首页--数理科学和化学论文--化学论文--高分子化学(高聚物)论文

基于高质量代谢网络模型的聚3-羟基丁酸酯新途径设计

摘要第4-5页
ABSTRACT第5-6页
第一章 文献综述第11-33页
    1.1 基于理性设计的代谢工程第11-14页
        1.1.1 传统代谢工程中的理性设计第11-12页
        1.1.2 后基因组时代的理性设计第12-14页
    1.2 基因组尺度代谢网络模型概述第14-19页
        1.2.1 已有代谢网络模型及模型构建方法第14-17页
        1.2.2 模型指导的途经设计方法第17-19页
    1.3 代谢网络模型在途径设计中的应用第19-22页
        1.3.1 途经设计步骤第19页
        1.3.2 模型指导的途径改造策略第19-22页
    1.4 代谢网路模型在途径设计中存在的问题第22-25页
        1.4.1 基因组尺度代谢网络模型存在的问题第22-24页
        1.4.2 复合代谢网络模型存在的问题第24-25页
    1.5 PHA及其生产菌株介绍第25-30页
        1.5.1 PHA介绍第25-26页
        1.5.2 PHB介绍第26页
        1.5.3 恶臭假单胞菌介绍第26-27页
        1.5.4 恶臭假单胞菌PHA合成途径第27-28页
        1.5.5 恶臭假单胞菌基因组尺度代谢网络模型第28-30页
    1.6 选题背景及研究内容第30-33页
        1.6.1 选题背景第30-31页
        1.6.2 研究内容及技术路线第31-33页
第二章 恶臭假单胞菌一致化代谢网络模型构建第33-59页
    2.1 一致化代谢网络模型构建流程第33-34页
    2.2 P.putida KT2440代谢网络模型模拟结果第34-39页
        2.2.1 模型预处理第34-35页
        2.2.2 模型模拟结果第35-36页
        2.2.3 ATP最优生成速率控制第36-39页
    2.3 呼吸链效率一致化第39-42页
        2.3.1 四个模型呼吸链比较第39-41页
        2.3.2 确定磷氧比第41页
        2.3.3 磷氧比一致化第41-42页
    2.4 确定生物质组成第42-46页
        2.4.1 生物质组成质量守恒第42-45页
        2.4.2 生物质组成元素守恒第45-46页
    2.5 生物质单体合成途径差异研究第46-50页
        2.5.1 生物质单体最优生成速率预测第46-48页
        2.5.2 反应可逆性错误第48-49页
        2.5.3 模型缺失反应错误第49页
        2.5.4 反应方程错误第49-50页
        2.5.5 模型中三类错误总结第50页
    2.6 底物利用途径一致化第50-52页
        2.6.1 48种底物代谢能力预测第50-51页
        2.6.2 底物利用途径修正第51-52页
    2.7 通过基因组重注释扩展模型第52-57页
        2.7.1 P.putida基因组注释第52-53页
        2.7.2 利用注释信息扩展基因-酶反应第53-55页
        2.7.3 验证模型PpuQY1140预测正确性第55-57页
    2.8 本章小结第57-59页
第三章 模型质量控制第59-75页
    3.1 已有模型质量控制方法第59-62页
        3.1.1 提高模型完整性第59-61页
        3.1.2 提高模型正确性第61-62页
    3.2 从能量产生角度考察模型质量第62-65页
        3.2.1 模型预测结果与实验结果相悖情况举例第62页
        3.2.2 36个模型最优ATP生成速率计算第62-64页
        3.2.3 模型能量无限产生错误分类第64-65页
    3.3 NADH无限产生导致能量无限产生第65-67页
        3.3.1 PpuMBEL1071模型NADH无限产生第65-66页
        3.3.2 AbyMBEL891模型NADH无限产生第66-67页
    3.4 质子驱动力净生成导致ATP无限产生第67-69页
        3.4.1 解脂耶氏酵母iYL619模型质子驱动力净生成第67-68页
        3.4.2 呼吸链错误导致驱动力净生成第68-69页
    3.5 ATP自身无限产生第69-71页
    3.6 能量无限产生错误查找流程第71-73页
    3.7 小结第73-75页
第四章 复合代谢网络模型构建第75-87页
    4.1 复合代谢网络模型构建流程第75-76页
    4.2 KEGG数据提取与整理第76-78页
        4.2.1 反应数据提取与整理第76-77页
        4.2.2 酶数据提取与整理第77页
        4.2.3 反应可逆性数据提取与整理第77-78页
    4.3 利用KEGG数据扩展模型第78-80页
        4.3.1 精简KEGG反应第78-79页
        4.3.2 KEGG数据库数据与iJO1366模型命名一致化第79页
        4.3.3 提取KEGG数据库中大肠杆菌异源反应第79-80页
    4.4 依据文献和数据库数据手动扩展复合模型第80-85页
        4.4.1 扩展一碳单元利用途径第80-84页
        4.4.2 扩展产品合成途径第84-85页
    4.5 模型质量控制第85-86页
        4.5.1 反应可逆性错误修正第85-86页
        4.5.2 反应方程错误修正第86页
    4.6 本章小结第86-87页
第五章 PHB新途径设计及验证第87-107页
    5.1 利用PpuQY1140模型预测PHB新途径第87-91页
        5.1.1 P.putida中PHB高产途径—苏氨酸循环途径第87-88页
        5.1.2 苏氨酸循环途径能量和还原力消耗第88-89页
        5.1.3 大肠杆菌中苏氨酸循环途径的应用第89-91页
    5.2 利用复合模型预测PHB合成新途径第91-99页
        5.2.1 NOG途径对PHB合成的影响第91-92页
        5.2.2 XuMP途径对PHB合成的影响第92-93页
        5.2.3 甘油吸收途径对PHB合成的影响第93-94页
        5.2.4 4-羟基丁酸循环途径对PHB合成的影响第94-96页
        5.2.5 利用复合模型预测大宗生化产品最优途径第96-98页
        5.2.6 产品合成最优途径选择第98-99页
    5.3 甲醛为底物时PHB最优途径预测第99-101页
        5.3.1 iJO1366模型预测PHB最优生成途径第99-100页
        5.3.2 复合模型预测PHB最优生成途径第100-101页
    5.4 构建PHB高产菌株第101-106页
        5.4.1 基于苏氨酸循环途径的PHB高产菌株第101-103页
        5.4.2 基于NOG途径的PHB高产菌株第103-106页
    5.5 本章小结第106-107页
第六章 结论与展望第107-111页
    6.1 结论与创新点第107-108页
        6.1.1 主要结论第107-108页
        6.1.2 创新点第108页
    6.2 展望第108-111页
参考文献第111-127页
发表论文及参加科研情况说明第127-129页
致谢第129-131页

论文共131页,点击 下载论文
上一篇:新型芴类共聚物光电材料的合成、表征及性能研究
下一篇:溶藻弧菌群体感应系统转录因子的筛选和鉴定