基于网络重构的蛋白质复合物识别算法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-15页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第15页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第15-16页 |
| 第2章 蛋白质复合物识别算法综述 | 第16-23页 |
| 2.1 引言 | 第16-17页 |
| 2.2 蛋白质复合物识别算法研究 | 第17-22页 |
| 2.2.1 基于稠密子图的复合物识别算法 | 第17-18页 |
| 2.2.2 基于层次聚类的复合物识别算法 | 第18-19页 |
| 2.2.3 基于核-附属结构的复合物识别算法 | 第19-21页 |
| 2.2.4 其他蛋白质复合物识别方法 | 第21-22页 |
| 2.3 小结 | 第22-23页 |
| 第3章 运用图连通性理论重构蛋白质相互作用网络 | 第23-35页 |
| 3.1 引言 | 第23页 |
| 3.2 运用图连通性重构蛋白质网络 | 第23-26页 |
| 3.2.1 图连通性理论介绍 | 第23-25页 |
| 3.2.2 构造连通性网络 | 第25-26页 |
| 3.3 实验分析 | 第26-34页 |
| 3.3.1 数据集 | 第26页 |
| 3.3.2 评价指标 | 第26-28页 |
| 3.3.3 图连通网络性能分析 | 第28-31页 |
| 3.3.4 参数分析 | 第31-34页 |
| 3.4 小结 | 第34-35页 |
| 第4章 基于单元-核-附属方法的复合物识别算法 | 第35-50页 |
| 4.1 引言 | 第35-36页 |
| 4.2 基于单元-核-附属方法的复合物识别算法 | 第36-40页 |
| 4.2.1 边聚集系数 | 第36页 |
| 4.2.2 搜索复合物中的单元 | 第36-38页 |
| 4.2.3 扩展复合物的核 | 第38-39页 |
| 4.2.4 构造完整的复合物 | 第39-40页 |
| 4.3 实验分析 | 第40-49页 |
| 4.3.1 数据集与运行环境 | 第40-41页 |
| 4.3.2 与其他复合物识别算法的比较 | 第41-44页 |
| 4.3.3 生物意义显著性分析 | 第44-45页 |
| 4.3.4 生物本体注释分析 | 第45-46页 |
| 4.3.5 在图连通网络中的性能分析 | 第46-48页 |
| 4.3.6 参数分析 | 第48-49页 |
| 4.4 小结 | 第49-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第59-60页 |
| 附录B 攻读学位期间参加的科研项目 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
