关于GPX 与胁迫的强度和持续时间的关系第181-183页
第六章 小结第183-187页
 1 本研究的主要结论第183-186页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因cDNA 和DNA 全长的获得第183页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因原核表达第183-184页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 基因的生物信息学分析第184页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 基因cDNA 和DNA 全长的获得第184-185页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 基因原核表达第185页
   ·龙眼胚性愈伤组织GPX 基因生物信息学分析第185-186页
   ·龙眼胚性愈伤组织CDC48 和GPX 基因转录水平表达分析第186页
   ·龙眼体胚发生过程中GPX 酶活性变化第186页
 2 本研究的创新之处第186-187页
参考文献第187-197页
附录1 龙眼CDC48 基因(cDNA)序列登录GenBank 信息第197-200页
附录2 龙眼CDC48 基因(DNA)序列登录GenBank 信息第200-203页
附录3 龙眼GPX 基因(cDNA)序列登录GenBank 信息第203-205页
附录4 龙眼GPX 基因(DNA)序列登录GenBank 信息第205-207页
附录5 龙眼CDC48 基因cDNA 全长的blast 分析结果(部分)第207-225页
附录6 龙眼GPX 基因cDNA 全长的blast 分析结果(部分)第225-233页
附录7 龙眼CDC48基因编码产物三级结构预测第233-235页
附录8 龙眼GPX 基因编码产物三级结构预测第235-238页
附录 9 PET-28a 载体第238-239页
在学博士期间发表论文情况与参加学术会议情况第239-240页
致谢第240页

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