| 致谢 | 第7-8页 |
| 缩写注餐 | 第8-12页 |
| 摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-43页 |
| 1. 四氢呋喃降解菌及降解途径的研究 | 第17-23页 |
| 1.1 四氢呋喃降解菌的分离与种类 | 第17-18页 |
| 1.2 四氢呋喃降解途径的研究进展 | 第18-22页 |
| 1.3 四氢呋喃单加氧酶及其基因研究进展 | 第22-23页 |
| 2. 基础代谢组学在微生物研究中的运用 | 第23-30页 |
| 2.1 代谢组学研究微生物响应环境压力 | 第25-27页 |
| 2.2 代谢组学研究微生物基因功能 | 第27-29页 |
| 2.3 代谢组学在发酵工艺的监控和优化中的运用 | 第29页 |
| 2.4 代谢组学在环境微生物领域的运用 | 第29-30页 |
| 2.5 展望 | 第30页 |
| 3. 海藻糖在细胞应对逆境胁迫响应与适应中的作用机制 | 第30-34页 |
| 3.1 微生物细胞内海藻糖的积累机制 | 第31-32页 |
| 3.2 海藻糖保护微生物细胞的作用机制 | 第32-33页 |
| 3.3 展望 | 第33-34页 |
| 4. 生物强化中的微生物定殖研究 | 第34-36页 |
| 4.1 与生物刺激法联合 | 第34-35页 |
| 4.2 利用生物载体将强化微生物固定化 | 第35页 |
| 4.3 投加与降解菌产生共聚效应的菌株 | 第35-36页 |
| 5. 微生物在生物降解过程中的互作关系研究 | 第36-39页 |
| 5.1 互作模式的类型 | 第36-39页 |
| 5.2 展望 | 第39页 |
| 6. 研究的目的、意义及主要内容 | 第39-43页 |
| 6.1 研究的目的和意义 | 第39-40页 |
| 6.2 研究的主要内容 | 第40-43页 |
| 第二章 四氢呋喃下Rhodococcus sp.YYL的代谢组研究 | 第43-73页 |
| 第一节 Rhodococcus sp.YYL代谢网络变化研究 | 第44-61页 |
| 1. 材料与方法 | 第45-49页 |
| 1.1 材料与试剂 | 第45页 |
| 1.2 实验方法 | 第45-49页 |
| 2. 结果与分析 | 第49-57页 |
| 2.1 红球菌YYL代谢物的谱图 | 第49-52页 |
| 2.2 PCA法分析红球菌YYL代谢组整体水平差异 | 第52-53页 |
| 2.3 OPLS-DA验证红球菌YYL代谢物的变化 | 第53-55页 |
| 2.4 菌株YYL在降解THF时基因表达的变化 | 第55-57页 |
| 3. 小结与讨论 | 第57-61页 |
| 3.1 与能量代谢相关的糖酵解循环 | 第58-59页 |
| 3.2 与THF降解相关的三羧酸循环(TCA) | 第59页 |
| 3.3 与渗透调节相关的代谢 | 第59-60页 |
| 3.4 氨基酸及核苷酸代谢 | 第60-61页 |
| 第二节 海藻糖对Rhodococcus sp.YYL降解THF性能的影响研究 | 第61-73页 |
| 1. 材料与方法 | 第62-65页 |
| 1.1 培养基 | 第62页 |
| 1.2 样品收集与蛋白、RNA的提取 | 第62-63页 |
| 1.3 THF气象色谱测定条件 | 第63页 |
| 1.4 蛋白定量、酶活与反映抗氧化活性的物质测定 | 第63-64页 |
| 1.5 实时荧光定量PCR分析 | 第64-65页 |
| 2. 结果与分析 | 第65-70页 |
| 2.1 海藻糖对菌株YYL降解THF的影响 | 第65-67页 |
| 2.2 海藻糖对菌株YYL降解THF时能量代谢影响 | 第67-68页 |
| 2.3 海藻糖对菌株YYL降解THF时的抗氧化系统影响 | 第68-70页 |
| 3. 小结与讨论 | 第70-73页 |
| 第三章 海藻糖在处理四氢呋喃废水系统中的生态效应 | 第73-110页 |
| 第一节 细菌总群落结构变化研究及胞外多糖成分分析 | 第74-84页 |
| 1. 材料与方法 | 第75-77页 |
| 1.1 反应器运行 | 第75-76页 |
| 1.2 活性污泥总DNA提取 | 第76页 |
| 1.3 454焦磷酸测序及数据分析 | 第76-77页 |
| 1.4 活性污泥混合液悬浮固体(MLSS)测定 | 第77页 |
| 1.5 EPS提取及测定 | 第77页 |
| 2. 结果与分析 | 第77-83页 |
| 2.1 序列质量评估 | 第77-78页 |
| 2.2 Beta多样性分析 | 第78-79页 |
| 2.3 物种丰度分析 | 第79-80页 |
| 2.4 依据门类分类水平的微生物群落结构分析 | 第80-82页 |
| 2.5 污泥中胞外多聚物(EPS)含量变化 | 第82-83页 |
| 3. 小结与讨论 | 第83-84页 |
| 第二节 可溶性单铁单加氧酶基因(SDIMO)及细胞色素P450氧化酶基因(CYP153)多样性分析 | 第84-97页 |
