| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-22页 |
| 1.1 基因组测序 | 第14-18页 |
| 1.1.1 DNA测序技术 | 第14页 |
| 1.1.2 植物基因组测序的进展 | 第14-18页 |
| 1.2 植物串联重复序列 | 第18-19页 |
| 1.2.1 植物串联重复基因 | 第18-19页 |
| 1.2.2 植物微卫星DNA | 第19页 |
| 1.3 植物在线服务平台的研究 | 第19-21页 |
| 1.3.1 生物信息数据库 | 第19-20页 |
| 1.3.2 生物信息网络服务 | 第20-21页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 串联重复基因对芝麻基因组复杂性的影响 | 第22-34页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 数据来源 | 第22页 |
| 2.3 分析方法 | 第22-23页 |
| 2.3.1 功能注释与基因对的功能分化 | 第22-23页 |
| 2.3.2 基因对的选择压力分析 | 第23页 |
| 2.4 结果与分析 | 第23-32页 |
| 2.4.1 芝麻基因组的多倍化事件 | 第23-24页 |
| 2.4.2 芝麻基因组中共线性基因对的保留和丢失分析 | 第24-25页 |
| 2.4.3 芝麻基因组中共线性基因对的功能分化 | 第25-26页 |
| 2.4.4 芝麻基因组中共线性基因对的选择压力分析 | 第26-27页 |
| 2.4.5 串联重复事件对芝麻基因组的影响 | 第27-28页 |
| 2.4.6 芝麻基因组串联重复基因的功能分化 | 第28页 |
| 2.4.7 芝麻基因组多倍化基因和串联重复基因的功能差异 | 第28-30页 |
| 2.4.8 芝麻基因组不同类型的基因对的序列分化 | 第30-31页 |
| 2.4.9 芝麻基因组串联重复事件发生的时间 | 第31页 |
| 2.4.10 芝麻基因组中受不同进化事件影响的特定基因家族 | 第31-32页 |
| 2.5 讨论 | 第32-33页 |
| 2.5.1 多倍化基因和串联重复基因的功能补偿 | 第32页 |
| 2.5.2 芝麻基因组不同选择压力下的动态进化过程 | 第32-33页 |
| 2.6 结论 | 第33-34页 |
| 第三章 串联重复基因对细胞色素P450基因家族的影响 | 第34-57页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 数据来源 | 第34页 |
| 3.3 分析方法 | 第34-35页 |
| 3.3.1 细胞色素P450基因的鉴定 | 第34-35页 |
| 3.3.2 在染色体上的定位 | 第35页 |
| 3.3.3 系统发育分析 | 第35页 |
| 3.3.4 Ka、Ks和Ka/Ks的计算 | 第35页 |
| 3.3.5 统计检验 | 第35页 |
| 3.3.6 转录组分析 | 第35页 |
| 3.4 结果分析 | 第35-54页 |
| 3.4.1 拟南芥和芸薹属物种基因组细胞色素P450基因家族的比较 | 第35-37页 |
| 3.4.2 拟南芥、白菜和甘蓝基因组中细胞色素P450基因的进化分析 | 第37-39页 |
| 3.4.3 拟南芥和芸薹属物种细胞色素P450基因的共线性分析 | 第39-43页 |
| 3.4.4 拟南芥和芸薹属物种细胞色素P450同源基因的选择压力分析 | 第43页 |
| 3.4.5 串联重复基因对细胞色素P450基因家族的贡献 | 第43-47页 |
| 3.4.6 多倍化事件和串联重复事件对细胞色素P450基因家族的影响 | 第47-50页 |
| 3.4.7 细胞色素P450基因家族的家族特异扩张 | 第50-52页 |
| 3.4.8 拟南芥、白菜和甘蓝基因组中细胞色素P450基因的表达分析 | 第52-53页 |
| 3.4.9 拟南芥和芸薹属基因组中不同类型细胞色素P450基因的表达差异 | 第53-54页 |
| 3.5 讨论 | 第54-56页 |
| 3.5.1 拟南芥和芸薹属物种基因组中的细胞色素P450基因家族的比较 | 第54-55页 |
| 3.5.2 芸薹属中细胞色素P450基因家族特异性的扩张或丢失 | 第55-56页 |
| 3.5.3 串联重复基因的在细胞色素P450基因家族进化历史中的动态变化 | 第56页 |
| 3.6 结论 | 第56-57页 |
| 第四章 植物基因组串联重复基因的数据库构建 | 第57-67页 |
| 4.1 引言 | 第57页 |
| 4.2 数据来源 | 第57-58页 |
| 4.3 分析方法 | 第58-62页 |
| 4.3.1 鉴定串联重复基因 | 第58-60页 |
| 4.3.2 串联重复基因的功能注释 | 第60-61页 |
| 4.3.3 PTGBase数据库的构建 | 第61-62页 |
| 4.4 功能界面和数据库使用介绍 | 第62-66页 |
| 4.4.1 主要功能模块 | 第62-63页 |
| 4.4.2 浏览模块 | 第63-65页 |
| 4.4.3 检索模块 | 第65页 |
| 4.4.4 序列相似性检索 | 第65页 |
| 4.4.5 下载模块 | 第65页 |
| 4.4.6 贡献模块 | 第65-66页 |
| 4.5 讨论 | 第66页 |
| 4.6 结论 | 第66-67页 |
| 第五章 植物基因组微卫星DNA及标记设计数据库 | 第67-82页 |
| 5.1 引言 | 第67页 |
| 5.2 数据来源 | 第67-70页 |
| 5.3 分析方法 | 第70-73页 |
| 5.4 数据库实现 | 第73-74页 |
| 5.5 结果与分析 | 第74-81页 |
| 5.5.1 数据库组织结构 | 第74-75页 |
| 5.5.2 可视化的界面 | 第75-78页 |
| 5.5.3 功能说明 | 第78-81页 |
| 5.6 讨论 | 第81页 |
| 5.7 结论 | 第81-82页 |
| 第六章 全文结论 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-94页 |
| 附录 | 第94-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 作者简历 | 第106-110页 |
