| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-26页 |
| 第一章 绪论 | 第26-58页 |
| ·前言 | 第26页 |
| ·研究背景 | 第26-39页 |
| ·生物膜与膜蛋白的相互作用机理 | 第28-36页 |
| ·锚定蛋白质的聚集与膜曲率之间的相互关系 | 第29-30页 |
| ·局部生物膜曲率介导的跨膜蛋白质相互作用 | 第30-31页 |
| ·生物膜两侧锚定膜蛋白间的聚集耦合在信号转导中的作用 | 第31-33页 |
| ·半柔软生物聚合物链的螺旋自组装 | 第33-34页 |
| ·线性分子在受限空间中的螺旋自组装 | 第34-36页 |
| ·不同性质纳米粒子的跨膜输运机理 | 第36-39页 |
| ·受体介导的刚性纳米粒子与生物膜的相互作用 | 第36-37页 |
| ·多个纳米粒子内吞过程中的协同效应 | 第37-38页 |
| ·囊泡与生物膜的相互作用机理 | 第38-39页 |
| ·分子模拟方法概述 | 第39-44页 |
| ·分子动力学方法 | 第39-40页 |
| ·耗散粒子动力学方法 | 第40-43页 |
| ·传统的耗散粒子动力学方法 | 第40-42页 |
| ·磷脂数可变的耗散粒子动力学模拟方法 | 第42-43页 |
| ·布朗动力学模拟方法 | 第43-44页 |
| ·论文研究内容及意义 | 第44-46页 |
| ·研究内容 | 第44-46页 |
| ·研究意义 | 第46页 |
| 参考文献 | 第46-58页 |
| 第二章 锚定蛋白质的聚集与膜曲率之间的相互关系 | 第58-80页 |
| ·摘要 | 第58页 |
| ·研究背景 | 第58-60页 |
| ·模型与模拟方法 | 第60-62页 |
| ·粗粒化模型 | 第60-61页 |
| ·模拟方法 | 第61页 |
| ·最小二乘法拟合生物膜曲率 | 第61-62页 |
| ·结果及讨论 | 第62-74页 |
| ·模拟方法的验证 | 第62-65页 |
| ·锚定蛋白质聚集导致生物膜弯曲 | 第65-69页 |
| ·锚定蛋白质聚集引起生物膜起泡 | 第69-72页 |
| ·蛋白质聚集体感应生物膜曲率 | 第72-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 第三章 膜曲率诱导的跨膜蛋白质间相互作用 | 第80-98页 |
| ·摘要 | 第80页 |
| ·研究背景 | 第80-82页 |
| ·模型与方法 | 第82-83页 |
| ·耗散粒子动力学模拟方法 | 第82页 |
| ·磷脂与蛋白质模型 | 第82页 |
| ·不同尺寸囊泡的构造 | 第82-83页 |
| ·模拟结果与讨论 | 第83-95页 |
| ·平板磷脂膜中跨膜蛋白质间相互作用 | 第83-87页 |
| ·囊泡中跨膜蛋白质间相互作用 | 第87-92页 |
| ·不同疏水长度的跨膜蛋白质对囊泡的扰动 | 第92-95页 |
| ·小结 | 第95页 |
| 参考文献 | 第95-98页 |
| 第四章 生物膜两侧锚定膜蛋白质的聚集耦合在信号转导中的作用 | 第98-110页 |
| ·摘要 | 第98页 |
| ·研究背景 | 第98-100页 |
| ·模型与方法 | 第100页 |
| ·结果及讨论 | 第100-107页 |
| ·三种不同的耦合聚集形态 | 第100-102页 |
| ·耦合聚集形态的机理分析 | 第102-104页 |
| ·三种耦合聚集形态的进一步验证 | 第104-105页 |
| ·不同耦合形态对蛋白聚集程度的影响 | 第105-107页 |
| ·小结 | 第107页 |
| 参考文献 | 第107-110页 |
| 第五章 半柔软生物聚合物链的螺旋成束机理研究 | 第110-130页 |
| ·摘要 | 第110页 |
| ·研究背景 | 第110-112页 |
| ·模型与模拟方法 | 第112-114页 |
| ·生物聚合物链的粗粒化模型 | 第112-113页 |
| ·模拟方法 | 第113-114页 |
| ·结果与讨论 | 第114-125页 |
| ·自组装形态：成束和螺旋成束 | 第114-121页 |
| ·内部弯曲刚性对自组装形态的影响 | 第115-117页 |
| ·聚合物链长度对其自组装形态的影响 | 第117-119页 |
| ·形貌图 | 第119-121页 |
| ·螺旋成束对刚性的加强作用 | 第121-122页 |
| ·螺旋成束的标度分析 | 第122-123页 |
| ·聚合物链的成束动力学 | 第123-125页 |
