| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| Abbreviation | 第10-17页 |
| Chapter1 Introduction | 第17-34页 |
| 1.1 Maize(Zea mays L.) | 第17页 |
| 1.2 C4 Photosynthesis pathway | 第17-23页 |
| 1.2.1 Photosynthetic pigments | 第18-20页 |
| 1.2.2 Gas exchange processes | 第20页 |
| 1.2.3 Fluorescence processes | 第20-21页 |
| 1.2.4 Genetics regulation and evolution of C4 pathways in Maize | 第21-22页 |
| 1.2.5 Epigenetic regulation of C4 Pathways in Maize | 第22-23页 |
| 1.3 DNA methylation | 第23-28页 |
| 1.3.1 N5-methylcytosine(5mC) | 第23-24页 |
| 1.3.2 N6-methyladenine(6mA) | 第24页 |
| 1.3.3 Plant DNA methyltransferases and demethylases | 第24-28页 |
| 1.4 Approaches for estimating DNA Methylation | 第28-29页 |
| 1.4.1 HPLC-UV | 第28页 |
| 1.4.2 ELISA-Based Methods | 第28页 |
| 1.4.3 LC-MS/MS | 第28页 |
| 1.4.4 Restriction specific enzymes | 第28-29页 |
| 1.4.5 Immunoprecipitation of methylated DNA(meDIP) | 第29页 |
| 1.4.6 Sodium Bisulfite treatment | 第29页 |
| 1.5 Maize methylome | 第29-34页 |
| 1.5.1 Genomic Distribution of DNA Methylation in Maize | 第29-30页 |
| 1.5.2 Methylated Domains across the Maize Genome | 第30页 |
| 1.5.3 DNA Methylation profiling at Maize Genes | 第30-31页 |
| 1.5.4 DNA Methylation Profiling among TEs in Maize | 第31页 |
| 1.5.5 Sources of variation for the Maize Methylome and Inheritance | 第31-34页 |
| Chapter2 Phenotypic evaluation of maize inbred lines | 第34-45页 |
| 2.1 Introduction | 第34-35页 |
| 2.2 Material and Methods | 第35-37页 |
| 2.2.1 Plant material and growth conditions | 第35页 |
| 2.2.2 Gas Exchange and Chlorophyll fluorescence measurements | 第35-36页 |
| 2.2.3 Chlorophyll Content | 第36页 |
| 2.2.4 Statistical analysis | 第36-37页 |
| 2.3 Results | 第37-43页 |
| 2.3.1 Leaf color variation | 第37页 |
| 2.3.2 Photosynthesis related trait variation | 第37-41页 |
| 2.3.3 Chlorophyll contents | 第41-43页 |
| 2.4 Discussion | 第43-45页 |
| 2.4.1 Environmental cues mainly affect the photosynthesis efficiency | 第43-44页 |
| 2.4.2 Chlorophyll Fluorescence efficiency | 第44页 |
| 2.4.3 Chlorophyll accumulation | 第44-45页 |
| Chapter3 Characterization of the C4 pathway enzymes genes in Maize | 第45-58页 |
| 3.1 Introduction | 第45-46页 |
| 3.2 Material and Methods | 第46-48页 |
| 3.2.1 Plant materials and growth conditions | 第46页 |
| 3.2.2 Gene identification and sequence analysis | 第46-47页 |
| 3.2.3 RNA isolation | 第47-48页 |
| 3.2.4 cDNA synthesis | 第48页 |
| 3.2.5 Quantitative real time PCR | 第48页 |
| 3.3 Results | 第48-55页 |
| 3.3.1 Expression profiling of C4 photosynthetic genes | 第48-49页 |
| 3.3.2 Genomic analysis of Rubisco activase | 第49-50页 |
| 3.3.3 Expression profiling of Rubisco activase and subunits | 第50-51页 |
| 3.3.4 Expression profiling of classical C4 genes in maize | 第51-54页 |
| 3.3.5 Photosynthetic transcriptional factors | 第54-55页 |
| 3.4 Discussion | 第55-58页 |
| 3.4.1 Rubisco activase and their subunits are transcriptionally repressed in maize Leaves | 第55-56页 |
| 3.4.2 Classical genes are key C4 photosynthesis regulators | 第56-57页 |
| 3.4.3 Photosynthetic regulatory network | 第57-58页 |
| Chapter4 Estimation of global and photosynthetic gene specific associated methylation levels in Maize | 第58-70页 |
| 4.1 Introduction | 第58-60页 |
| 4.2 Material and Methods | 第60-64页 |
| 4.2.1 Plant materials and growth conditions | 第60页 |
| 4.2.2 DNA extraction | 第60页 |
| 4.2.3 Dot blot assay | 第60-61页 |
| 4.2.4 Liquid chromatography-mass spectrometry(LC-MS/MS)assay | 第61-62页 |
| 4.2.5 Bisulfite conversion and sequencing | 第62-63页 |
| 4.2.6 Primer designing | 第63页 |
| 4.2.7 PCR amplification | 第63页 |
| 4.2.8 Cloning and sequencing of the amplicon | 第63-64页 |
| 4.2.9 Data analysis | 第64页 |
| 4.3 Results | 第64-69页 |
| 4.3.1 Dot Blot analysis of DNA modifications | 第64-66页 |
| 4.3.2 LC-MS/MS analysis of DNA modifications | 第66-67页 |
| 4.3.3 Bisulfite Sequencing | 第67-69页 |
| 4.4 Discussion | 第69-70页 |
| 4.4.1 DNA modifications are dynamic in plants | 第69页 |
| 4.4.2 Contribution of methylation levels with phenotypic traits and gene expression | 第69-70页 |
| Conclusion | 第70-72页 |
| References | 第72-90页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第90-91页 |
| CV | 第91-92页 |
