| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 1 引言 | 第11-27页 |
| 1.1 婴儿肠道菌群来源的可能性途径 | 第11-17页 |
| 1.1.1 分娩前以胎盘为通路的母婴菌群传递 | 第11-13页 |
| 1.1.2 分娩前以羊水为通路的母婴菌群传递 | 第13-14页 |
| 1.1.3 分娩过程中产道菌群的垂直传递 | 第14-15页 |
| 1.1.4 分娩过程中粪便菌群的污染 | 第15-16页 |
| 1.1.5 哺乳过程中进行微生物传递 | 第16页 |
| 1.1.6 母婴亲密接触菌群的交叉传递 | 第16-17页 |
| 1.2 婴儿肠道菌群建立的影响因素及其对健康的重要性 | 第17-21页 |
| 1.2.1 婴儿肠道菌群建立的影响因素 | 第17-20页 |
| 1.2.2 肠道菌群对婴儿健康的重要性 | 第20-21页 |
| 1.3 新型分子生物学技术和生物信息学在菌群研究中的应用 | 第21-25页 |
| 1.3.1 早期分子生物学技术 | 第21-22页 |
| 1.3.2 定量PCR技术 | 第22-24页 |
| 1.3.3 基因组测序及多组学联用技术 | 第24-25页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第25-27页 |
| 2 材料和方法 | 第27-40页 |
| 2.1 材料 | 第27-31页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第27-28页 |
| 2.1.2 本试验选用的探针引物 | 第28-30页 |
| 2.1.3 试验试剂 | 第30页 |
| 2.1.4 仪器设备 | 第30-31页 |
| 2.2 试验方法 | 第31-40页 |
| 2.2.1 样品的采集和保存 | 第31-32页 |
| 2.2.2 细菌宏基因组DNA提取 | 第32页 |
| 2.2.3 细菌16S rRNA基因序列全长扩增 | 第32-34页 |
| 2.2.4 SMRT测序及序列分析 | 第34-37页 |
| 2.2.5 高质量序列提取 | 第37页 |
| 2.2.6 测序结果生物信息学分析 | 第37-38页 |
| 2.2.7 母婴样品常见菌的微滴式数字PCR定量研究 | 第38-39页 |
| 2.2.8 数据统计分析及图表绘制 | 第39页 |
| 2.2.9 核酸序列登录号 | 第39-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-81页 |
| 3.1 序列丰度和多样性分析 | 第40-50页 |
| 3.2 母婴样品菌群结构 | 第50-63页 |
| 3.2.1 门水平上的母婴样品菌群结构 | 第50-53页 |
| 3.2.2 属水平上的母婴样品菌群结构 | 第53-59页 |
| 3.2.3 种水平上的母婴样品菌群结构 | 第59-63页 |
| 3.3 母婴样品菌群差异性与相似性分析 | 第63-69页 |
| 3.3.1 基于α多样性的母婴样品菌群比较分析 | 第63-64页 |
| 3.3.2 基于β多样性的母婴样品菌群比较分析 | 第64-67页 |
| 3.3.3 婴儿胎粪菌群与母源样品的相似性分析 | 第67-69页 |
| 3.4 婴儿胎粪中细菌的溯源分析 | 第69-78页 |
| 3.4.1 婴儿胎粪细菌的母亲源溯源分析 | 第69-77页 |
| 3.4.2 婴儿胎粪中细菌的非母亲源溯源分析 | 第77-78页 |
| 3.5 基于菌群OTU的代谢通路预测 | 第78-81页 |
| 4 讨论 | 第81-85页 |
| 5 结论 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-106页 |
| 附录 | 第106-108页 |
| 作者简介 | 第108-109页 |
