| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第14-28页 |
| 1.1 蛋白质分子构象的动力学 | 第14-15页 |
| 1.2 蛋白质的别构和协同效应研究 | 第15-17页 |
| 1.2.1 别构效应 | 第15页 |
| 1.2.2 动力学别构 | 第15-16页 |
| 1.2.3 别构效应机制 | 第16-17页 |
| 1.2.4 协同效应 | 第17页 |
| 1.3 研究蛋白质构象系综与别构的核磁方法 | 第17-25页 |
| 1.3.1 核磁共振基本原理 | 第17-18页 |
| 1.3.2 化学位移和构象交换的时间尺度 | 第18-19页 |
| 1.3.3 谱密度函数和无模型分析 | 第19-20页 |
| 1.3.4 顺磁核磁技术 | 第20-21页 |
| 1.3.5 弛豫弥散与饱和转移技术 | 第21-23页 |
| 1.3.6 残余偶极耦合 | 第23-24页 |
| 1.3.7 溶液小角散射技术 | 第24-25页 |
| 1.4 研究蛋白质构象系综与别构的其他结构生物学手段 | 第25页 |
| 1.5 Pin1的研究背景 | 第25-28页 |
| 第2章 Pin1构象系综的研究 | 第28-56页 |
| 2.1 引言 | 第28-30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-38页 |
| 2.2.1 蛋白质样品的制备 | 第30-33页 |
| 2.2.2 Pin1的主链的归属实验 | 第33-34页 |
| 2.2.3 Pin1的~(15)N自旋弛豫速率测定实验 | 第34页 |
| 2.2.4 Pin1的残余偶极耦合实验 | 第34页 |
| 2.2.5 Pin1的溶液小角X射线散射实验 | 第34-35页 |
| 2.2.6 Pin1的紧凑态的制备与表征实验 | 第35-38页 |
| 2.2.7 Pin1的化学位移相关分析 | 第38页 |
| 2.3 结果 | 第38-49页 |
| 2.3.1 Pin1主链的归属实验结果 | 第38-39页 |
| 2.3.2 Pin1的~(15)N弛豫速率测定实验结果 | 第39-40页 |
| 2.3.3 Pin1的残余偶极耦合实验结果 | 第40页 |
| 2.3.4 Pin1的溶液小角X射线散射实验结果 | 第40-43页 |
| 2.3.5 Pin1的紧凑态的制备与表征实验结果 | 第43-47页 |
| 2.3.6 Pin1的化学位移相关分析实验结果 | 第47-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-54页 |
| 2.4.1 Pin1紧凑态的制备和表征 | 第49-52页 |
| 2.4.2 Pin1在溶液中存在伸展和紧凑态的平衡 | 第52-54页 |
| 2.5 结论 | 第54-56页 |
| 第3章 Pin1的动力学别构研究 | 第56-80页 |
| 3.1 引言 | 第56-57页 |
| 3.2 材料与方法 | 第57-61页 |
| 3.2.1 蛋白质样品的制备 | 第57-58页 |
| 3.2.2 Pin1催化底物顺反异构速率的测定 | 第58-59页 |
| 3.2.3 Pin1与底物的核磁滴定实验 | 第59页 |
| 3.2.4 PPlase结构域的model-free分析 | 第59页 |
| 3.2.5 Pin1的弛豫弥散实验 | 第59-61页 |
| 3.3 结果 | 第61-74页 |
| 3.3.1 Pin1结构域间紧凑程度调控实验结果 | 第61-63页 |
| 3.3.2 Pin1催化底物顺反异构速率的测定实验结果 | 第63-65页 |
| 3.3.3 Pin1与底物的核磁化学位移滴定实验结果 | 第65-68页 |
| 3.3.4 PPIase结构域的model-free分析结果 | 第68页 |
| 3.3.5 Pin1催化活性中心的弛豫弥散实验结果 | 第68-71页 |
| 3.3.6 Pin1催化结构域存在两种构象 | 第71-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-78页 |
| 3.4.1 Pin1在溶液中的系综分布影响其功能 | 第74-75页 |
| 3.4.2 Pin1结构域间的紧凑程度与酶活的关系 | 第75-76页 |
| 3.4.3 Pin1催化活性中心的动力学行为对催化的影响 | 第76-77页 |
| 3.4.4 Pin1底物的结合对催化具有正协同效应 | 第77-78页 |
| 3.5 结论 | 第78-80页 |
| 第4章 WW结构域与底物的识别机制研究 | 第80-92页 |
| 4.1 引言 | 第80-81页 |
| 4.2 材料与方法 | 第81-84页 |
| 4.2.1 蛋白质样品的制备 | 第81-83页 |
| 4.2.2 WW结构域的主链归属 | 第83页 |
| 4.2.3 WW结构域的CEST实验 | 第83页 |
| 4.2.4 WW结构域的CPMG弛豫弥散实验 | 第83-84页 |
| 4.3 结果 | 第84-87页 |
| 4.3.1 WW结构域和WW_(R14Q)的谱峰均一性 | 第84页 |
| 4.3.2 WW结构域的CEST实验结果 | 第84-85页 |
| 4.3.3 WW结构域的CPMG弛豫弥散实验结果 | 第85-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-90页 |
| 4.4.1 WW结构域存在毫秒尺度的构象交换 | 第87-88页 |
| 4.4.2 WW结构域识别底物的分子机制 | 第88-90页 |
| 4.5 结论 | 第90-92页 |
| 第5章 总结与展望 | 第92-96页 |
| 5.1 Pin1的动力学与功能研究 | 第92页 |
| 5.2 WW结构域识别底物的机制研究 | 第92页 |
| 5.3 展望 | 第92-96页 |
| 参考文献 | 第96-116页 |
| 附录A Pin1,PPIase和WW结构域的~1H-~(15)N HSQC谱图归属 | 第116-118页 |
| 附录B RDC介质的配制以及数据处理 | 第118-120页 |
| 附录C 自旋弛豫相关数据处理 | 第120-122页 |
| 附录D 小角X射线散射实验数据处理 | 第122-126页 |
| 致谢 | 第126-130页 |
| 作者简历及攻读博士学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第130页 |
