| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-23页 |
| 1.1 测序技术发展历程 | 第11-12页 |
| 1.1.1 测序技术的开端 | 第11页 |
| 1.1.2 454测序平台 | 第11页 |
| 1.1.3 Illumina测序平台 | 第11页 |
| 1.1.4 SOLID测序技术 | 第11-12页 |
| 1.1.5 第二代测序技术的应用 | 第12页 |
| 1.2 第二代测序技术在刺参研究中的应用 | 第12-18页 |
| 1.2.1 第二代测序技术在化皮病研究中的应用 | 第12-15页 |
| 1.2.2 第二代测序技术在刺参再生研究中的应用 | 第15页 |
| 1.2.3 第二代测序技术在刺参夏眠研究中的应用 | 第15-16页 |
| 1.2.4 第二代测序技术在组织分化研究中的应用 | 第16页 |
| 1.2.5 第二代测序技术在刺参生长研究中的应用 | 第16-17页 |
| 1.2.6 第二代测序技术在刺参基因组研究中的应用 | 第17-18页 |
| 1.3 影响刺参生长的主要因素 | 第18-20页 |
| 1.3.1 温度对刺参生长的影响 | 第18-19页 |
| 1.3.2 盐度对刺参生长的影响 | 第19页 |
| 1.3.3 光照对刺参生长的影响 | 第19-20页 |
| 1.3.4 饵料对刺参生长的影响 | 第20页 |
| 1.3.5 养殖密度对刺参生长的影响 | 第20页 |
| 1.4 对刺参杂交育种的研究 | 第20-21页 |
| 1.5 刺参的八个生长相关基因 | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 刺参生长性状候选基因在纯繁群体及杂交群体的差异表达分析 | 第23-33页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-24页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 实验室主要使用仪器和设备 | 第23页 |
| 2.1.3 主要试剂以及配制 | 第23-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-27页 |
| 2.2.1 RNA的提取 | 第24页 |
| 2.2.2 刺参总RNA质量的检测 | 第24页 |
| 2.2.3 目的基因的获取 | 第24页 |
| 2.2.4 实验所用引物的设计 | 第24-25页 |
| 2.2.5 刺参RNA反转录PCR | 第25页 |
| 2.2.6 PCR验证引物特异性及最佳退火温度 | 第25-26页 |
| 2.2.7 实时定量PCR | 第26-27页 |
| 2.2.7.1 实时定量PCR体系 | 第26页 |
| 2.2.7.2 标准曲线的建立 | 第26页 |
| 2.2.7.3 构建实时定量PCR构建基因表达谱 | 第26页 |
| 2.2.7.4 各基因在各家系体壁组织中的相对表达量 | 第26-27页 |
| 2.3 结果与分析 | 第27-28页 |
| 2.3.1 生长性状统计 | 第27页 |
| 2.3.2 辽参各组织总RNA提取结果 | 第27页 |
| 2.3.3 RT-PCR结果 | 第27-28页 |
| 2.3.4 八个基因组织表达谱的分析 | 第28页 |
| 2.3.5 八个基因在不同家系间的表达分析 | 第28页 |
| 2.4 讨论 | 第28-33页 |
| 第三章 刺参纯系及杂交家系个体大小差异的转录组分析 | 第33-53页 |
| 3.1 实验材料 | 第33页 |
| 3.2 试验方法 | 第33页 |
| 3.2.1 样品检测 | 第33页 |
| 3.2.2 文库构建 | 第33页 |
| 3.3 刺参转录组生物信息学分析 | 第33-34页 |
| 3.3.1 测序数据及质量控制 | 第33-34页 |
| 3.3.2 转录组数据与刺参参考基因组序列比对 | 第34页 |
| 3.3.3 比对效率统计及reads在参考基因组的位置 | 第34页 |
| 3.3.4 转录组文库质量评估 | 第34页 |
| 3.4 刺参六个转录组SNP/InDel分析 | 第34页 |
| 3.5 刺参六个转录组可变剪接事件预测 | 第34-35页 |
| 3.6 基因结构优化分析 | 第35页 |
| 3.7 新基因发掘 | 第35页 |
| 3.8 基因表达量分析 | 第35-36页 |
| 3.9 差异表达基因筛选、功能注释和富集分析 | 第36页 |
| 3.9.1 差异表达基因功主要的GO富集分析 | 第36页 |
| 3.9.2 差异表达基因的KEGG注释 | 第36页 |
| 3.10 实验结果 | 第36-50页 |
| 3.10.1 样品检测 | 第36-37页 |
| 3.10.2 测序数据产出及质控 | 第37-38页 |
| 3.10.3 转录组数据与刺参基因组序列比对结果 | 第38页 |
| 3.10.4 转录组文库质量评估 | 第38-41页 |
| 3.10.5 刺参转录组SNP和InDel分析 | 第41-43页 |
| 3.10.6 刺参转录组基因可变剪接分析 | 第43-44页 |
| 3.10.7 刺参基因结构优化 | 第44页 |
| 3.10.8 新基因的筛选及功能注释 | 第44-45页 |
| 3.10.9 基因表达量分析 | 第45页 |
| 3.10.10 转录组差异表达基因分析 | 第45-50页 |
| 3.10.10.1 差异表达基因的筛选 | 第45-47页 |
| 3.10.10.2 差异表达基因聚类分析 | 第47页 |
| 3.10.10.3 差异表达基因的功能注释和富集分析 | 第47-50页 |
| (1)差异表达基因的GO分类 | 第48-49页 |
| (2)差异表达基因的KEGG注释 | 第49-50页 |
| 3.11 讨论 | 第50-53页 |
| 3.11.1 刺参个体生长差异研究 | 第50页 |
| 3.11.2 刺参六个转录组数据特征 | 第50-51页 |
| 3.11.3 刺参个体差异基因分析 | 第51页 |
| 3.11.4 刺参差异代谢通路 | 第51-52页 |
| 3.11.5 三个家系大个体刺参间的基因共表达趋势分析 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 攻读学位期间论文 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63-65页 |
