中文摘要 | 第3-4页 |
ABSTRACT | 第4页 |
第一章 引言 | 第9-32页 |
1.1 MIRNA简介 | 第9-10页 |
1.2 植物MIRNA的起源和产生 | 第10-15页 |
1.2.1 植物miRNA的起源 | 第10-11页 |
1.2.2 植物miRNA的生物合成 | 第11-15页 |
1.3 植物MIRNA的特征 | 第15-19页 |
1.3.1 植物miRNA的作用机制 | 第15页 |
1.3.2 植物miRNA的基本特点 | 第15-19页 |
1.4 植物MIRNA的生物学功能 | 第19-24页 |
1.4.1 miRNA参与了细胞的命运决定和植物的形态学建成调控 | 第19-21页 |
1.4.2 miRNA参与了植物对环境胁迫应答的调控 | 第21-23页 |
1.4.3 miRNA与信号转导相关 | 第23-24页 |
1.5 植物MIRNA的研究方法 | 第24-28页 |
1.5.1 植物miRNA的鉴定方法 | 第24-27页 |
1.5.2 植物miRNA的功能研究 | 第27-28页 |
1.6 高山“温室植物”塔黄 | 第28-30页 |
1.7 本文工作的目的和意义 | 第30-32页 |
第二章 材料和方法 | 第32-48页 |
2.1 实验材料 | 第32-33页 |
2.1.1 植物材料 | 第32页 |
2.1.2 主要药品和试剂 | 第32页 |
2.1.3 实验用引物和探针序列 | 第32-33页 |
2.1.4 主要数据库和分析软件 | 第33页 |
2.1.5 实验主要仪器 | 第33页 |
2.2 塔黄小RNA文库构建相关实验和方法 | 第33-39页 |
2.2.1 塔黄总RNA的提取—TSB/APC法 | 第33-35页 |
2.2.2 传统克隆法构建小RNA文库和测序 | 第35-39页 |
2.3 塔黄转录组文库构建相关实验和方法 | 第39-42页 |
2.3.1 Illumina cDNA文库的构建和Solexa测序 | 第39-40页 |
2.3.2 序列组装 | 第40页 |
2.3.3 功能注释 | 第40-41页 |
2.3.4 差异表达分析 | 第41-42页 |
2.4 塔黄MIRNA的鉴定和功能分析方法 | 第42-48页 |
2.4.1 小RNA文库的生物信息学分析 | 第43-44页 |
2.4.2 miRNA的差异表达分析 | 第44-45页 |
2.4.3 northern杂交验证miRNA的表达 | 第45-47页 |
2.4.4 RT-PCR和克隆测序鉴定miRNA的前体 | 第47页 |
2.4.5 miRNA的靶基因预测 | 第47-48页 |
第三章 结果和分析 | 第48-105页 |
3.1 植物总RNA的提取方法的摸索 | 第48-55页 |
3.1.1 提取小叶黄杨和酸模叶寥的叶片RNA | 第48-49页 |
3.1.2 加大叶片量并省略掉抽提过程提取塔黄下部叶子RNA | 第49页 |
3.1.3 改进提取缓冲液配方:在提取缓冲液中加入巯基乙醇 | 第49-50页 |
3.1.4 改进实验体系以及梯度巯基乙醇条件摸索 | 第50页 |
3.1.5 重复疏基乙醇梯度实验并增加SDS浓度至2% | 第50-51页 |
3.1.6 核酸抽提次数的确定 | 第51-52页 |
3.1.7 不同体积氯仿抽提实验 | 第52页 |
3.1.8 其它条件的摸索 | 第52-53页 |
3.1.9 塔黄上部叶子RNA的提取 | 第53-54页 |
3.1.10 不同力度摇晃实验 | 第54-55页 |
3.2 塔黄小RNA克隆法文库构建 | 第55-63页 |
3.2.1 小RNA富集和纯化 | 第55页 |
3.2.2 3'端接头连接 | 第55-57页 |
3.2.3 5'端接头连接 | 第57-58页 |
3.2.4 RT-PCR | 第58页 |
3.2.5 Concatamerization实验 | 第58-61页 |
3.2.6 克隆实验 | 第61-63页 |
3.3 小RNA测序的初步分析结果 | 第63-68页 |
3.3.1 传统克隆法构建的小RNA文库 | 第63-66页 |
3.3.2 高通量测序构建的小RNA文库 | 第66-68页 |
3.3.3 两种小RNA文库比较分析 | 第68页 |
3.4 塔黄转录组特性分析 | 第68-81页 |
3.4.1 cDNA文库的组装结果 | 第69-71页 |
3.4.2 转录本的功能注释 | 第71-75页 |
3.4.3 塔黄上、下部叶子中基因的差异表达 | 第75-81页 |
3.5 塔黄MIRNA的鉴定和功能分析 | 第81-105页 |
3.5.1 塔黄小RNA的种类分布和数量 | 第81-82页 |
3.5.2 塔黄保守的miRNA的鉴定 | 第82-87页 |
3.5.3 塔黄新miRNA的预测 | 第87-90页 |
3.5.4 塔黄miRNA的差异表达分析 | 第90-91页 |
3.5.5 northern杂交验证miRNA的表达 | 第91-95页 |
3.5.6 miRNA前体的鉴定 | 第95-96页 |
3.5.7 miRNA靶基因的预测与分析 | 第96-99页 |
3.5.8 miRNA及其靶基因的丰度差异对应分析 | 第99-105页 |
第四章 讨论 | 第105-109页 |
参考文献 | 第109-124页 |
附录 | 第124-156页 |
在学期间的研究成果 | 第156-157页 |
致谢 | 第157页 |