| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 TCF7L2细胞特异性靶基因识别和调控网络研究进展 | 第11-31页 |
| ·转录调控概述 | 第11-15页 |
| ·ChIP-seq技术和生物信息学分析 | 第15-20页 |
| ·重复序列 | 第20-22页 |
| ·TCF7L2基因概述 | 第22-25页 |
| 参考文献 | 第25-31页 |
| 第二章 TCF7L2细胞特异性结合模式的研究 | 第31-88页 |
| ·研究背景介绍 | 第31-33页 |
| ·数据来源及方法 | 第33-35页 |
| ·细胞培养 | 第33页 |
| ·SiRNA介导的基因敲除 | 第33页 |
| ·ChIP-seq分析 | 第33-34页 |
| ·ChIP-seq数据处理 | 第34页 |
| ·RNA-seq | 第34-35页 |
| ·ChIP-qPCR | 第35页 |
| ·TCF7L2表达结构的产生和免疫共沉淀实验 | 第35页 |
| ·数据提交 | 第35页 |
| ·实验结果 | 第35-81页 |
| ·定义TCF7L2基因组的结合模式 | 第35-59页 |
| ·TCF7L2结合到增强子区域 | 第59-63页 |
| ·被TCF7L2结合的基因组区域的Motif分析 | 第63-69页 |
| ·TCF7L2与HNF4 α和FOXA2在HepG2细胞中共定位 | 第69-72页 |
| ·MCF7细胞中TCF7L2需要GATA3连栓到位点 | 第72-78页 |
| ·TCF7L2被GATA3连栓到基因组上所起的是抑制作用 | 第78-81页 |
| ·讨论 | 第81-83页 |
| ·结论 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-88页 |
| 第三章 MCF7细胞的TCF7L2的转录调控网络的研究 | 第88-101页 |
| ·研究背景介绍 | 第88-90页 |
| ·数据来源及方法 | 第90-93页 |
| ·ChIP-seq数据处理 | 第90页 |
| ·计算分析方法概述 | 第90页 |
| ·TCF7L2的基因调控网络分析 | 第90-93页 |
| ·实验结果 | 第93-97页 |
| ·在MCF7细胞TCF7L2靶基因的表达调控 | 第94-95页 |
| ·在MCF7细胞全基因组范围的TCF7L2结合峰的基因定位 | 第95页 |
| ·在MCF7细胞的TCF7L2结合位点的协同作用的因子的识别 | 第95-97页 |
| ·在MCF7细胞中TCF7L2的调控网络 | 第97页 |
| ·讨论 | 第97-98页 |
| ·结论 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-101页 |
| 第四章 定位非唯一匹配序列标签(LONUT)算法 | 第101-138页 |
| ·研究背景介绍 | 第101-103页 |
| ·数据来源及方法 | 第103-107页 |
| ·测试样本数据集 | 第103-104页 |
| ·经验打分公式的建立 | 第104-105页 |
| ·数据预处理 | 第105页 |
| ·LONUT的实施和使用 | 第105-106页 |
| ·ChIP-seq数据 | 第106页 |
| ·定量ChIP-PCR | 第106-107页 |
| ·实验结果 | 第107-132页 |
| ·LONUT算法概述 | 第107-109页 |
| ·经验打分(ES)公式的确定 | 第109-112页 |
| ·测试样本一 | 第112-121页 |
| ·测试样本二 | 第121-124页 |
| ·测试样本三 | 第124-132页 |
| ·讨论 | 第132-134页 |
| ·结论 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-138页 |
| 第五章 结论与展望 | 第138-141页 |
| ·主要结论 | 第138-139页 |
| ·研究展望 | 第139-141页 |
| 在学期间的研究成果 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142页 |
