| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 研究背景 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-13页 |
| 1.3 研究内容 | 第13-14页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第14-15页 |
| 2 基于de Bruijn图算法的优化 | 第15-29页 |
| 2.1 基于de Bruijn图的算法概述 | 第15-18页 |
| 2.1.1 de Bruijn图结构 | 第15-17页 |
| 2.1.2 de Bruijn图的简化 | 第17页 |
| 2.1.3 错误移除 | 第17-18页 |
| 2.2 更新决策表 | 第18-25页 |
| 2.2.1 决策表的数据结构 | 第18-21页 |
| 2.2.2 决策表的更新过程 | 第21-25页 |
| 2.2.3 时间和空间复杂度分析 | 第25页 |
| 2.3 后继k-mer的选择方法 | 第25-28页 |
| 2.4 本章小结 | 第28-29页 |
| 3 算法的并行化处理 | 第29-38页 |
| 3.1 并行编程相关介绍 | 第29-31页 |
| 3.1.1 并行编程模型相关简介 | 第29-30页 |
| 3.1.2 MPI并行环境介绍 | 第30-31页 |
| 3.2 序列拼接平台简介 | 第31页 |
| 3.3 生成模拟数据方法简介 | 第31-32页 |
| 3.4 算法的并行化实现方法 | 第32-37页 |
| 3.4.1 I/O存储模块的并行化分析 | 第33-34页 |
| 3.4.2 拼接过程中的并行化 | 第34-37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-38页 |
| 4 实验与性能分析 | 第38-47页 |
| 4.1 实验环境 | 第38页 |
| 4.2 拼接性能的评测 | 第38-43页 |
| 4.2.1 基于de Bruijn图算法的相关评价方法 | 第38-40页 |
| 4.2.2 算法并行化的相关评价方法 | 第40-43页 |
| 4.3 综合性能评测与分析 | 第43-46页 |
| 4.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 5 结束语 | 第47-49页 |
| 5.1 工作总结 | 第47-48页 |
| 5.2 研究展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 攻读学位期间主要的研究成果目录 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |