| 致谢 | 第3-5页 |
| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 引言 | 第15-34页 |
| 1.1 DNA测序技术发展 | 第15-19页 |
| 1.1.1 Sanger法测序 | 第15页 |
| 1.1.2 第二代测序技术(高通量测序技术) | 第15-19页 |
| 1.1.3 第三代测序技术 | 第19页 |
| 1.2 基于二代测序技术的转录组研究概述 | 第19-24页 |
| 1.2.1 转录组研究概述 | 第19-20页 |
| 1.2.2 基于二代测序技术的转录组测序(RNA-seq) | 第20-21页 |
| 1.2.3 RNA-seq的重要应用 | 第21-24页 |
| 1.3 云南山茶概况及研究进展概述 | 第24-32页 |
| 1.3.1 山茶属植物的分类与地理分布 | 第24-26页 |
| 1.3.2 山茶花产业的发展现状 | 第26-27页 |
| 1.3.3 油茶产业发展的现状 | 第27-30页 |
| 1.3.4 云南山茶简介 | 第30-32页 |
| 1.4 本研究的选题依据、研究内容、研究目的与意义 | 第32-34页 |
| 第二章 山茶的实地考察及其它准备工作 | 第34-52页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 方法 | 第35-40页 |
| 2.2.1 实地考察与测量 | 第35-36页 |
| 2.2.2 云南山茶的人工繁殖 | 第36-37页 |
| 2.2.3 DNA和RNA提取方法 | 第37-40页 |
| 2.3 结果 | 第40-50页 |
| 2.3.1 实地考察与测量 | 第40-47页 |
| 2.3.2 云南山茶的繁殖 | 第47-48页 |
| 2.3.3 DNA和RNA提取方法的改进与比较 | 第48-50页 |
| 2.4 讨论 | 第50-52页 |
| 第三章 云南山茶转录组测序、组装和分析 | 第52-71页 |
| 3.1 引言 | 第52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-58页 |
| 3.2.1 植株材料和RNA样品制备 | 第52-54页 |
| 3.2.2 测序文库的制备和Illumina测序 | 第54页 |
| 3.2.3 转录组reads的前处理和de novo组装 | 第54页 |
| 3.2.4 转录组序列的拼装后处理(Post-assembly processing) | 第54-55页 |
| 3.2.5 转录组序列的功能注释 | 第55页 |
| 3.2.6 表达量分析和差异表达基因的富集分析 | 第55-56页 |
| 3.2.7 荧光实时定量PCR检测(qRT-PCR) | 第56-58页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第58-69页 |
| 3.3.1 测序和de novo组装结果的统计 | 第58-60页 |
| 3.3.2 组装质量的评估 | 第60-61页 |
| 3.3.3 转录组序列的注释和GO分类 | 第61-65页 |
| 3.3.4 表达谱研究和差异表达分析 | 第65-67页 |
| 3.3.5 qRT-PCR的实验验证 | 第67-69页 |
| 3.4 小结 | 第69-71页 |
| 第四章 云南山茶中与油脂、类黄酮、类胡萝卜素生物合成及光周期成花诱导相关的候选基因的鉴定和表达分析 | 第71-91页 |
| 4.1 引言 | 第71-76页 |
| 4.2 方法 | 第76页 |
| 4.2.1 候选基因的发掘 | 第76页 |
| 4.2.2 基因表达分析和qRT-PCR的实验验证 | 第76页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第76-89页 |
| 4.3.1 云南山茶转录组中参与三酰甘油酯生物合成的候选基因 | 第76-81页 |
| 4.3.2 云南山茶转录组中与光周期成花途径相关的基因 | 第81-83页 |
| 4.3.3 云南山茶转录组中与类黄酮生物合成相关的基因 | 第83-87页 |
| 4.3.4 云南山茶转录组中与类胡萝卜素生物合成相关的基因 | 第87-88页 |
| 4.3.5 关于基因发掘与采样策略的讨论 | 第88-89页 |
| 4.4 小结 | 第89-91页 |
| 第五章 单拷贝直系同源候选基因的发掘及其在云南山茶多倍体复合体起源进化研究中的应用初探 | 第91-97页 |
| 5.1 引言 | 第91-92页 |
| 5.2 方法 | 第92-93页 |
| 5.2.1 转录组序列数据集 | 第92页 |
| 5.2.2 单拷贝直系同源基因的数据集构建 | 第92页 |
| 5.2.3 系统发育树构建 | 第92-93页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第93-96页 |
| 5.3.1 利用转录组数据进行单拷贝直系同源基因的构建 | 第93-94页 |
| 5.3.2 基于单拷贝直系同源基因联合数据集的系统发育树 | 第94页 |
| 5.3.3 基于全局相似性比对检验系统树中的矛盾分支 | 第94-96页 |
| 5.4 小结 | 第96-97页 |
| 第六章 云南山茶SSR分子标记的开发 | 第97-110页 |
| 6.1 引言 | 第97-98页 |
| 6.2 材料和方法 | 第98-102页 |
| 6.2.1 材料 | 第98页 |
| 6.2.2 实验方法 | 第98-102页 |
| 6.3 结果 | 第102-108页 |
| 6.3.1 EST-SSR的查找和统计 | 第102-103页 |
| 6.3.2 云南山茶20个SSR的实验验证 | 第103-105页 |
| 6.3.3 预测多态性SSR的生物信息学软件CandiSSR的开发 | 第105-107页 |
| 6.3.4 利用CandiSSR在云南山茶转录组中批量预测多态性SSR | 第107-108页 |
| 6.4 讨论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-122页 |
| 附录 | 第122-150页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第150-151页 |
