| 中文摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| Chapter 1: Introduction & Literature Review | 第9-18页 |
| 1.1 Translation regulation | 第9-10页 |
| 1.2 Translation Efficiency | 第10页 |
| 1.3 Codon usage and translation level | 第10-11页 |
| 1.4 t RNA Abundance and codons frequencies | 第11-12页 |
| 1.5 Calculate absolute frequency | 第12页 |
| 1.6 Determining Codon usage bias | 第12-14页 |
| 1.6.1 The Relative Synonymous Codon Usage (RSCU) | 第12-13页 |
| 1.6.2 The Codon Adaptation Index (CAI) | 第13-14页 |
| 1.7 Rare codons | 第14-16页 |
| 1.8 t RNA Allotment/Allocation | 第16-18页 |
| Chapter 2: The purpose and significance of our topic | 第18-21页 |
| Chapter 3: Materials and Methods | 第21-28页 |
| 3.1 Data collection | 第21页 |
| 3.2 Estimation on t RNA adapeness index (t AI) | 第21页 |
| 3.3 Co-occurrence of identical codons at the ribosome A site | 第21-24页 |
| 3.4 Deciphering the rules of t RNA allocation through the simulation of translationprocess | 第24-28页 |
| Chapter 4: Result | 第28-36页 |
| 4.1 Codon frequency bias at the A sites of translating ribosomes | 第28-30页 |
| 4.2 An optimal t RNA allocation during translation | 第30-34页 |
| 4.2.1 A hypothesis about t RNA allocation | 第30-31页 |
| 4.2.2 Basic properties of the simulation model | 第31-32页 |
| 4.2.3 t RNA allocation and elongation rate | 第32-34页 |
| 4.3 The effect of t RNA supply and demand on t RNA allocation | 第34-36页 |
| Chapter 5: Discussion | 第36-38页 |
| Chapter 6: References | 第38-44页 |
| Appendix | 第44-49页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第49页 |
