| 目录 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 本文所用主要缩略词 | 第13-15页 |
| 上篇 文献综述 | 第15-33页 |
| 1. miRNA的起源与进化 | 第15-16页 |
| ·MIRNA基因的起源 | 第15-16页 |
| ·miRNA的进化 | 第16页 |
| 2. miRNAs的生物合成 | 第16-19页 |
| ·MIRNAs基因的表达调控 | 第16-17页 |
| ·miRNAs前体的加工运输 | 第17页 |
| ·miRNAs加工运输关键蛋白 | 第17-19页 |
| 3. miRNAs的调控机制 | 第19-20页 |
| 4. miRNAs在植物中的调控网络 | 第20-23页 |
| ·miRNA调控植物生长发育的各个方面 | 第20-21页 |
| ·miRNA参与植物激素调节 | 第21-22页 |
| ·miRNA响应生物和非生物胁迫 | 第22-23页 |
| 5. miRNAs及其靶基因的高通量鉴定 | 第23-25页 |
| ·植物小RNA群体的复杂性 | 第23-24页 |
| ·miRNA鉴定规则的建立与发展 | 第24页 |
| ·miRNA靶基因的鉴定 | 第24-25页 |
| 6. miRNA对拟南芥表皮毛发育的调控 | 第25-26页 |
| ·miRNA通过靶基因直接调控表皮毛的分布 | 第25-26页 |
| ·miRNA调控植物极性影响表皮毛的分布 | 第26页 |
| 7. 棉纤维细胞发育概述 | 第26-28页 |
| ·棉纤维发育相关基因 | 第26-27页 |
| ·植物激素参与调节棉纤维的起始 | 第27-28页 |
| 8. 棉花中miRNA的研究 | 第28-31页 |
| ·生物信息学预测棉花miRNA | 第28页 |
| ·高通量测序在棉花miRNA鉴定中的应用 | 第28-29页 |
| ·棉花胁迫响应miRNA的鉴定 | 第29页 |
| ·棉纤维起始发育期miRNA的研究 | 第29-31页 |
| 本研究的目的和意义 | 第31-33页 |
| 下篇 研究报告 | 第33-81页 |
| 第一章 陆地棉胚珠早期发育过程中microRNA的鉴定 | 第33-51页 |
| 1. 材料与方法 | 第33-41页 |
| ·实验材料 | 第33-34页 |
| ·棉花总RNA的提取 | 第34页 |
| ·小RNA文库的构建与测序 | 第34-35页 |
| ·小RNA数据生物信息学分析及miRNA预测 | 第35页 |
| ·miRNA靶基因的预测方法 | 第35-36页 |
| ·miRNA Northern blotting验证 | 第36-37页 |
| ·5’-RACE验证miRNA靶基因的切割 | 第37-41页 |
| 2. 结果与分析 | 第41-48页 |
| ·棉花胚珠中的小RNA分布 | 第41-42页 |
| ·棉花纤维起始发育时期miRNA的表达 | 第42-44页 |
| ·棉花纤维起始发育时期新miRNA的鉴定 | 第44页 |
| ·棉花纤维起始发育时期新鉴定miRNA的验证 | 第44-48页 |
| 3. 讨论 | 第48-51页 |
| ·两个库可以互相验证 | 第48页 |
| ·棉花新miRNA的鉴定 | 第48-51页 |
| 第二章 陆地棉全基因组microRNA鉴定及其在棉纤维起始发育过程中功能分析 | 第51-81页 |
| 1. 材料与方法 | 第52-58页 |
| ·植物材料 | 第52-53页 |
| ·棉花总RNA的提取 | 第53页 |
| ·小RNA文库的构建与测序 | 第53页 |
| ·测序数据的生物信息学处理 | 第53-54页 |
| ·miRNA预测过程 | 第54页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第54-55页 |
| ·miRNA靶基因的表达谱分析 | 第55页 |
| ·5’RACE验miRNA靶基因的切割 | 第55-58页 |
| 2. 结果与分析 | 第58-73页 |
| ·小RNA测序数据质量评估 | 第58-59页 |
| ·陆地棉基因组MIRNA基因扫描 | 第59-63页 |
| ·同一家族的不同成员差异表达 | 第63-65页 |
| ·棉纤维起始发育时期差异表达miRNA鉴定 | 第65-71页 |
| ·5’RACE验miRNA对靶基因的切割 | 第71-73页 |
| 3. 讨论 | 第73-81页 |
| ·陆地棉基因组应用于miRNA的鉴定 | 第73页 |
| ·陆地棉miRNA加工的保守性和多样性 | 第73-74页 |
| ·同一miRNA家族不同成熟体的差异表达 | 第74-75页 |
| ·纤维起始野生型和突变体中差异表达miRNA的鉴定 | 第75-76页 |
| ·用数字表达谱验证miRNA靶基因的表达 | 第76-81页 |
| 全文结论 | 第81-83页 |
| 论文创新点 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-99页 |
| 附录 | 第99-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表论文 | 第127页 |
