| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第10-28页 |
| 1 mRNA前体可变剪接的基本机制 | 第11-16页 |
| 1.1 mRNA前体剪接的分子生物学过程 | 第11-13页 |
| 1.2 mRNA前体选择性剪接模式的类别 | 第13-14页 |
| 1.3 mRNA前体选择性剪接的功能 | 第14-15页 |
| 1.4 研究mRNA前体选择性剪接调控机制的意义 | 第15-16页 |
| 2 影响剪接的可能因素 | 第16-20页 |
| 2.1 剪接调控因子与mRNA前体剪接 | 第17页 |
| 2.2 核小体定位与mRNA前体剪接 | 第17-18页 |
| 2.3 组蛋白修饰与mRNA前体剪接 | 第18-19页 |
| 2.4 DNA甲基化与mRNA前体剪接 | 第19页 |
| 2.5 非编码RNA与mRNA前体剪接 | 第19-20页 |
| 3 植物中可变剪接方面的研究进展 | 第20-22页 |
| 3.1 植物中mRNA前体剪接的研究情况 | 第20-21页 |
| 3.2 植物中mRNA前体剪接与环境非生物胁迫的研究 | 第21-22页 |
| 3.3 植物中mRNA前体剪接的进化保守性方面的研究 | 第22页 |
| 4 高通量RNA-seq技术介绍及其在可变剪接分析上的应用 | 第22-28页 |
| 4.1 高通量RNA-seq技术简介 | 第23-24页 |
| 4.2 RNA-seq测序文库制备 | 第24页 |
| 4.3 高通量RNA-seq生物信息学分析 | 第24-28页 |
| 4.3.1 数据质量评估 | 第25页 |
| 4.3.2 测序数据比对 | 第25页 |
| 4.3.3 转录本拼装 | 第25-26页 |
| 4.3.4 差异表达分析 | 第26-27页 |
| 4.3.5 鉴定长链非编码RNA | 第27页 |
| 4.3.6 高通量RNA-seq技术在可变剪接分析上的应用 | 第27-28页 |
| 展望 | 第28页 |
| 本研究的背景、目的和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 对水稻内RNA的剪接规律和影响因素的初步探究 | 第30-55页 |
| 1 引言 | 第30-31页 |
| 2 材料和方法 | 第31-37页 |
| 2.1 RNA-seq数据的收集整理与拼装 | 第31-32页 |
| 2.2 转录本拼装 | 第32-34页 |
| 2.3 表达量分析RPKM、FPKM和TPM | 第34页 |
| 2.4 剪接体识别位点序列分析 | 第34-35页 |
| 2.5 水稻基因组多态性的计算 | 第35页 |
| 2.6 水稻转录剪接位点附近ESE/ISE motif的搜索及呈现 | 第35-36页 |
| 2.7 以100000bp的window为基础对水稻内剪接事件发生规律进行分析 | 第36页 |
| 2.8 剪接事件的发生与基因性质之间关系的分析 | 第36页 |
| 2.9 基因保守性对剪接事件发生的影响分析 | 第36-37页 |
| 3 结果分析 | 第37-54页 |
| 3.1 水稻内存在丰富的剪接发生方式 | 第37-41页 |
| 3.1.1 RNA-seq数据的收集、整理与拼装 | 第37-39页 |
| 3.1.2 转录本预测 | 第39-40页 |
| 3.1.3 剪接体识别位点的序列特异性 | 第40-41页 |
| 3.2 水稻剪接事件发生规律分析 | 第41-54页 |
| 3.2.1 水稻剪接事件在染色体上的分布描述 | 第41-42页 |
| 3.2.2 水稻基因组多态性与剪接的相关性 | 第42-43页 |
| 3.2.3 水稻基因组序列与剪接的相关性 | 第43-46页 |
| 3.2.4 基因分布与剪接的相关性 | 第46-54页 |
| 4 讨论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
