| 论文创新点 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第15-39页 |
| 1.1 RNA世界的起源 | 第15-18页 |
| 1.2 RNA分子的结构与分类 | 第18-25页 |
| 1.2.1 RNA分子的组成 | 第18-19页 |
| 1.2.2 RNA分子的七个自由度 | 第19-21页 |
| 1.2.3 RNA分子的二级结构 | 第21-23页 |
| 1.2.4 RNA分子的三级结构 | 第23-24页 |
| 1.2.5 RNA分子结构的分类及特点 | 第24-25页 |
| 1.3 RNA分子中单个碱基堆积的折叠动力学 | 第25-37页 |
| 1.3.1 碱基堆积的形成与分类 | 第26-29页 |
| 1.3.2 碱基堆积的热力学性质 | 第29-32页 |
| 1.3.3 单个碱基对的动力学研究 | 第32-35页 |
| 1.3.4 过渡态理论的发展 | 第35-37页 |
| 1.4 本文主要研究内容和章节介绍 | 第37-39页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第39-62页 |
| 2.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第39-41页 |
| 2.2 分子动力学模拟的力场 | 第41-48页 |
| 2.2.1 力场简述 | 第41页 |
| 2.2.2 力场的一般表示形式 | 第41-44页 |
| 2.2.3 常用力场介绍 | 第44-47页 |
| 2.2.4 常用模拟软件 | 第47-48页 |
| 2.3 分子动力学模拟的方法 | 第48-60页 |
| 2.3.1 初始模拟条件 | 第48-51页 |
| 2.3.2 积分算法 | 第51-55页 |
| 2.3.3 静电相互作用和截断半径 | 第55-56页 |
| 2.3.4 恒温恒压模拟 | 第56-58页 |
| 2.3.5 限制性分子动力学模拟 | 第58-60页 |
| 2.4 分子动力学模拟的应用 | 第60-62页 |
| 第三章 单个碱基对的热力学与动力学 | 第62-76页 |
| 3.1 前言 | 第62-63页 |
| 3.2 理论与方法 | 第63-65页 |
| 3.3 计算结果与分析讨论 | 第65-74页 |
| 3.3.1 定义打开态、闭合态和过渡态 | 第65-68页 |
| 3.3.2 末端碱基对的热力学性质 | 第68-70页 |
| 3.3.3 末端碱基对打开与闭合的开关动力学机制 | 第70-74页 |
| 3.4 本章小结 | 第74-76页 |
| 第四章 离子浓度对单个碱基对的热力学与动力学影响 | 第76-87页 |
| 4.1 前言 | 第76-77页 |
| 4.2 理论与方法 | 第77-78页 |
| 4.3 计算结果与分析讨论 | 第78-86页 |
| 4.3.1 定义打开态、闭合态和过渡态 | 第78-79页 |
| 4.3.2 离子浓度对末端碱基对的热力学性质的影响 | 第79-81页 |
| 4.3.3 离子浓度对末端碱基对的开关动力学的影响 | 第81-86页 |
| 4.4 本章小结 | 第86-87页 |
| 第五章 近邻碱基对单个碱基对的热力学与动力学的影响 | 第87-98页 |
| 5.1 前言 | 第87-88页 |
| 5.2 理论与方法 | 第88-89页 |
| 5.3 计算结果与分析讨论 | 第89-96页 |
| 5.3.1 打开态、闭合态和过渡态的结构分类 | 第89-90页 |
| 5.3.2 近邻碱基对末端碱基对的热力学性质的影响 | 第90-92页 |
| 5.3.3 近邻碱基对末端碱基对的开关动力学的影响 | 第92-96页 |
| 5.4 本章小结 | 第96-98页 |
| 第六章 总结 | 第98-101页 |
| 参考文献 | 第101-119页 |
| 博士期间所发文章 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
