基于文献和微阵列的基因调控网络重建
| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第10-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-17页 |
| 1.3 本文的研究思路与探索 | 第17页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第17-20页 |
| 第二章 基于文献的基因关系挖掘 | 第20-40页 |
| 2.1 文献挖掘概要 | 第20-24页 |
| 2.1.1 文献挖掘的定义 | 第20-21页 |
| 2.1.2 文献挖掘的方法 | 第21-24页 |
| 2.2 基因文献数据 | 第24-25页 |
| 2.2.1 PubMed数据介绍 | 第24-25页 |
| 2.2.2 文献获取 | 第25页 |
| 2.3 基因实体识别 | 第25-31页 |
| 2.3.1 条件随机场 | 第25-27页 |
| 2.3.2 基因实体识别过程 | 第27-29页 |
| 2.3.3 识别结果分析 | 第29-31页 |
| 2.4 基因实体关系挖掘 | 第31-38页 |
| 2.4.1 基因相互作用的分析方法 | 第32页 |
| 2.4.2 关联实体的共出现频率分析 | 第32-34页 |
| 2.4.3 实体关联规则库 | 第34-35页 |
| 2.4.4 基因实体关联模式的提取 | 第35-36页 |
| 2.4.5 实体关联提取和分析 | 第36-38页 |
| 2.5 本章小结 | 第38-40页 |
| 第三章 微阵列扩展基因网络 | 第40-52页 |
| 3.1 微阵列技术 | 第40-42页 |
| 3.1.1 微阵列简介 | 第40页 |
| 3.1.2 微阵列的生物学背景 | 第40-41页 |
| 3.1.3 微阵列的操作流程 | 第41-42页 |
| 3.1.4 微阵列应用领域 | 第42页 |
| 3.2 微阵列的基因聚类方法 | 第42-47页 |
| 3.2.1 聚类分析概述 | 第42-43页 |
| 3.2.2 聚类分析微阵列数据 | 第43-44页 |
| 3.2.3 基因表达数据之间相似性度量函数 | 第44页 |
| 3.2.4 常见聚类方法 | 第44-45页 |
| 3.2.5 聚类结果定量评价 | 第45-47页 |
| 3.3 扩展基因网络 | 第47-50页 |
| 3.3.1 种子网络和微阵列数据预处理 | 第47页 |
| 3.3.2 微阵列数据聚类分析 | 第47-49页 |
| 3.3.3 扩展基因网络 | 第49-50页 |
| 3.4 本章小结 | 第50-52页 |
| 第四章 遗传算法精简基因网络 | 第52-58页 |
| 4.1 加权矩阵模型 | 第52-53页 |
| 4.1.1 模型简介 | 第52页 |
| 4.1.2 模拟方法 | 第52-53页 |
| 4.2 数据预处理 | 第53页 |
| 4.2.1 构建染色体 | 第53页 |
| 4.2.2 确定适应度函数 | 第53页 |
| 4.3 遗传算法实现步骤 | 第53-55页 |
| 4.3.1 构建加权矩阵模型 | 第54页 |
| 4.3.2 遗传算法搜索 | 第54-55页 |
| 4.4 结果分析 | 第55-56页 |
| 4.5 精简网络 | 第56-57页 |
| 4.6 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 5.1 总结 | 第58页 |
| 5.2 展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第68页 |
