| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4页 |
| 1. 绪论 | 第7-14页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第7-9页 |
| 1.1.1 课题来源 | 第7页 |
| 1.1.2 研究背景 | 第7-8页 |
| 1.1.3 研究意义 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-12页 |
| 1.2.1 基于哈希表的索引构建算法 | 第9-10页 |
| 1.2.2 基于后缀的索引方法 | 第10-11页 |
| 1.2.3 国内外并行的BWT索引构造算法的研究 | 第11-12页 |
| 1.3 论文研究的主要内容 | 第12-13页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第13-14页 |
| 2. 基本理论概述 | 第14-28页 |
| 2.1 高通量测序技术 | 第14-18页 |
| 2.1.1 第二代测序平台详细介绍 | 第14-16页 |
| 2.1.2 第三代测序平台介绍 | 第16-18页 |
| 2.2 基因序列比对中的索引构建方法 | 第18-21页 |
| 2.2.1 BWT索引的基本原理 | 第18-20页 |
| 2.2.2 基于哈希索引的方法 | 第20-21页 |
| 2.3 传统的并行计算 | 第21-23页 |
| 2.4 Hadoop开源分布式计算平台 | 第23-27页 |
| 2.4.1 Hadoop简介 | 第23-24页 |
| 2.4.2 分布式计算框架MapReduce | 第24-27页 |
| 2.5 本章小结 | 第27-28页 |
| 3. 基于Hadoop的BWT分布式并行计算 | 第28-40页 |
| 3.1 常见的BWT索引构建算法 | 第28-32页 |
| 3.1.1 FM-index算法 | 第28-30页 |
| 3.1.2 基于索引压缩的算法(Comp ressed indexing) | 第30-31页 |
| 3.1.3 基于后缀排序的算法 | 第31页 |
| 3.1.4 基于采样方式的加速计算 | 第31-32页 |
| 3.2 基于Hadoop平台的基因序列比对BWT索引的建立方法 | 第32-39页 |
| 3.2.1 直接轮转排序实现BWT索引的构造 | 第32-35页 |
| 3.2.2 基于Hadoop的BWT索引构建方法 | 第35-39页 |
| 3.3 本章小结 | 第39-40页 |
| 4. 实验结果与分析 | 第40-51页 |
| 4.1 Hadoop集群与相关环境部署 | 第40-45页 |
| 4.1.1 Hadoop集群部署过程 | 第40-43页 |
| 4.1.2 Hadoop开发环境链接Eclipse的搭建 | 第43-45页 |
| 4.2 实验结果与数据分析 | 第45-51页 |
| 4.2.1 直接轮转排序实现BWT索引构建算法的数据分析 | 第45-47页 |
| 4.2.2 改进后的BWT索引构建算法分布式并行的数据分析 | 第47-51页 |
| 5 总结与展望 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 作者简介 | 第57页 |
