| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-35页 |
| 1.1 背景：生物问题的物理描述 | 第15-23页 |
| 1.1.1 遗传信息的传递 | 第15-16页 |
| 1.1.2 从折叠到大尺度构象变化 | 第16-18页 |
| 1.1.3 生物分子的功能性运动 | 第18-21页 |
| 1.1.4 别构(Allostery) | 第21-22页 |
| 1.1.5 金属蛋白(Metalloprotein) | 第22-23页 |
| 1.2 生物分子模拟中的采样问题 | 第23-32页 |
| 1.2.1 采样方法简介 | 第24-25页 |
| 1.2.2 蛮力采样(Brute-Force Sampling) | 第25-26页 |
| 1.2.3 伞形抽样(Umbrella Sampling) | 第26-27页 |
| 1.2.4 Metadynamics方法 | 第27-29页 |
| 1.2.5 Metadynamics衍生方法 | 第29-32页 |
| 1.3 本文主要研究内容 | 第32-35页 |
| 第二章 Ca~(2+)配位耦台的钙调蛋白别构机制 | 第35-55页 |
| 2.1 引言：金属离子结合导致的蛋白质构象变化 | 第35-38页 |
| 2.2 模拟方法 | 第38-43页 |
| 2.2.1 Metadynamics中使用的反应坐标 | 第38-40页 |
| 2.2.2 配位概率 | 第40页 |
| 2.2.3 水分子介导的Glu31-Ca~(2+)配位 | 第40-41页 |
| 2.2.4 Metadynamics采样的收敛性 | 第41-43页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第43-53页 |
| 2.3.1 Ca~(2+)结合与EF-hand构象变化的耦合 | 第43-44页 |
| 2.3.2 EF_1和EF_2别构机制的不对称 | 第44-45页 |
| 2.3.3 Ca~(2+)的脱水以及天然配体的结合过程 | 第45-46页 |
| 2.3.4 Ca~(2+)结合到EF-hand上的分子机制 | 第46-50页 |
| 2.3.5 Ca~(2+)结合诱导的EF-hand螺旋夹角变化 | 第50-51页 |
| 2.3.6 水分子降低别构过程的自由能垒 | 第51-53页 |
| 2.4 本章小结 | 第53-55页 |
| 第三章 锌指蛋白识别5S rRNA过程中的结构变化和能量特性 | 第55-71页 |
| 3.1 引言：多结构域蛋白质对核酸分子的识别 | 第55-56页 |
| 3.2 模拟方法 | 第56-58页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第58-69页 |
| 3.3.1 结合5S rRNA导致的zf456构象变化 | 第58-63页 |
| 3.3.2 结合zf456导致的5S rRNA构象变化 | 第63-65页 |
| 3.3.3 Zf456-5S rRNA识别过程中的局域能量阻挫 | 第65-69页 |
| 3.4 本章小结 | 第69-71页 |
| 第四章 Lin28蛋白的锌指结构域对pre-let-7 miRNA的特异性识别 | 第71-83页 |
| 4.1 引言：Lin28蛋白对let-7 miRNA的调控 | 第71-76页 |
| 4.1.1 micro RNA简介 | 第71-72页 |
| 4.1.2 锌指蛋白结构家族简介 | 第72-74页 |
| 4.1.3 Lin28蛋白对let-7 miRNA的识别及调控 | 第74-76页 |
| 4.2 模拟方法 | 第76-77页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第77-82页 |
| 4.3.1 结合miRNA导致的ZnF12的构象变化 | 第77-79页 |
| 4.3.2 miRNA点突变对复合物结构的影响 | 第79-81页 |
| 4.3.3 miRNA点突变对结合强度和特异性的影响 | 第81-82页 |
| 4.4 本章小结 | 第82-83页 |
| 第五章 总结与展望 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-109页 |
| 论文列表 | 第109-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 附件 | 第112页 |