| ·小结 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-130页 |
| 第六章 限制空间中线性分子的螺旋自组装 | 第130-150页 |
| ·摘要 | 第130页 |
| ·研究背景 | 第130-132页 |
| ·模型与模拟方法 | 第132-134页 |
| ·结果与讨论 | 第134-145页 |
| ·单点 LJ 分子在受限空间下的螺旋结构 | 第134-135页 |
| ·多点线性 LJ 分子在限制空间下的螺旋结构 | 第135-145页 |
| ·手性结构和非手性结构 | 第135-137页 |
| ·温度对线性分子螺旋结构的影响 | 第137-139页 |
| ·四点 LJ 分子在 SWNTs 中的结构 | 第139-141页 |
| ·方向序参数与位置序参数 | 第141-145页 |
| ·线性分子内部刚性对其螺旋结构的影响 | 第145页 |
| ·小结 | 第145-146页 |
| 参考文献 | 第146-150页 |
| 第七章 受体介导的刚性纳米粒子与生物膜的相互作用 | 第150-172页 |
| ·摘要 | 第150页 |
| ·研究背景 | 第150-151页 |
| ·模型与方法 | 第151-155页 |
| ·粗粒化模型及耗散粒子动力学模拟方法 | 第151-153页 |
| ·刚性纳米粒子的转动方程 | 第153-155页 |
| ·结果与讨论 | 第155-166页 |
| ·受体-配体之间的正确结合和错误结合 | 第155-156页 |
| ·四种不同的生物膜的反应状态 | 第156-163页 |
| ·受体介导的纳米粒子内吞 | 第157-159页 |
| ·纳米粒子的粘附 | 第159-160页 |
| ·纳米粒子的穿透 | 第160-161页 |
| ·纳米粒子诱导的生物膜破裂 | 第161-163页 |
| ·不同因素对纳米粒子-生物膜相互作用的影响 | 第163-166页 |
| ·生物膜的表面张力 | 第163-164页 |
| ·纳米粒子的尺寸 | 第164页 |
| ·纳米粒子表面的配体密度 | 第164-166页 |
| ·小结 | 第166页 |
| 参考文献 | 第166-172页 |
| 第八章 多个纳米粒子在细胞内吞过程中的协同效应 | 第172-190页 |
| ·摘要 | 第172页 |
| ·研究背景 | 第172-173页 |
| ·模型与模拟方法 | 第173-174页 |
| ·结果与讨论 | 第174-184页 |
| ·多个纳米粒子的协同内吞动力学研究 | 第174-175页 |
| ·纳米粒子的浓度对其内吞路径的影响 | 第175-177页 |
| ·膜曲率介导的纳米粒子间相互作用 | 第177-178页 |
| ·膜表面张力对内吞路径的影响 | 第178-179页 |
| ·纳米粒子间的尺寸区别对其内吞路径的影响 | 第179-184页 |
| ·小结 | 第184-185页 |
| 参考文献 | 第185-190页 |
| 第九章 囊泡与生物膜相互作用的计算机模拟研究 | 第190-212页 |
| ·摘要 | 第190页 |
| ·研究背景 | 第190-191页 |
| ·模型与方法 | 第191-193页 |
| ·磷脂双层膜模型 | 第191-192页 |
| ·囊泡模型 | 第192页 |
| ·磷脂数可变的耗散粒子动力学方法 | 第192-193页 |
| ·结果与讨论 | 第193-205页 |
| ·囊泡融合及半融合 | 第193-194页 |
| ·囊泡的粘附 | 第194-196页 |
| ·囊泡在包裹过程中的破裂 | 第196-197页 |
| ·受体介导的囊泡内吞 | 第197-200页 |
| ·不同因素对囊泡-生物膜相互作用的影响 | 第200-205页 |
| ·粘附强度的影响 | 第200-201页 |
| ·膜表面张力的影响 | 第201-203页 |
| ·生物膜中受体密度的影响 | 第203-204页 |
| ·囊泡中配体密度的影响 | 第204-205页 |
| ·小结 | 第205-206页 |
| 参考文献 | 第206-212页 |
| 第十章 结论与展望 | 第212-216页 |
| ·结论 | 第212-214页 |
| ·展望 | 第214-216页 |
| 附录一 英文名词缩写表 | 第216-218页 |
| 附录二 英中文名词对照表 | 第218-220页 |
| 致谢 | 第220-222页 |
| 研究成果、发表论文及参加的学术会议 | 第222-224页 |
| 作者简介 | 第224-226页 |
| 导师简介 | 第226页 |