| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-18页 |
| 1.1 稻瘟病菌概述 | 第11页 |
| 1.2 稻瘟病菌不同宿主来源菌株之间的分类关系 | 第11-12页 |
| 1.3 稻瘟病菌分泌蛋白与效应因子 | 第12-13页 |
| 1.4 转座子与病原菌快速进化的关系 | 第13-14页 |
| 1.5 比较基因组学与群体遗传学在研究宿主-病原菌互作中的应用 | 第14-15页 |
| 1.6 碳代谢基因CARBOHYDRATE-ACTIVE ENZYMES (CAZYMES) | 第15页 |
| 1.7 宿主驯化对病原菌的进化影响 | 第15-16页 |
| 1.8 本研究的意义 | 第16-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.1 材料 | 第18-20页 |
| 2.1.1 菌株与植物材料 | 第18页 |
| 2.1.2 质粒 | 第18-19页 |
| 2.1.3 培养基 | 第19页 |
| 2.1.4 试剂 | 第19-20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-24页 |
| 2.2.1 不同来源稻瘟病菌菌株的形态学比较 | 第20-21页 |
| 2.2.1.1 不同来源稻瘟病菌菌株的生长速度测定 | 第20页 |
| 2.2.1.2 菌丝形态比较 | 第20页 |
| 2.2.1.3 孢子形态观察 | 第20页 |
| 2.2.1.4 交配型测定试验 | 第20-21页 |
| 2.2.2 不同来源稻瘟病菌菌株的全基因组测序 | 第21页 |
| 2.2.3 稻瘟病菌不同来源菌株的全基因组比较 | 第21-22页 |
| 2.2.3.1 碳代谢相关基因的预测 | 第21页 |
| 2.2.3.2 全基因组SNP分析与基于SNP序列的进化树构建 | 第21页 |
| 2.2.3.3 稻瘟病菌染色体重排 | 第21-22页 |
| 2.2.3.4 分泌蛋白预测与菌株间比较 | 第22页 |
| 2.2.3.5 稻瘟病菌无毒基因的微进化分析 | 第22页 |
| 2.2.3.6 稻瘟病菌全基因组重复元件分析 | 第22页 |
| 2.2.4 稻瘟病菌异源互补 | 第22-23页 |
| 2.2.5 转化载体构建 | 第23-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-44页 |
| 3.1 不同来源菌株的形态、分类和宿主专一性特点 | 第24-26页 |
| 3.2 不同宿主来源菌株的全基因组测序结果及基于全基因组信息的亲缘关系 | 第26-28页 |
| 3.3 稻瘟病菌不同来源菌株与70-15相比的染色体重排 | 第28-30页 |
| 3.4 碳代谢相关基因CAZYMES 比较 | 第30-31页 |
| 3.5 稻瘟病菌全基因组SNP分布 | 第31-33页 |
| 3.6 差异基因分析与功能注释 | 第33-35页 |
| 3.7 分泌蛋白谱比较 | 第35-39页 |
| 3.8 转座子在全基因组的插入情况 | 第39-40页 |
| 3.9 稻瘟病菌无毒基因的微进化 | 第40-44页 |
| 4 讨论 | 第44-48页 |
| 4.1 不同来源菌株的形态学与营养方式差异 | 第44-45页 |
| 4.2 稻瘟病菌的遗传进化与自然选择 | 第45-46页 |
| 4.3 稻瘟病菌分泌蛋白组的快速进化 | 第46页 |
| 4.4 稻瘟病菌无毒基因的微进化 | 第46-48页 |
| 5 展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 附录 | 第54-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