| 1. 材料与方法 | 第85-88页 |
| 1.1 反应器运行 | 第85页 |
| 1.2 活性污泥总DNA提取 | 第85-86页 |
| 1.3 污泥降解THF摇瓶实验 | 第86页 |
| 1.4 基因SDIMO和CYP153的PCR扩增 | 第86页 |
| 1.5 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第86-87页 |
| 1.6 基因SDIMO和CYP153克隆文库分析 | 第87页 |
| 1.7 荧光定量PCR(qPCR)分析 | 第87-88页 |
| 2. 结果与分析 | 第88-95页 |
| 2.1 反应器污泥THF降解效率 | 第88页 |
| 2.2 基因SDIMO丰度及多样性变化 | 第88-92页 |
| 2.3 基因CYP153丰度及多样性变化 | 第92-95页 |
| 3. 小结与讨论 | 第95-97页 |
| 第三节 参与氮循环细菌菌群结构变化研究 | 第97-110页 |
| 1. 材料与方法 | 第97-99页 |
| 1.1 反应器运行 | 第97页 |
| 1.2 活性污泥总DNA提取 | 第97-98页 |
| 1.3 可溶性无机氮的测定 | 第98页 |
| 1.4 氮循环相关功能基因的PCR扩增 | 第98页 |
| 1.5 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第98-99页 |
| 1.6 功能基因克隆文库分析 | 第99页 |
| 1.7 荧光定量PCR(qPCR)分析 | 第99页 |
| 2. 结果与分析 | 第99-108页 |
| 2.1 反应器出水中可溶性无机氮含量变化 | 第99-100页 |
| 2.2 氮循环相关功能基因DGGE结果 | 第100-104页 |
| 2.3 氮循环相关功能基因克隆文库分析 | 第104-107页 |
| 2.4 氮循环相关功能基因qPCR分析 | 第107-108页 |
| 3. 小结与讨论 | 第108-110页 |
| 第四章 THF降解菌Rhodococcus sp.YYL与非降解菌Bacillus cereus HZX的互作关系研究 | 第110-138页 |
| 第一节 THF降解菌Rhodococcus sp.YYL与非降解菌Bacillus cereus HZX共培养中的相互影响 | 第111-117页 |
| 1. 材料与方法 | 第111-113页 |
| 1.1 培养基及菌株接种量 | 第111-112页 |
| 1.2 THF浓度及pH值测定 | 第112页 |
| 1.3 菌株比例测定 | 第112页 |
| 1.4 基因thm的表达水平检测 | 第112-113页 |
| 2. 结果与分析 | 第113-116页 |
| 2.1 THF降解曲线 | 第113页 |
| 2.2 培养基中pH值变化曲线 | 第113-114页 |
| 2.3 THF单加氧酶基因表达水平变化(thm/Ru) | 第114-115页 |
| 2.4 菌株YYL与HZX的比例变化(thm/GEM) | 第115-116页 |
| 3. 小结与讨论 | 第116-117页 |
| 第二节 单独培养与共培养中的宏转录组学比较分析 | 第117-138页 |
| 1. 材料与方法 | 第117-122页 |
| 1.1 样品准备 | 第117页 |
| 1.2 总RNA提取与质检 | 第117-118页 |
| 1.3 转录组测序 | 第118-119页 |
| 1.4 数据预处理 | 第119-120页 |
| 1.5 序列组装 | 第120页 |
| 1.6 NR注释 | 第120页 |
| 1.7 基因组成分析 | 第120-121页 |
| 1.8 基因定量 | 第121页 |
| 1.9 基因功能注释 | 第121-122页 |
| 1.10 差异基因表达及其GO、KEGG显著性富集分析 | 第122页 |
| 2. 结果与分析 | 第122-136页 |
| 2.1 样品总RNA提取 | 第122-123页 |
| 2.2 序列组装 | 第123-124页 |
| 2.3 基于对公共数据库检索的功能注释 | 第124-128页 |
| 2.4 基因表达差异分析 | 第128-129页 |
| 2.5 差异基因GO显著性富集分析 | 第129-132页 |
| 2.6 差异基因KEGG显著性富集分析 | 第132-135页 |
| 2.7 THF降解相关基因表达分析 | 第135-136页 |
| 3. 小结与讨论 | 第136-138页 |
| 第五章 论文总结 | 第138-140页 |
| 1. 论文的主要研究结论 | 第138页 |
| 2. 论文的创新之处 | 第138-139页 |
| 3. 论文的不足与展望 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-160页 |
| 攻读博士学位期间研究成果与个人荣誉 | 第160页 |
