| 摘要 | 第9-14页 |
| Abstract | 第14-19页 |
| 缩略语表 | 第20-21页 |
| 第一章 文献综述 | 第21-41页 |
| 1.动物与微生物的共生关系 | 第21-22页 |
| 2.动物肠道微生物的研究概况 | 第22页 |
| 3.动物肠道微生物的组成特征 | 第22-34页 |
| 3.1 影响动物肠道微生物群落结构的因素 | 第25-32页 |
| 3.1.1 外源性影响因素 | 第25-28页 |
| 3.1.2 内源性影响因素 | 第28-31页 |
| 3.1.3 宿主和环境因素影响肠道微生物的主导地位 | 第31-32页 |
| 3.2 肠道微生物对宿主的功能作用 | 第32-34页 |
| 4.动物其它组织微生物的研究现状 | 第34-36页 |
| 5.微生物学的研究方法 | 第36-38页 |
| 5.1 传统的培养方法 | 第36-37页 |
| 5.2 现代分子生物学方法 | 第37-38页 |
| 6.本课题的目的与意义 | 第38-41页 |
| 第二章 早期生长发育阶段的南方鲇肠道微生物的发展与演替 | 第41-59页 |
| 1.前言 | 第41-42页 |
| 2.材料与方法 | 第42-46页 |
| 2.1 实验设计 | 第42页 |
| 2.2 样本采集与处理 | 第42-44页 |
| 2.3 样本DNA提取 | 第44页 |
| 2.4 PCR扩增与序列测定 | 第44-45页 |
| 2.5 序列数据处理 | 第45-46页 |
| 2.6 统计分析 | 第46页 |
| 3.结果与分析 | 第46-56页 |
| 3.1 序列统计及alpha多样性 | 第46-47页 |
| 3.2 不同发育阶段的肠道微生物组成 | 第47-49页 |
| 3.3 OTUs多样性与不相似性分析 | 第49-51页 |
| 3.4 肠道微生物与环境微生物的差异 | 第51-56页 |
| 4.讨论 | 第56-58页 |
| 5.小结 | 第58-59页 |
| 第三章 鱼体不同组织微生物群落的空间异质性研究 | 第59-77页 |
| 1.前言 | 第59页 |
| 2.材料与方法 | 第59-62页 |
| 2.1 实验鱼养殖 | 第59-60页 |
| 2.2 实验样本采集 | 第60-61页 |
| 2.3 样本基因组DNA提取 | 第61页 |
| 2.4 PCR扩增与序列测定 | 第61页 |
| 2.5 序列数据处理 | 第61-62页 |
| 2.6 统计分析 | 第62页 |
| 3.结果与分析 | 第62-73页 |
| 3.1 鱼类和环境微生物稳定性评估 | 第62-63页 |
| 3.2 鱼类和环境微生物群落结构分析 | 第63-64页 |
| 3.3 不同组织部位的微生物群落差异 | 第64-68页 |
| 3.4 鱼类外部组织微生物群落组成 | 第68-70页 |
| 3.5 鱼类内部消化道微生物群落组成 | 第70页 |
| 3.6 养殖水体微生物群落组成 | 第70-72页 |
| 3.7 网络分析 | 第72-73页 |
| 4.讨论 | 第73-76页 |
| 5.小结 | 第76-77页 |
| 第四章 食物消化过程中消化道微生物的动态性 | 第77-102页 |
| 1.前言 | 第77-78页 |
| 2.材料与方法 | 第78-81页 |
| 2.1 样本采集 | 第78-79页 |
| 2.2 消化道pH测量 | 第79页 |
| 2.3 细菌基因组DNA提取、PCR扩增与序列测定 | 第79-80页 |
| 2.4 序列处理与数据分析 | 第80-81页 |
| 2.5 微生物功能预测 | 第81页 |
| 3.结果与分析 | 第81-95页 |
| 3.1 序列结果与alpha多样性分析 | 第81-83页 |
| 3.2 消化道微生物群落组成 | 第83-89页 |
| 3.3 消化道微生物群落的时间动态性 | 第89-92页 |
| 3.4 消化道pH | 第92-93页 |
| 3.5 消化道微生物群落功能富集 | 第93-95页 |
| 4.讨论 | 第95-101页 |
| 5.小结 | 第101-102页 |
| 第五章 食物热处理对肠道微生物的影响 | 第102-123页 |
| 1.前言 | 第102-103页 |
| 2.材料与方法 | 第103-106页 |
| 2.1 动物干预实验 | 第103-104页 |
| 2.2 实验样本收集 | 第104页 |
| 2.3 样本DNA的提取 | 第104页 |
| 2.4 16S rRNA基因的扩增与测序 | 第104-105页 |
| 2.5 序列处理与群落结构分析 | 第105页 |
| 2.6 统计分析 | 第105-106页 |
| 3.结果与分析 | 第106-118页 |
| 3.1 食物营养组成分析 | 第106-107页 |
| 3.2 肌肉营养组成分析 | 第107-108页 |
| 3.3 序列数据统计 | 第108页 |
| 3.4 食物微生物分析 | 第108-110页 |
| 3.5 食物热处理减少肠道微生物多样性 | 第110-111页 |
| 3.6 食物热处理改变微生物群落结构与组成 | 第111-118页 |
| 4.讨论 | 第118-121页 |
| 5.小结 | 第121-123页 |
| 第六章 短期的抗生素暴露对南方鲇肠道微生物群落的扰动及恢复研究 | 第123-137页 |
| 1.前言 | 第123-124页 |
| 2.材料与方法 | 第124-127页 |
| 2.1 实验鱼及其驯化 | 第124页 |
| 2.2 实验设计与样本采集 | 第124-126页 |
| 2.3 基因组DNA提取、PCR扩增与序列测定 | 第126页 |
| 2.4 死亡率和生长性能 | 第126页 |
| 2.5 序列处理与数据分析 | 第126-127页 |
| 2.6 微生物功能预测 | 第127页 |
| 3.结果与分析 | 第127-134页 |
| 3.1 序列分析与稀释曲线 | 第127-128页 |
| 3.2 抗生素处理影响南方鲇肠道微生物群落多样性 | 第128-130页 |
| 3.3 抗生素处理改变南方鲇肠道微生物群落组成 | 第130-131页 |
| 3.4 抗生素处理对南方鲇肠道微生物群落功能的影响 | 第131-132页 |
| 3.5 抗生素处理对南方鲇死亡率和生长性能的影响 | 第132-134页 |
| 3.6 抗生素处理对南方鲇肠道组织结构的影响 | 第134页 |
| 4.讨论 | 第134-136页 |
| 5.小结 | 第136-137页 |
| 第七章 总结与展望 | 第137-141页 |
| 1.研究主要结论 | 第137-139页 |
| 2.论文的创新点 | 第139-141页 |
| 参考文献 | 第141-167页 |
| 附录 | 第167-169页 |
| 致谢 | 第169-171页 |
