| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 第一篇 文献综述 | 第16页 |
| 第一章 嗜水气单胞菌研究进展 | 第16-38页 |
| 1 嗜水气单胞菌致病性研究进展 | 第16-22页 |
| 1.1 病原 | 第16页 |
| 1.2 流行病学 | 第16-17页 |
| 1.3 嗜水气单胞菌主要的毒力因子 | 第17-22页 |
| 2 细菌毒力基因筛选技术研究进展 | 第22-26页 |
| 2.1 比较基因组学 | 第22页 |
| 2.2 转座子随机突变技术 | 第22-23页 |
| 2.3 DNA芯片技术 | 第23-24页 |
| 2.4 抑制性差减杂交技术 | 第24页 |
| 2.5 体内诱导技术 | 第24-25页 |
| 2.6 体内诱导抗原技术 | 第25页 |
| 2.7 其他筛选方法 | 第25-26页 |
| 3 细菌毒力评估模型的研究进展 | 第26-28页 |
| 3.1 斑马鱼 | 第26页 |
| 3.2 四膜虫 | 第26-27页 |
| 3.3 秀丽隐杆线虫 | 第27-28页 |
| 3.4 盘基网柄菌 | 第28页 |
| 4 研究目的及意义 | 第28-29页 |
| 参考文献 | 第29-38页 |
| 第二篇 试验研究 | 第38页 |
| 第二章 嗜水气单胞菌全基因组测序及比较基因组学研究 | 第38-84页 |
| 1 材料与方法 | 第39-44页 |
| 1.1 菌株、基因组及实验动物 | 第39-40页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第40页 |
| 1.3 细菌的全基因组测序 | 第40-41页 |
| 1.4 嗜水气单胞菌毒力的测定 | 第41-42页 |
| 1.5 比较基因组学分析 | 第42-44页 |
| 2 结果 | 第44-73页 |
| 2.1 基因组DNA的质控结果 | 第44页 |
| 2.2 全基因组测序结果 | 第44-45页 |
| 2.3 全基因组的基本特征 | 第45-47页 |
| 2.4 全基因组组成与结构比较 | 第47-52页 |
| 2.5 多位点序列分型 | 第52页 |
| 2.6 毒力相关基因分析结果 | 第52-59页 |
| 2.7 嗜水气单胞菌毒力 | 第59-60页 |
| 2.8 核心基因和非核心基因 | 第60-62页 |
| 2.9 COG功能分类 | 第62-63页 |
| 2.10 基因组适应性区域 | 第63-73页 |
| 3 讨论 | 第73-76页 |
| 参考文献 | 第76-84页 |
| 第三章 ST251型嗜水气单胞菌的地理分布及生物学特性分析 | 第84-122页 |
| 1 材料与方法 | 第85-91页 |
| 1.1 菌株及实验动物 | 第85页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第85页 |
| 1.3 多位点序列分型及进化树分析 | 第85-86页 |
| 1.4 细菌对斑马鱼半数致死量(LD_(50))的测定 | 第86页 |
| 1.5 毒力相关因子的检测 | 第86页 |
| 1.6 ST251型菌株的地理分布 | 第86页 |
| 1.7 生长能力的测定 | 第86页 |
| 1.8 生物被膜形成能力的测定 | 第86-87页 |
| 1.9 运动能力的测定 | 第87页 |
| 1.10 细菌的透射电镜观察 | 第87-88页 |
| 1.11 细胞试验 | 第88-89页 |
| 1.12 细菌胞外产物活性的测定 | 第89-90页 |
| 1.13 小鼠模型感染试验 | 第90-91页 |
| 2 结果 | 第91-109页 |
| 2.1 多位点序列分型 | 第91页 |
| 2.2 嗜水气单胞菌对斑马鱼的半数致死量 | 第91-94页 |
| 2.3 进化树分析及毒力因子检测结果 | 第94-96页 |
| 2.4 ST251菌株的地理分布 | 第96-97页 |
| 2.5 生长能力的测定 | 第97-98页 |
| 2.6 生物被膜形成能力 | 第98-99页 |
| 2.7 运动能力 | 第99-101页 |
| 2.8 细菌的透射电镜观察 | 第101-102页 |
| 2.9 细胞试验 | 第102-104页 |
| 2.10 细菌胞外产物的活性 | 第104-106页 |
| 2.11 小鼠模型感染试验 | 第106-109页 |
| 3 讨论 | 第109-114页 |
| 参考文献 | 第114-122页 |
| 第四章 气单胞菌毒力评估模型的建立 | 第122-146页 |
| 1 材料和方法 | 第123-127页 |
| 1.1 菌株和虫株 | 第123-124页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第124页 |
| 1.3 气单胞菌对斑马鱼半数致死量的测定 | 第124页 |
| 1.4 四膜虫生长曲线的测定 | 第124-125页 |
| 1.5 四膜虫形态的观察 | 第125页 |
| 1.6 虫菌共培养对气单胞菌生长的影响 | 第125-126页 |
| 1.7 虫菌共培养对四膜虫生长的影响 | 第126页 |
