| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 1 文献综述 | 第13-31页 |
| 1.1 棉花棉酚腺体与棉酚性状 | 第13-15页 |
| 1.1.1 棉花棉酚腺体及其类型 | 第13-14页 |
| 1.1.2 棉酚的特性及其对棉花的影响 | 第14页 |
| 1.1.3 棉酚腺体与棉酚的关系 | 第14-15页 |
| 1.1.4 棉酚腺体研究的重要性 | 第15页 |
| 1.2 棉酚腺体控制基因的遗传研究 | 第15-17页 |
| 1.2.1 棉酚腺体的主要控制基因 | 第15-16页 |
| 1.2.2 棉酚腺体的其他控制基因 | 第16-17页 |
| 1.3 棉酚腺体控制基因的定位研究 | 第17-18页 |
| 1.4 棉酚生物合成途径及相关基因的研究 | 第18-22页 |
| 1.4.1 棉酚的生物合成途径 | 第18-19页 |
| 1.4.2 棉酚生物合成途径中关键酶及其研究进展 | 第19-22页 |
| 1.5 国内外低酚棉育种的研究进展 | 第22-25页 |
| 1.6 基因精细定位与图位克隆技术 | 第25-28页 |
| 1.6.1 作图群体的构建 | 第25-26页 |
| 1.6.2 分子标记 | 第26-28页 |
| 1.6.3 图位克隆技术与功能验证 | 第28页 |
| 1.7 转录组测序及基因发掘 | 第28-30页 |
| 1.7.1 转录组测序的方法和步骤 | 第29-30页 |
| 1.7.2 转录组测序的基因挖掘 | 第30页 |
| 1.8 研究目的与意义 | 第30-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第31页 |
| 2.2 群体构建 | 第31-32页 |
| 2.3 田间调查及样品的采集 | 第32页 |
| 2.4 棉花基因组DNA的提取 | 第32-34页 |
| 2.5 染色体特异分子标记开发 | 第34-36页 |
| 2.5.1 染色体序列信息 | 第34-35页 |
| 2.5.2 SSR检测及引物设计 | 第35页 |
| 2.5.3 染色体特异的SSR开发 | 第35-36页 |
| 2.5.4 同源染色体chr07和chr16的确定 | 第36页 |
| 2.6 SSR标记分析 | 第36-38页 |
| 2.6.1 PCR反应体系及程序 | 第36-37页 |
| 2.6.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第37-38页 |
| 2.6.3 聚丙烯酰胺凝胶银染检测 | 第38页 |
| 2.7 基因定位 | 第38-40页 |
| 2.7.1 表型和基因型数据记录 | 第38页 |
| 2.7.2 多态性引物筛选及其连锁测验 | 第38-39页 |
| 2.7.3 遗传连锁图谱的构建 | 第39页 |
| 2.7.4 基因精细定位 | 第39-40页 |
| 2.8 定位区间候选基因分析 | 第40页 |
| 2.9 候选基因的扩增 | 第40-43页 |
| 2.9.1 RNA提取 | 第40-41页 |
| 2.9.2 cDNA反转录 | 第41-42页 |
| 2.9.3 候选基因的扩增 | 第42页 |
| 2.9.4 扩增产物的纯化 | 第42-43页 |
| 2.10 候选基因的克隆 | 第43-48页 |
| 2.10.1 候选基因连接到T载体 | 第43-44页 |
| 2.10.2 TA克隆转化大肠杆菌 | 第44-46页 |
| 2.10.3 菌液PCR检测、酶切检测与测序 | 第46-48页 |
| 2.11 候选基因的表达量分析 | 第48页 |
| 2.12 病毒诱导的基因沉默（VIGS）载体构建 | 第48-49页 |
| 2.13 转录组测序与分析 | 第49-50页 |
| 2.13.1 实验材料及测序 | 第49-50页 |
| 2.13.2 转录组数据分析 | 第50页 |
| 3 结果与分析 | 第50-82页 |
| 3.1 棉花茎秆无腺体性状的遗传分析 | 第50-51页 |
| 3.2 棉花染色体特异SSR标记的开发 | 第51-64页 |
| 3.2.1 SSR在各染色体上的分布特征 | 第52-54页 |
| 3.2.2 SSR类型的分布 | 第54-58页 |
| 3.2.3 染色体特异SSR分子标记的开发 | 第58-60页 |
| 3.2.4 SSR染色体特异性在四倍体棉花中的验证 | 第60-64页 |
| 3.3 棉花茎秆无腺体基因gl_1的定位 | 第64-72页 |
| 3.3.1 SSR标记的多态性验证及连锁分析 | 第64页 |
| 3.3.2 基因的初步定位 | 第64-65页 |
| 3.3.3 精细定位 | 第65-68页 |
| 3.3.4 候选区间基因预测与序列分析 | 第68-69页 |
| 3.3.5 候选基因的表达分析 | 第69-70页 |
| 3.3.6 候选基因的比较测序 | 第70-71页 |
| 3.3.7 候选基因VIGS载体的构建 | 第71-72页 |
| 3.4 棉花棉酚腺体发育相关基因的筛选与分析 | 第72-82页 |
| 3.4.1 转录组测序及质量分析 | 第72-73页 |
| 3.4.2 棉酚腺体相关表达差异基因的鉴定 | 第73-78页 |
| 3.4.3 棉酚腺体相关选择性剪接差异基因的鉴定 | 第78-82页 |
| 4 讨论 | 第82-89页 |
| 4.1 两个二倍体基因组间SSR的频率差异 | 第82页 |
| 4.2 染色体特异SSR与同源染色体 | 第82-84页 |
| 4.3 染色体特异SSR在棉花研究中的应用前景 | 第84页 |
| 4.4 提高质量性状基因粗定位效率的方法 | 第84-85页 |
| 4.5 精细定位群体的选择 | 第85-86页 |
| 4.6 gl_1基因在低酚棉育种的应用 | 第86-87页 |
| 4.7 棉花基因组中的选择性剪接 | 第87-88页 |
| 4.8 与棉酚生物合成和腺体细胞发育相关的基因 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 附录1 亚洲棉基因组中各染色体的SSR类型分布统计 | 第101-105页 |
| 附录2 雷蒙德氏棉基因组中各染色体的SSR类型分布统计 | 第105-109页 |
| 附录3 五碱基重复SSR在亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组中的分布 | 第109-111页 |
| 附录4 六碱基重复SSR在亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组中的分布 | 第111-113页 |
| 附录5 102个选择性剪接差异基因的位置及注释信息 | 第113-119页 |
| 附录6 102个选择性剪接差异基因的代谢途径注释 | 第119-120页 |
| 附录7 作者简介及在读期间发表论文 | 第120-121页 |
