| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 第一章 溯祖理论 | 第9-27页 |
| 第一节 溯祖过程 | 第9-13页 |
| 1.1.1 Wright-Fisher模型 | 第10-11页 |
| 1.1.2 分子进化的中性理论 | 第11页 |
| 1.1.3 建立系统树 | 第11-13页 |
| 第二节 系统树的性质 | 第13-18页 |
| 1.2.1 系统树的溯祖时间t_k的分布 | 第13-15页 |
| 1.2.2 系统树上突变数的分布 | 第15-18页 |
| 第三节 基于溯祖理论的统计推断 | 第18-23页 |
| 1.3.1 θ的估计 | 第18-20页 |
| 1.3.2 纯合度的估计 | 第20-21页 |
| 1.3.3 中性突变的假设检验 | 第21-23页 |
| 第四节 雄性果蝇种系细胞的溯祖理论 | 第23-26页 |
| 第一章 总结 | 第26-27页 |
| 第二章 雄性黑腹果蝇种系发育的突变筛选实验及突变率的极大似然统计推断 | 第27-40页 |
| 第一节 雄性黑腹果蝇种系发育的突变筛选实验 | 第27-31页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.2 突变筛选实验 | 第28页 |
| 2.1.3 实验数据 | 第28-31页 |
| 第二节 雄性黑腹果蝇种系发育中的突变率的极大似然统计推断 | 第31-39页 |
| 2.2.1 系统树上突变概率的Taylor近似 | 第31-33页 |
| 2.2.2 基于Taylor近似的极大似然统计推断 | 第33-35页 |
| 2.2.3 系统树上突变概率的内部积分近似 | 第35-37页 |
| 2.2.4 基于内部积分近似的极大似然统计推断 | 第37-39页 |
| 第二章 总结 | 第39-40页 |
| 第三章 最小化χ~2统计量估计突变率 | 第40-63页 |
| 第一节 最小化χ~2统计量方法简介 | 第40-43页 |
| 第二节 最小化χ~2统计量的问题化为二次规划问题 | 第43-49页 |
| 3.2.1 最小化χ~2统计量的问题与二次规划问题的等价性 | 第43-44页 |
| 3.2.2 Lemke算法求解二次规划问题的适用性 | 第44-46页 |
| 3.2.3 Lemke算法的基本思想 | 第46-49页 |
| 第三节 应用最小化χ~2统计量的方法分析果蝇数据 | 第49-59页 |
| 3.3.1 最小化χ~2统计量方法估计突变率的模拟研究 | 第49-54页 |
| 3.3.2 最小化χ~2统计量方法利用实验数据估计果蝇的突变率 | 第54-57页 |
| 3.3.3 最小化χ~2统计量方法估计突变率的进一步推广 | 第57-59页 |
| 第四节 突变率估计的Bootstrap方差 | 第59-62页 |
| 第三章 总结 | 第62-63页 |
| 全文总结和讨论 | 第63-66页 |
| 附录1 | 第66-76页 |
| 附录2 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-83页 |
| 攻读博士学位期间完成的科研成果 | 第83-84页 |
| 致谢 | 第84页 |
