| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-38页 |
| 1.1 弧菌 | 第13-16页 |
| 1.1.1 人类病原菌 | 第13-14页 |
| 1.1.2 珊瑚病原菌 | 第14页 |
| 1.1.3 共生菌 | 第14-15页 |
| 1.1.4 鱼类、虾类和贝类的病原菌 | 第15页 |
| 1.1.5 溶藻弧菌 | 第15-16页 |
| 1.2 群体感应系统 | 第16-25页 |
| 1.2.1 金黄色葡萄球菌群体感应系统 | 第17-19页 |
| 1.2.2 蜡样芽孢杆菌群体感应系统 | 第19-21页 |
| 1.2.3 哈维氏弧菌群体感应系统 | 第21-23页 |
| 1.2.4 霍乱弧菌群体感应系统 | 第23-25页 |
| 1.3 转录调控因子 | 第25-33页 |
| 1.3.1 TetR转录因子家族 | 第28-30页 |
| 1.3.2 SmtB/ArsR转录因子家族 | 第30-31页 |
| 1.3.3 LysR转录因子家族 | 第31-33页 |
| 1.4 细菌单杂交系统 | 第33-37页 |
| 1.5 本课题的研究内容和意义 | 第37-38页 |
| 第2章 AphA和LuxR的转录调控因子筛选与鉴定 | 第38-60页 |
| 2.1 前言 | 第38-39页 |
| 2.2 实验材料 | 第39-45页 |
| 2.2.1 菌株与质粒 | 第39-41页 |
| 2.2.2 引物 | 第41-44页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第44页 |
| 2.2.4 培养基 | 第44-45页 |
| 2.2.5 常用分析软件 | 第45页 |
| 2.3 实验方法 | 第45-49页 |
| 2.3.1 细菌单杂交系统筛选转录调控因子 | 第45页 |
| 2.3.2 转录因子文库的构建 | 第45-46页 |
| 2.3.3 蛋白表达纯化 | 第46-47页 |
| 2.3.4 凝胶迁移阻滞实验 | 第47页 |
| 2.3.5 无标记框内缺失株构建 | 第47-48页 |
| 2.3.6 HPA检测 | 第48页 |
| 2.3.7 Western blot | 第48-49页 |
| 2.4 实验结果 | 第49-56页 |
| 2.4.1 报告载体的构建 | 第49-50页 |
| 2.4.2 细菌单杂交系统 | 第50-51页 |
| 2.4.3 转录因子表达文库的构建 | 第51页 |
| 2.4.4 luxR及aphA转录因子的筛选 | 第51-54页 |
| 2.4.5 luxR及aphA转录因子的验证 | 第54-56页 |
| 2.4.6 转录调控因子对碱性丝氨酸蛋白酶(Asp)的影响 | 第56页 |
| 2.5 讨论 | 第56-58页 |
| 2.6 本章小结 | 第58-60页 |
| 第3章 AphB的功能鉴定 | 第60-94页 |
| 3.1 前言 | 第60-61页 |
| 3.2 实验材料 | 第61-67页 |
| 3.2.1 菌株、质粒以及培养条件 | 第61页 |
| 3.2.2 引物 | 第61-66页 |
| 3.2.3 主要试剂 | 第66-67页 |
| 3.2.4 常用分析软件 | 第67页 |
| 3.3 实验方法 | 第67-69页 |
| 3.3.1 菌株构建 | 第67页 |
| 3.3.2 荧光检测 | 第67页 |
| 3.3.3 生物被膜检测 | 第67页 |
| 3.3.4 DNase I Footprinting | 第67-68页 |
| 3.3.5 生长曲线测定 | 第68页 |
| 3.3.6 斑马鱼毒力实验 | 第68页 |
| 3.3.7 耐酸性检测 | 第68页 |
| 3.3.8 ChIP-seq | 第68-69页 |
| 3.4 实验结果 | 第69-89页 |
| 3.4.1 aphB影响溶藻弧菌对斑马鱼的毒力 | 第69-71页 |
| 3.4.2 AphB对胞外毒力蛋白Asp的影响 | 第71页 |
| 3.4.3 AphB直接调控asp的转录 | 第71-73页 |
| 3.4.4 AphB影响luxR的表达 | 第73-75页 |
| 3.4.5 AphB直接调控luxR的转录 | 第75页 |
| 3.4.6 AphB、LuxR和AphA蛋白共同调控luxR的转录 | 第75-77页 |
| 3.4.7 ChIP-seq筛选AphB蛋白直接结合的DNA序列 | 第77-83页 |
| 3.4.8 AphB通过结合自身启动子进行自我激活转录 | 第83-85页 |
| 3.4.9 体内和体外实验验证ChIP-seq | 第85页 |
| 3.4.10 AphB通过调控cadB的表达响应环境酸应激 | 第85-87页 |
| 3.4.11 AphB通过调控cyaA的表达影响生物被膜的形成 | 第87-89页 |
| 3.4.12 AphB的调控网络 | 第89页 |
| 3.5 讨论 | 第89-93页 |
| 3.6 本章小结 | 第93-94页 |
| 第4章 转录调控因子18672的功能鉴定 | 第94-114页 |
| 4.1 前言 | 第94页 |
| 4.2 实验材料 | 第94-96页 |
| 4.3 实验方法 | 第96-97页 |
| 4.3.1 5'RACE | 第96-97页 |
| 4.3.2 杀菌实验 | 第97页 |
| 4.4 实验结果 | 第97-110页 |
| 4.4.1 18672影响luxR表达且不依赖于luxO | 第97页 |
| 4.4.2 18672结合luxR启动子 | 第97-100页 |
| 4.4.3 18672抑制aphA表达 | 第100页 |
| 4.4.4 18672结合aphA启动子 | 第100-103页 |
| 4.4.5 18672具有自我抑制转录功能 | 第103页 |
| 4.4.6 18672受到群体感应系统的影响 | 第103-106页 |
| 4.4.7 LuxR结合EPGS_18672启动子 | 第106-107页 |
| 4.4.8 AphA结合EPGS_18672启动子 | 第107页 |
| 4.4.9 荧光检测EPGS_18672启动子上各结合位点的功能 | 第107-110页 |
| 4.4.10 EPGS_18672影响细菌毒力 | 第110页 |
| 4.4.11 EPGS_18672介导的调控网络 | 第110页 |
| 4.5 讨论 | 第110-113页 |
| 4.6 本章小结 | 第113-114页 |
| 第5章 结论与展望 | 第114-117页 |
| 5.1 主要结论 | 第114-115页 |
| 5.2 论文创新点 | 第115页 |
| 5.3 展望 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-128页 |
| 攻读博士学位期间的论文成果 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 附录 | 第130-131页 |
