| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 缩略词 | 第9-16页 |
| 第1章 绪论 | 第16-37页 |
| 1.1 课题背景 | 第16-17页 |
| 1.2 微生物絮凝剂的研究进展 | 第17-25页 |
| 1.2.1 微生物絮凝剂的有效成分 | 第17-19页 |
| 1.2.2 微生物絮凝剂合成的影响因素 | 第19-21页 |
| 1.2.3 微生物絮凝剂相关基因的研究 | 第21-22页 |
| 1.2.4 微生物絮凝剂的应用 | 第22-23页 |
| 1.2.5 多糖型微生物絮凝剂的研究进展 | 第23-25页 |
| 1.3 细菌胞外多糖合成的研究进展 | 第25-30页 |
| 1.3.1 细菌胞外多糖的特性 | 第25-27页 |
| 1.3.2 细菌胞外多糖的生物合成 | 第27-28页 |
| 1.3.3 细菌胞外多糖合成基因 | 第28-30页 |
| 1.4 细菌的群体感应现象 | 第30-32页 |
| 1.5 Agrobacterium tumefaciens C58研究进展 | 第32-34页 |
| 1.6 课题目的意义及主要研究内容 | 第34-37页 |
| 1.6.1 课题来源 | 第34页 |
| 1.6.2 研究的目的和意义 | 第34-35页 |
| 1.6.3 主要研究内容 | 第35-36页 |
| 1.6.4 技术路线 | 第36-37页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第37-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-39页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第37页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第37-38页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第38-39页 |
| 2.2 实验方法 | 第39-46页 |
| 2.2.1 微生物絮凝剂的制备 | 第39页 |
| 2.2.2 基因组和比较基因组分析 | 第39-40页 |
| 2.2.3 转录组测序与基因差异分析 | 第40-42页 |
| 2.2.4 转录组数据的可靠性验证 | 第42-45页 |
| 2.2.5 AHLs对微生物絮凝剂合成影响的实验方法 | 第45-46页 |
| 2.3 检测方法 | 第46-49页 |
| 2.3.1 产絮菌F2生长特性的测定 | 第46页 |
| 2.3.2 微生物絮凝剂絮凝效果的测定 | 第46页 |
| 2.3.3 微生物絮凝剂有效成分含量的测定 | 第46-47页 |
| 2.3.4 微生物絮凝剂发酵液中信号分子的检测 | 第47-49页 |
| 第3章 微生物絮凝剂合成及调控基因解析 | 第49-67页 |
| 3.1 引言 | 第49页 |
| 3.2 全基因组测序基本分析 | 第49-51页 |
| 3.3 基因功能预测与分类 | 第51-53页 |
| 3.4 Agrobacterium tumefaciens F2与C58比较基因组分析 | 第53-56页 |
| 3.4.1 Agrobacterium基因组基本特征比较 | 第53-54页 |
| 3.4.2 同源基因聚类分析 | 第54页 |
| 3.4.3 基因组共线性分析 | 第54-56页 |
| 3.5 代谢途径与调控系统分析 | 第56-61页 |
| 3.5.1 物质代谢途径 | 第57-58页 |
| 3.5.2 跨膜转运系统 | 第58-59页 |
| 3.5.3 代谢的调控系统 | 第59-61页 |
| 3.6 微生物絮凝剂合成相关基因的解析 | 第61-66页 |
| 3.6.1 微生物絮凝剂合成基因的解析 | 第61-63页 |
| 3.6.2 群体感应系统调控基因的解析 | 第63-66页 |
| 3.7 本章小结 | 第66-67页 |
| 第4章 多糖型微生物絮凝剂合成途径构建 | 第67-95页 |
| 4.1 引言 | 第67页 |
| 4.2 不同发酵条件下微生物絮凝剂合成效能 | 第67-69页 |
| 4.3 转录组测序质量评估 | 第69-74页 |
| 4.3.1 RNA质量检测 | 第69页 |
| 4.3.2 与参考基因组和参考基因比对分析 | 第69-71页 |
| 4.3.3 转录组测序随机性评价 | 第71-72页 |
| 4.3.4 Reads在基因组上的分布 | 第72-73页 |
| 4.3.5 基因覆盖度的统计 | 第73-74页 |
| 4.4 差异表达基因的分析 | 第74-78页 |
| 4.4.1 基因的表达差异分析 | 第74-75页 |
| 4.4.2 差异基因GO功能富集分析 | 第75-77页 |
| 4.4.3 差异基因KEGG通路富集分析 | 第77-78页 |
| 4.5 转录组数据的可靠性验证 | 第78-82页 |
| 4.5.1 内参基因的选择 | 第79-80页 |
| 4.5.2 双标准曲线的建立 | 第80-81页 |
| 4.5.3 转录组测序的验证 | 第81-82页 |
| 4.6 多糖型微生物絮凝剂合成相关基因解析 | 第82-90页 |
| 4.6.1 多糖型微生物絮凝剂合成过程差异基因分析 | 第82-87页 |
| 4.6.2 多糖型微生物絮凝剂合成基因簇解析 | 第87-89页 |
| 4.6.3 多糖型微生物絮凝剂合成调控基因解析 | 第89-90页 |
| 4.7 多糖型微生物絮凝剂合成途径的构建 | 第90-93页 |
| 4.8 本章小结 | 第93-95页 |
| 第5章 基于群体感应的微生物絮凝剂合成调控机制 | 第95-125页 |
| 5.1 引言 | 第95页 |
| 5.2 产絮菌F2发酵液中AHLS的检测 | 第95-101页 |
| 5.3 投加AHLS对产絮菌F2的影响 | 第101-103页 |
| 5.3.1 投加AHLs对多糖型微生物絮凝剂合成影响 | 第101-103页 |
| 5.3.2 投加AHLs对菌株生长的影响 | 第103页 |
| 5.4 投加AHLS下发酵条件的优化 | 第103-113页 |
| 5.4.1 温度对多糖型微生物絮凝剂合成影响 | 第103-105页 |
| 5.4.2 初始pH值对多糖型微生物絮凝剂合成影响 | 第105-106页 |
| 5.4.3 基于响应面法投加C6-HSL对发酵条件优化 | 第106-110页 |
| 5.4.4 基于响应面法投加 3-oxo-C8HSL对发酵条件优化 | 第110-113页 |
| 5.5 C6-HSL对相关合成和调控基因表达的影响 | 第113-123页 |
| 5.5.1 C6-HSL投加下差异表达基因的分析 | 第113-118页 |
| 5.5.2 C6-HSL投加下差异基因的功能解析 | 第118-122页 |
| 5.5.3 微生物絮凝剂合成的群体调控机制 | 第122-123页 |
| 5.6 本章小结 | 第123-125页 |
| 结论 | 第125-126页 |
| 创新点 | 第126页 |
| 展望与建议 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-144页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第144-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 个人简历 | 第147页 |
