| 英汉缩略语名词对照 | 第6-7页 |
| 中文摘要 | 第7-10页 |
| 英文摘要 | 第10-13页 |
| 前言 | 第14-18页 |
| 参考文献 | 第16-18页 |
| 第一章 基于RNA-SEQ的卵巢癌铂类敏感和耐药数据的获取和预处理 | 第18-34页 |
| 1 数据与方法 | 第18-25页 |
| 1.1 数据来源 | 第18-19页 |
| 1.2 软件与硬件环境 | 第19-20页 |
| 1.3 基于RNA-Seq的卵巢癌铂类敏感和耐药数据的评估与质量预处理 | 第20-25页 |
| 1.3.1 数据质量评估 | 第20-22页 |
| 1.3.2 数据预处理 | 第22-25页 |
| 2 结果与分析 | 第25-30页 |
| 2.1 评估读段数据质量 | 第25-28页 |
| 2.1.1 使用FASTQC进行质量控制情况 | 第25-26页 |
| 2.1.2 使用FASTX-toolkit进行质量评估情况 | 第26-27页 |
| 2.1.3 使用jellyfish工具进行质量评估情况 | 第27-28页 |
| 2.2 质量预处理情况 | 第28-30页 |
| 3 讨论 | 第30-32页 |
| 3.1 读段数据质量评估情况 | 第30-31页 |
| 3.2 质量预处理情况 | 第31-32页 |
| 参考文献 | 第32-34页 |
| 第二章 基于RNA-SEQ的卵巢癌铂类敏感和耐药性LNCRNAS的系统识别 | 第34-63页 |
| 1 数据与方法 | 第34-42页 |
| 1.1 数据来源 | 第34页 |
| 1.2 操作系统及编程语言 | 第34页 |
| 1.3 数据分析软件 | 第34-36页 |
| 1.4 转录组重建 | 第36-37页 |
| 1.4.1 读段映射 | 第36页 |
| 1.4.2 读段装配 | 第36-37页 |
| 1.5 卵巢癌敏感和耐药性lncRNAs的系统识别 | 第37-42页 |
| 1.5.1 获取转录本长度和外显子数量 | 第38-39页 |
| 1.5.2 估计转录本覆盖度 | 第39页 |
| 1.5.3 滤除已知的非lncRNAs注释 | 第39-41页 |
| 1.5.4 转录本的编码潜能预测 | 第41页 |
| 1.5.5 估计转录本的蛋白域 | 第41-42页 |
| 1.5.6 敏感和耐药lncRNAs的鉴定 | 第42页 |
| 2 结果与分析 | 第42-57页 |
| 2.1 读段映射情况 | 第42-44页 |
| 2.2 读段装配情况 | 第44页 |
| 2.3 转录本分类情况 | 第44-46页 |
| 2.4 lncRNAs的识别流程 | 第46-57页 |
| 2.4.1 转录本长度和外显子数量的过滤 | 第46页 |
| 2.4.2 估计转录本读段覆盖度 | 第46页 |
| 2.4.3 滤除已知的非IncRNAs注释 | 第46-47页 |
| 2.4.4 预测转录本的编码潜能 | 第47-48页 |
| 2.4.5 估计转录本的蛋白域 | 第48-49页 |
| 2.4.6 lncRNAs的鉴定 | 第49-55页 |
| 2.4.7 lncRNAs的特征 | 第55-57页 |
| 3 讨论 | 第57-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 第三章 基于RNA-SEQ的卵巢癌铂类敏感和耐药性LNCRNAS的差异表达分析 | 第63-88页 |
| 1 数据与方法 | 第63-69页 |
| 1.1 数据来源 | 第63页 |
| 1.2 操作系统及编程语言 | 第63页 |
| 1.3 数据分析软件 | 第63页 |
| 1.4 基于RNA-Seq的lncRNAs差异表达分析方法 | 第63-69页 |
| 1.4.1 对读段进行归一化 | 第64-65页 |
| 1.4.2 lncRNAs基因的差异表达分析方法 | 第65-66页 |
| 1.4.3 差异lncRNAs的统计学分析 | 第66-67页 |
| 1.4.4 lncRNAs的GO富集分析 | 第67页 |
| 1.4.5 lncRNAs的Pathway富集通路分析 | 第67-68页 |
| 1.4.6 RT-PCR实验 | 第68-69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-84页 |
| 2.1 卵巢癌敏感和耐药lncRNAs的差异表达情况 | 第69-71页 |
| 2.2 编码蛋白基因和lncRNAs的差异表达情况 | 第71-76页 |
| 2.3 lncRNAs的GO富集分析结果 | 第76-81页 |
| 2.4 lncRNAs的Pathway富集通路分析结果 | 第81-82页 |
| 2.5 RT-PCR验证结果 | 第82-84页 |
| 3 讨论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-88页 |
| 文献综述 | 第88-99页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 全文总结 | 第99-100页 |
| 本课题的创新点 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 攻读学位期间已发表论文情况 | 第102页 |
