| 符号说明 | 第6-11页 |
| 中文摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 1 前言 | 第16-34页 |
| 1.1 猪肌内脂肪含量性状的研究进展 | 第16-26页 |
| 1.1.1 肌内脂肪含量的含义 | 第16页 |
| 1.1.2 肌内脂肪含量与肉质的关系 | 第16-17页 |
| 1.1.3 影响肌内脂肪沉积的因素 | 第17-19页 |
| 1.1.3.1 营养水平及饲养方式对肌内脂肪含量的影响 | 第17-18页 |
| 1.1.3.2 性别、年龄、品种对肌内脂肪含量的影响 | 第18页 |
| 1.1.3.3 神经内分泌对肌内脂肪含量的影响 | 第18-19页 |
| 1.1.4 猪出生后脂肪细胞的发育 | 第19-20页 |
| 1.1.5 脂肪沉积相关基因的研究进展 | 第20-24页 |
| 1.1.5.1 二酰甘油酰基转移酶(DGAT) | 第20-21页 |
| 1.1.5.2 Kruppel样因子(KLFs) | 第21页 |
| 1.1.5.3 苹果酸酶1(ME1) | 第21-22页 |
| 1.1.5.4 脂肪酸结合蛋白(FABPs) | 第22页 |
| 1.1.5.5 固醇调节元件结合蛋白(SREBPs) | 第22-23页 |
| 1.1.5.6 脂肪酸合成酶(FASN) | 第23页 |
| 1.1.5.7 硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD) | 第23-24页 |
| 1.1.5.8 过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助因子1A(PPARGC1A) | 第24页 |
| 1.1.6 莱芜猪及其肉质研究进展 | 第24-26页 |
| 1.1.6.1 莱芜猪的肉质特性 | 第24-25页 |
| 1.1.6.2 莱芜猪脂肪代谢相关基因的研究进展 | 第25-26页 |
| 1.2 高通量技术在猪肉质性状研究中的应用 | 第26-33页 |
| 1.2.1 基因组水平的研究 | 第26-28页 |
| 1.2.2 转录组水平的研究 | 第28-30页 |
| 1.2.2.1 转录组技术的现状 | 第28页 |
| 1.2.2.2 转录组在猪肉质性状方面的研究进展 | 第28-30页 |
| 1.2.3 表观修饰水平的研究 | 第30-33页 |
| 1.2.3.1 DNA甲基化的原理 | 第30-31页 |
| 1.2.3.2 全基因组甲基化研究 | 第31-32页 |
| 1.2.3.3 DNA甲基化在猪选育上的研究现状 | 第32-33页 |
| 1.3 本研究目的及意义 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-52页 |
| 2.1 实验动物及设计 | 第34页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第34页 |
| 2.1.2 试验设计 | 第34页 |
| 2.2 分子生物学数据库及软件 | 第34-35页 |
| 2.3 主要仪器设备 | 第35页 |
| 2.4 主要试剂及来源 | 第35-36页 |
| 2.5 常用试剂的配制 | 第36-37页 |
| 2.6 实验方法 | 第37-52页 |
| 2.6.1 肉品质性状的测定 | 第37-38页 |
| 2.6.1.1 石蜡切片及HE染色 | 第37-38页 |
| 2.6.1.2 肌内脂肪含量检测 | 第38页 |
| 2.6.1.3 脂肪酸组成检测 | 第38页 |
| 2.6.2 转录组测序 | 第38-43页 |
| 2.6.2.1 Trizol法提取总RNA | 第39页 |
| 2.6.2.2 转录组文库构建 | 第39-40页 |
| 2.6.2.3 测序数据预处理 | 第40-41页 |
| 2.6.2.4 测序数据注释 | 第41页 |
| 2.6.2.5 转录组数据的标准化分析 | 第41-42页 |
| 2.6.2.6 差异表达基因的筛选及功能富集分析 | 第42页 |
| 2.6.2.7 Real-timeqRT-PCR验证差异表达基因 | 第42-43页 |
| 2.6.3 DNA甲基化测序 | 第43-48页 |
