| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 目录 | 第12-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-37页 |
| 1.1 生物体基因组的结构特征 | 第15-17页 |
| 1.1.1 原核生物基因的结构特征 | 第16页 |
| 1.1.2 真核生物基因的结构特征 | 第16-17页 |
| 1.1.3 病毒基因的结构特征 | 第17页 |
| 1.2 主要的生物信息数据库 | 第17-23页 |
| 1.2.1 基因组序列数据库 | 第17-18页 |
| 1.2.2 核酸序列数据库 | 第18-23页 |
| 1.3 微卫星序列概述 | 第23-29页 |
| 1.3.1 微卫星序列的发现 | 第23-24页 |
| 1.3.2 微卫星序列的分布 | 第24-25页 |
| 1.3.3 微卫星序列的功能 | 第25-27页 |
| 1.3.4 微卫星序列的应用 | 第27页 |
| 1.3.5 微卫星序列的识别和抽提工具 | 第27-29页 |
| 1.4 微卫星DNA扩增的分子机制 | 第29-33页 |
| 1.4.1 微卫星DNA的特殊结构 | 第29-30页 |
| 1.4.2 微卫星DNA扩增的复制模型 | 第30-31页 |
| 1.4.3 微卫星DNA扩增的修复模型 | 第31-32页 |
| 1.4.4 微卫星DNA扩增的重组模型 | 第32-33页 |
| 1.5 微卫星序列的扩增与人类疾病 | 第33-35页 |
| 1.5.1 编码区外显子微卫星序列扩增引发的人类疾病 | 第33-34页 |
| 1.5.2 5'-UTRs微卫星序列扩增引发的人类疾病 | 第34页 |
| 1.5.3 3'-UTRs微卫星序列扩增引发的人类疾病 | 第34-35页 |
| 1.5.4 编码区内含子微卫星序列扩增引发的人类疾病 | 第35页 |
| 1.5.5 启动子区微卫星序列扩增引发的人类疾病 | 第35页 |
| 1.6 本论文的研究工作 | 第35-37页 |
| 第2章 微卫星序列与基因组扩增 | 第37-51页 |
| 2.1 引言 | 第37-38页 |
| 2.2 数据集 | 第38-41页 |
| 2.3 方法理论 | 第41-44页 |
| 2.3.1 微卫星序列的抽提 | 第41-43页 |
| 2.3.2 统计学分析 | 第43-44页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第44-50页 |
| 2.4.1 基因组中有形成短串联重复序列的倾向 | 第44-46页 |
| 2.4.2 短串联重复碱基和基因组扩增 | 第46-49页 |
| 2.4.3 重复序列的“压力边界” | 第49-50页 |
| 2.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 第3章 微卫星序列与病毒基因组的协同进化分析 | 第51-68页 |
| 3.1 引言 | 第51-53页 |
| 3.2 数据集 | 第53-61页 |
| 3.3 微卫星序列的提取 | 第61页 |
| 3.4 结果 | 第61-65页 |
| 3.4.1 微卫星序列和基因组大小之间的相关性 | 第61-64页 |
| 3.4.2 重复单元和基因组大小之间的相关性 | 第64-65页 |
| 3.5 讨论 | 第65-67页 |
| 3.6 本章小结 | 第67-68页 |
| 第4章 主成分分析用于分析病毒基因组中微卫星序列的差异 | 第68-88页 |
| 4.1 引言 | 第68页 |
| 4.2 数据集 | 第68页 |
| 4.3 方法理论 | 第68-72页 |
| 4.3.1 微卫星序列的抽提 | 第68页 |
| 4.3.2 相对丰度和相对密度 | 第68-69页 |
| 4.3.3 主成分分析 | 第69-72页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第72-86页 |
| 4.4.1 主成分分析用于微卫星序列研究 | 第72-74页 |
| 4.4.2 微卫星序列的碱基组成偏好性分析 | 第74-76页 |
| 4.4.3 微卫星序列的相对丰度和相对密度表征 | 第76-86页 |
| 4.5 本章小结 | 第86-88页 |
| 第5章 比较基因组法分析甲型流感病毒(Influenza A virus)中的微卫星片段 | 第88-103页 |
| 5.1 引言 | 第88-90页 |
| 5.2 数据集 | 第90-93页 |
| 5.3 方法理论 | 第93-96页 |
| 5.3.1 微卫星序列的抽提 | 第93页 |
| 5.3.2 随机序列模型的选择 | 第93页 |
| 5.3.3 统计学分析 | 第93-96页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第96-102页 |
| 5.4.1 微卫星序列分布的广泛性 | 第96-98页 |
| 5.4.2 自然序列和随机模型产生的序列中串联重复片段的极显著性差异 | 第98-100页 |
| 5.4.3 微卫星序列与基因组变异 | 第100-102页 |
| 5.5 本章小结 | 第102-103页 |
| 第6章 微卫星序列在马铃薯病毒属(Potyvirus)物种中的组成分析 | 第103-113页 |
| 6.1 引言 | 第103-104页 |
| 6.2 数据集 | 第104-106页 |
| 6.3 方法理论 | 第106页 |
| 6.3.1 微卫星序列的抽提 | 第106页 |
| 6.3.2 微卫星序列的分析表征 | 第106页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第106-111页 |
| 6.4.1 微卫星序列的相对密度表征 | 第106-108页 |
| 6.4.2 微卫星序列的相对丰度表征 | 第108-109页 |
| 6.4.3 微卫星序列的碱基组成分析 | 第109-111页 |
| 6.4.4 微卫星序列的进化意义和马铃薯病毒属病毒的遗传多样性 | 第111页 |
| 6.5 本章小结 | 第111-113页 |
| 结论 | 第113-115页 |
| 参考文献 | 第115-130页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录 | 第130-132页 |
| 致谢 | 第132页 |