| 1.8 培养基pH对四膜虫生长的影响 | 第126页 |
| 1.9 以四膜虫为模型评估气单胞菌毒力的可行性分析 | 第126-127页 |
| 2 结果 | 第127-140页 |
| 2.1 气单胞菌对斑马鱼的半数致死量 | 第127页 |
| 2.2 四膜虫的生长曲线 | 第127-128页 |
| 2.3 四膜虫形态的观察 | 第128-129页 |
| 2.4 虫菌共培养对气单胞菌生长的影响 | 第129-132页 |
| 2.5 虫菌共培养对四膜虫生长的影响 | 第132-135页 |
| 2.6 培养基pH对四膜虫生长的影响 | 第135-136页 |
| 2.7 以细菌相对存活率评估气单胞菌毒力的可行性分析 | 第136-137页 |
| 2.8 以四膜虫相对存活率评估气单胞菌毒力的可行性分析 | 第137-140页 |
| 3 讨论 | 第140-142页 |
| 参考文献 | 第142-146页 |
| 第五章 嗜水气单胞菌突变体库的建立及毒力相关基因的筛选 | 第146-174页 |
| 1 材料和方法 | 第147-153页 |
| 1.1 菌株、虫株、转座子及实验动物 | 第147-148页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第148页 |
| 1.3 引物的设计 | 第148-149页 |
| 1.4 插入突变体库的建立 | 第149-150页 |
| 1.5 插入突变株的筛选 | 第150页 |
| 1.6 转座子EZ-Tn5插入位点的鉴定 | 第150-152页 |
| 1.7 失活靶基因的生物信息学分析 | 第152页 |
| 1.8 生长能力的测定 | 第152页 |
| 1.9 突变株运动能力的测定 | 第152页 |
| 1.10 细胞毒性实验 | 第152页 |
| 1.11 突变株胞外产物活性的测定 | 第152-153页 |
| 2 结果 | 第153-165页 |
| 2.1 突变体库的建立 | 第153页 |
| 2.2 以四膜虫为模型筛选毒力减弱的突变株 | 第153页 |
| 2.3 以斑马鱼为模型筛选毒力减弱的突变株 | 第153-154页 |
| 2.4 转座子EZ-Tn5插入位点的鉴定 | 第154-155页 |
| 2.5 失活基因的生物信息学分析 | 第155-159页 |
| 2.6 突变株的毒力 | 第159-160页 |
| 2.7 突变株的生长能力 | 第160-161页 |
| 2.8 运动能力 | 第161-162页 |
| 2.8.1 游动能力 | 第161页 |
| 2.8.2 群集运动能力 | 第161-162页 |
| 2.9 细胞毒性试验 | 第162-164页 |
| 2.10 突变株胞外产物的活性 | 第164-165页 |
| 3 讨论 | 第165-169页 |
| 参考文献 | 第169-174页 |
| 第六章 chiA和trkH基因缺失株的构建及生物学特性分析 | 第174-198页 |
| 1 材料和方法 | 第175-182页 |
| 1.1 菌株、质粒及实验动物 | 第175-176页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及相关仪器 | 第176页 |
| 1.3 引物的设计 | 第176-178页 |
| 1.4 基因缺失株的构建 | 第178-180页 |
| 1.5 基因互补株的构建 | 第180页 |
| 1.6 实时荧光定量PCR验证 | 第180页 |
| 1.7 遗传稳定性分析 | 第180-181页 |
| 1.8 生长曲线的测定 | 第181页 |
| 1.9 运动能力的测定 | 第181页 |
| 1.10 细胞实验 | 第181页 |
| 1.11 细菌胞外产物活性的测定 | 第181页 |
| 1.12 细菌对斑马鱼半数致死量的测定 | 第181页 |
| 1.13 小鼠模型感染试验 | 第181页 |
| 1.14 统计分析 | 第181-182页 |
| 2 结果 | 第182-191页 |
| 2.1 基因敲除质粒的构建 | 第182页 |
| 2.2 基因缺失株的构建 | 第182-184页 |
| 2.3 互补质粒的构建 | 第184页 |
| 2.4 基因互补株的构建 | 第184-186页 |
| 2.5 实时荧光定量PCR验证 | 第186页 |
| 2.6 遗传稳定性分析 | 第186页 |
| 2.7 生长曲线的测定 | 第186-187页 |
| 2.8 运动能力 | 第187-188页 |
| 2.9 细菌的细胞毒性 | 第188页 |
| 2.10 细菌胞外产物的细胞毒性 | 第188-189页 |
| 2.11 细菌胞外产物的溶血活性 | 第189页 |
| 2.12 细菌胞外产物的蛋白酶活性 | 第189-190页 |
| 2.13 细菌对斑马鱼的半数致死量 | 第190页 |
| 2.14 小鼠组织细菌载量 | 第190-191页 |
| 3 讨论 | 第191-193页 |
| 参考文献 | 第193-198页 |
| 全文总结 | 第198-200页 |
| 附录 | 第200-214页 |
| 博士期间发表及待发表的论文 | 第214-216页 |
| 致谢 | 第216页 |