| 2.6.3.1 DNA提取 | 第43-44页 |
| 2.6.3.2 DNA甲基化文库构建 | 第44-46页 |
| 2.6.3.3 测序数据的生物信息学分析 | 第46-48页 |
| 2.6.4 亚硫酸氢盐测序 | 第48-51页 |
| 2.6.4.1 未甲基化C转换成T | 第48页 |
| 2.6.4.2 巢式PCR | 第48-49页 |
| 2.6.4.3 PCR产物回收纯化 | 第49-50页 |
| 2.6.4.4 连接反应 | 第50页 |
| 2.6.4.5 克隆转化 | 第50页 |
| 2.6.4.6 挑取单克隆 | 第50-51页 |
| 2.6.4.7 菌液PCR检测阳性克隆 | 第51页 |
| 2.6.5 数据统计分析 | 第51-52页 |
| 3 结果与分析 | 第52-79页 |
| 3.1 莱芜猪不同发育时期肉质相关性状的动态变化 | 第52-54页 |
| 3.1.1 不同发育时期肌内脂肪含量及肌肉横截面积的变化 | 第52-53页 |
| 3.1.2 不同发育时期背最长肌脂肪酸组成的变化 | 第53-54页 |
| 3.2 莱芜猪四个不同发育时期背最长肌的转录组分析 | 第54-68页 |
| 3.2.1 RNA的提取及文库构建 | 第54-55页 |
| 3.2.2 转录组测序质量以及测序数据产出 | 第55页 |
| 3.2.3 样本间重复相关性评估 | 第55-56页 |
| 3.2.4 转录组测序数据的分析 | 第56-68页 |
| 3.2.4.1 基因表达基因的聚类 | 第56-57页 |
| 3.2.4.2 差异表达基因荧光定量PCR验证 | 第57-58页 |
| 3.2.4.3 基因共表达分析 | 第58-62页 |
| 3.2.4.4 差异表达基因的QTL分析 | 第62-63页 |
| 3.2.4.5 差异表达基因的功能分析 | 第63-66页 |
| 3.2.4.6 与脂肪沉积功能相关的候选基因 | 第66页 |
| 3.2.4.7 发育过程中与肌内脂肪沉积相关的转录调控因子的预测 | 第66-68页 |
| 3.3 莱芜猪肌内脂肪快速沉积时期背最长肌DNA甲基化水平的变化 | 第68-74页 |
| 3.3.1 120d和240d莱芜猪背最长肌DNA的提取 | 第68页 |
| 3.3.2 DNA甲基化文库构建 | 第68页 |
| 3.3.3 RRBS测序质量 | 第68-69页 |
| 3.3.4 RRBS数据分析 | 第69-74页 |
| 3.3.4.1 甲基化的C在染色体上的分布 | 第69-70页 |
| 3.3.4.2 基因不同功能元件的甲基化水平分布 | 第70-71页 |
| 3.3.4.3 高甲基化CGI注释 | 第71-72页 |
| 3.3.4.4 DMR检测及注释 | 第72页 |
| 3.3.4.5 启动子区DMR的功能富集 | 第72-74页 |
| 3.4 肌内脂肪快速沉积时期莱芜猪背最长肌转录组与DNA甲基化组变化的联合分析 | 第74-75页 |
| 3.4.1 基因表达与DNA甲基化的关系 | 第74页 |
| 3.4.2 位于DMR的差异表达基因 | 第74-75页 |
| 3.5 莱芜猪肌内脂肪含量相关基因的表达特征 | 第75-79页 |
| 4 讨论 | 第79-87页 |
| 4.1 不同发育阶段莱芜猪肉质表型性状的差异 | 第79页 |
| 4.2 背最长肌发育过程中的表达变化 | 第79-83页 |
| 4.2.1 发育过程中与脂肪沉积相关的共表达基因分析 | 第79-80页 |
| 4.2.2 相邻时期与脂肪沉积相关候选基因的功能分析 | 第80-82页 |
| 4.2.3 与脂肪沉积相关的转录因子的调控机制 | 第82-83页 |
| 4.3 DNA甲基化影响肌内脂肪的沉积 | 第83-87页 |
| 4.3.1 DNA甲基化与基因表达调控的作用 | 第83-84页 |
| 4.3.2 基因启动子区甲基化的功能 | 第84页 |
| 4.3.3 甲基化对脂肪沉积的作用 | 第84-87页 |
| 5 结论 | 第87-88页 |
| 6 参考文献 | 第88-108页 |
| 附录 | 第108-114页 |
| 附 资助经费 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 攻读博士期间发表论文情况 | 第116页 |
