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高山“温室植物”塔黄microRNA的鉴定及功能研究

中文摘要第3-4页
ABSTRACT第4页
第一章 引言第9-32页
    1.1 MIRNA简介第9-10页
    1.2 植物MIRNA的起源和产生第10-15页
        1.2.1 植物miRNA的起源第10-11页
        1.2.2 植物miRNA的生物合成第11-15页
    1.3 植物MIRNA的特征第15-19页
        1.3.1 植物miRNA的作用机制第15页
        1.3.2 植物miRNA的基本特点第15-19页
    1.4 植物MIRNA的生物学功能第19-24页
        1.4.1 miRNA参与了细胞的命运决定和植物的形态学建成调控第19-21页
        1.4.2 miRNA参与了植物对环境胁迫应答的调控第21-23页
        1.4.3 miRNA与信号转导相关第23-24页
    1.5 植物MIRNA的研究方法第24-28页
        1.5.1 植物miRNA的鉴定方法第24-27页
        1.5.2 植物miRNA的功能研究第27-28页
    1.6 高山“温室植物”塔黄第28-30页
    1.7 本文工作的目的和意义第30-32页
第二章 材料和方法第32-48页
    2.1 实验材料第32-33页
        2.1.1 植物材料第32页
        2.1.2 主要药品和试剂第32页
        2.1.3 实验用引物和探针序列第32-33页
        2.1.4 主要数据库和分析软件第33页
        2.1.5 实验主要仪器第33页
    2.2 塔黄小RNA文库构建相关实验和方法第33-39页
        2.2.1 塔黄总RNA的提取—TSB/APC法第33-35页
        2.2.2 传统克隆法构建小RNA文库和测序第35-39页
    2.3 塔黄转录组文库构建相关实验和方法第39-42页
        2.3.1 Illumina cDNA文库的构建和Solexa测序第39-40页
        2.3.2 序列组装第40页
        2.3.3 功能注释第40-41页
        2.3.4 差异表达分析第41-42页
    2.4 塔黄MIRNA的鉴定和功能分析方法第42-48页
        2.4.1 小RNA文库的生物信息学分析第43-44页
        2.4.2 miRNA的差异表达分析第44-45页
        2.4.3 northern杂交验证miRNA的表达第45-47页
        2.4.4 RT-PCR和克隆测序鉴定miRNA的前体第47页
        2.4.5 miRNA的靶基因预测第47-48页
第三章 结果和分析第48-105页
    3.1 植物总RNA的提取方法的摸索第48-55页
        3.1.1 提取小叶黄杨和酸模叶寥的叶片RNA第48-49页
        3.1.2 加大叶片量并省略掉抽提过程提取塔黄下部叶子RNA第49页
        3.1.3 改进提取缓冲液配方:在提取缓冲液中加入巯基乙醇第49-50页
        3.1.4 改进实验体系以及梯度巯基乙醇条件摸索第50页
        3.1.5 重复疏基乙醇梯度实验并增加SDS浓度至2%第50-51页
        3.1.6 核酸抽提次数的确定第51-52页
        3.1.7 不同体积氯仿抽提实验第52页
        3.1.8 其它条件的摸索第52-53页
        3.1.9 塔黄上部叶子RNA的提取第53-54页
        3.1.10 不同力度摇晃实验第54-55页
    3.2 塔黄小RNA克隆法文库构建第55-63页
        3.2.1 小RNA富集和纯化第55页
        3.2.2 3'端接头连接第55-57页
        3.2.3 5'端接头连接第57-58页
        3.2.4 RT-PCR第58页
        3.2.5 Concatamerization实验第58-61页
        3.2.6 克隆实验第61-63页
    3.3 小RNA测序的初步分析结果第63-68页
        3.3.1 传统克隆法构建的小RNA文库第63-66页
        3.3.2 高通量测序构建的小RNA文库第66-68页
        3.3.3 两种小RNA文库比较分析第68页
    3.4 塔黄转录组特性分析第68-81页
        3.4.1 cDNA文库的组装结果第69-71页
        3.4.2 转录本的功能注释第71-75页
        3.4.3 塔黄上、下部叶子中基因的差异表达第75-81页
    3.5 塔黄MIRNA的鉴定和功能分析第81-105页
        3.5.1 塔黄小RNA的种类分布和数量第81-82页
        3.5.2 塔黄保守的miRNA的鉴定第82-87页
        3.5.3 塔黄新miRNA的预测第87-90页
        3.5.4 塔黄miRNA的差异表达分析第90-91页
        3.5.5 northern杂交验证miRNA的表达第91-95页
        3.5.6 miRNA前体的鉴定第95-96页
        3.5.7 miRNA靶基因的预测与分析第96-99页
        3.5.8 miRNA及其靶基因的丰度差异对应分析第99-105页
第四章 讨论第105-109页
参考文献第109-124页
附录第124-156页
在学期间的研究成果第156-157页
致谢第157页

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