| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 目录 | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状及分析 | 第9-12页 |
| 1.3 本文内容和结构 | 第12-14页 |
| 第2章 新一代测序与基因组序列拼接 | 第14-24页 |
| 2.1 新一代测序技术简介 | 第14-18页 |
| 2.1.1 新一代测序技术的产生背景 | 第14页 |
| 2.1.2 新一代测序技术的测序平台及测序策略 | 第14-17页 |
| 2.1.3 新一代测序技术的特点 | 第17-18页 |
| 2.2 基因组序列拼接面临的主要挑战 | 第18-20页 |
| 2.3 基因组序列拼接的主要策略 | 第20-23页 |
| 2.3.1 贪心策略 | 第20页 |
| 2.3.2 交叠-排列-生成共有序列(OLC)策略 | 第20-21页 |
| 2.3.3 De Bruijn 图策略 | 第21-22页 |
| 2.3.4 拼接算法的比较 | 第22-23页 |
| 2.4 基因组序列拼接的改进方向 | 第23页 |
| 2.5 本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 基于 reads 引导的基因组序列拼接算法 | 第24-46页 |
| 3.1 总体思路 | 第24-25页 |
| 3.2 reads 拼接 | 第25-35页 |
| 3.2.1 拼接前 reads 数据预处理 | 第25-26页 |
| 3.2.2 De Bruijn 图的建立 | 第26-29页 |
| 3.2.3 contigs 构建 | 第29-35页 |
| 3.3 contigs 组装 | 第35-45页 |
| 3.3.1 配对文库参数的校正 | 第35-36页 |
| 3.3.2 contigs 相对位置的确定 | 第36-41页 |
| 3.3.3 contigs 连接 | 第41-43页 |
| 3.3.4 gaps 填充 | 第43-45页 |
| 3.4 本章小结 | 第45-46页 |
| 第4章 算法验证及结果分析 | 第46-52页 |
| 4.1 算法的输入与输出 | 第46-48页 |
| 4.2 序列拼接的评价标准 | 第48-49页 |
| 4.3 评测结果及分析 | 第49-51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-52页 |
| 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59页 |