| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-39页 |
| 1.1 转录调控相关蛋白概述 | 第15-19页 |
| 1.1.1 TGIF1蛋白的研究概述 | 第16-18页 |
| 1.1.2 肺炎链球菌蛋白SP_0782的研究概述 | 第18-19页 |
| 1.2 研究蛋白质三维结构方法简介 | 第19-32页 |
| 1.2.1 NMR方法 | 第22-28页 |
| 1.2.2 X-ray方法 | 第28-31页 |
| 1.2.3 SAXS技术 | 第31-32页 |
| 1.3 研究蛋白质-核酸相互作用方法简介 | 第32-37页 |
| 1.3.1 NMR方法 | 第33-35页 |
| 1.3.2 ITC实验 | 第35-36页 |
| 1.3.3 EMSA实验 | 第36-37页 |
| 1.3.4 HDX-MS实验 | 第37页 |
| 1.4 课题主要研究内容 | 第37-39页 |
| 第2章 转录因子TGIF1-HD的溶液结构与功能研究 | 第39-55页 |
| 2.1 引言 | 第39-40页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第40-48页 |
| 2.2.1 TGIF1-HD蛋白及突变体P192A和R219C样品的制备 | 第40-42页 |
| 2.2.2 双链DNA的制备 | 第42页 |
| 2.2.3 TGIF1-HD蛋白及突变体P192A和R219C样品的CD分析 | 第42-43页 |
| 2.2.4 TGIF1-HD蛋白及突变体P192A和R219C样品与DNA的ITC实验 | 第43页 |
| 2.2.5 TGIF1-HD蛋白的旋转相关时间的测定 | 第43页 |
| 2.2.6 NMR实验数据采集与处理 | 第43-44页 |
| 2.2.7 化学位移归属与结构计算 | 第44-48页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第48-54页 |
| 2.3.1 TGIF1-HD蛋白的NMR结构 | 第48-51页 |
| 2.3.2 TGIF1-HD蛋白突变体P192A和R219C的对功能的影响 | 第51-54页 |
| 2.4 小结 | 第54-55页 |
| 第3章 TGIF1-HD与dsDNA复合体的结构研究 | 第55-67页 |
| 3.1 引言 | 第55-57页 |
| 3.2 实验材料和方法 | 第57-58页 |
| 3.2.1 样品的制备 | 第57页 |
| 3.2.2 TGIF1-HD蛋白与DNA的核磁滴定实验 | 第57页 |
| 3.2.3 TGIF1-HD蛋白与DNA复合物在溶液中的旋转相关时间的测量 | 第57页 |
| 3.2.4 结合态的TGIF1-HD蛋白的核磁数据采集及主链归属 | 第57页 |
| 3.2.5 TGIF1-HD蛋白及突变体R220A和R221A的CD实验 | 第57-58页 |
| 3.2.6 突变体蛋白R220A和R221A与DNA的ITC实验 | 第58页 |
| 3.2.7 自由态和结合态的TGIF1-HD蛋白的HDX-MS实验 | 第58页 |
| 3.2.8 结合态TGIF1-HD蛋白的CEST实验 | 第58页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第58-66页 |
| 3.3.1 TGIF1-HD蛋白与DNA结合时发生构象变化 | 第58-61页 |
| 3.3.2 TGIF1-HD蛋白结合DNA的区域集中在α3螺旋 | 第61-63页 |
| 3.3.3 TGIF1-HD蛋白结合DNA的过程属于强结合慢交换 | 第63-65页 |
| 3.3.4 R220和R221是TGIF1-HD蛋白结合DNA的重要残基 | 第65-66页 |
| 3.4 小结 | 第66-67页 |
| 第4章 SP_0782蛋白的结构与功能研究 | 第67-99页 |
| 4.1 引言 | 第67-70页 |
| 4.2 实验材料和方法 | 第70-76页 |
| 4.2.1 SP_0782(7-79)样品的结构及表征实验 | 第70-74页 |
| 4.2.2 SP_0782蛋白的功能研究 | 第74-75页 |
| 4.2.3 SP_0782:ssDNA的晶体结构 | 第75-76页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第76-97页 |
| 4.3.1 蛋白SP_0782的表达 | 第76-77页 |
| 4.3.2 蛋白SP_0782以同源二聚体形式存在 | 第77-80页 |
| 4.3.3 蛋白SP_0782的三维结构 | 第80-82页 |
| 4.3.4 蛋白SP_0782的功能预测 | 第82-83页 |
| 4.3.5 蛋白SP_0782的功能验证 | 第83-91页 |
| 4.3.6 SP_0782:ssDNA复合物的晶体结构 | 第91-97页 |
| 4.4 小结 | 第97-99页 |
| 第5章 总结和展望 | 第99-103页 |
| 5.1 转录因子TGIF1-HD结构域的溶液结构与功能研究 | 第99页 |
| 5.2 TGIF1-HD与dsDNA复合体的结构研究 | 第99-100页 |
| 5.3 SP_0782蛋白的结构与功能研究 | 第100页 |
| 5.4 展望 | 第100-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 附录 | 第115-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 作者简历及攻读博士学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第123-124页 |
