掌叶木和伞花木的叶绿体全基因组研究及其系统位置分析
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第7-16页 |
| 1.1 叶绿体基因组研究进展 | 第7-10页 |
| 1.1.1 叶绿体的起源 | 第7页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组简介 | 第7-9页 |
| 1.1.3 基因组测序方法 | 第9-10页 |
| 1.1.4 叶绿体基因组的应用 | 第10页 |
| 1.2 无患子科与掌叶木和伞花木的研究进展 | 第10-16页 |
| 1.2.1 无患子科的系统学研究概况 | 第10-12页 |
| 1.2.2 掌叶木的研究概况 | 第12-14页 |
| 1.2.3 伞花木的研究概况 | 第14-15页 |
| 1.2.4 本课题的研究目的及意义 | 第15-16页 |
| 第2章 研究材料与方法 | 第16-26页 |
| 2.1 材料、试剂与设备 | 第16-17页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第16页 |
| 2.1.2 实验药品和试剂 | 第16页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第16-17页 |
| 2.2 试验方法 | 第17-20页 |
| 2.2.1 植物总DNA的提取 | 第17-19页 |
| 2.2.2 植物叶绿体DNA测序 | 第19-20页 |
| 2.2.3 叶绿体基因组拼接 | 第20页 |
| 2.3 基因组生物信息分析方法 | 第20-26页 |
| 2.3.1 基因组的注释与物理图谱的绘制 | 第20-21页 |
| 2.3.2 重复序列与SSR分析 | 第21页 |
| 2.3.3 密码子的使用偏性分析 | 第21页 |
| 2.3.4 叶绿体基因组差异性分析方法 | 第21-23页 |
| 2.3.5 掌叶木和伞花木系统位置分析 | 第23-26页 |
| 第3章 结果与分析 | 第26-63页 |
| 3.1 掌叶木叶绿体基因组分析 | 第26-35页 |
| 3.1.1 基因的组成 | 第26-29页 |
| 3.1.2 掌叶木重复序列与SSR分析 | 第29-33页 |
| 3.1.3 密码子使用偏性分析 | 第33-35页 |
| 3.2 伞花木叶绿体基因组分析 | 第35-43页 |
| 3.2.1 基因的组成 | 第35-38页 |
| 3.2.2 伞花木重复序列与SSR分析 | 第38-41页 |
| 3.2.3 密码子使用偏性分析 | 第41-43页 |
| 3.3 比较基因组学分析 | 第43-51页 |
| 3.3.1 基本特征分析 | 第43-45页 |
| 3.3.2 叶绿体基因组全序列比对 | 第45-47页 |
| 3.3.3 遗传距离 | 第47-49页 |
| 3.3.4 IR区边界比较分析 | 第49-51页 |
| 3.4 掌叶木和伞花木的系统位置分析 | 第51-60页 |
| 3.4.1 基于全长序列重建系统树 | 第51-52页 |
| 3.4.2 基于大单拷贝区序列重建系统树 | 第52-54页 |
| 3.4.3 基于小单拷贝区序列重建系统树 | 第54-55页 |
| 3.4.4 基于反向重复区重建系统树 | 第55-57页 |
| 3.4.5 基于编码区序列重建系统树 | 第57-58页 |
| 3.4.6 不同数据集构建系统树的比较和分析 | 第58-60页 |
| 3.5 本章小结 | 第60-63页 |
| 第4章 总结与展望 | 第63-65页 |
| 4.1 总结 | 第63-64页 |
| 4.2 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 在校期间参与科研项目和发表的论文 | 第75-76页 |
