| Acknowledgements | 第4-10页 |
| LIST OF FIGURES | 第10-12页 |
| LIST OF TABLES | 第12-13页 |
| ABSTRACT | 第13-14页 |
| 摘要 | 第15-16页 |
| PART Ⅰ | 第16-115页 |
| CHAPTER 1.INTRODUCTION | 第17-45页 |
| 1.1.Genetic Basis of Phenotype Variation | 第17-20页 |
| 1.2.Identifying Genes Affecting Quantitative Traits | 第20-32页 |
| 1.2.1.Mutagenesis | 第20-23页 |
| 1.2.2.QTL Mapping | 第23-29页 |
| 1.2.2.1.Basis Concepts of QTL mapping | 第23-26页 |
| 1.2.2.2.Molecular Markers | 第26-27页 |
| 1.2.2.3.High Resolution Mapping | 第27-28页 |
| 1.2.2.4.From QTL to Gene | 第28-29页 |
| 1.2.3.Genetical Genomics | 第29-32页 |
| 1.3.Ethanol Tolerance in the Budding Yeast Saccharomyces cerevisiae | 第32-43页 |
| 1.3.1.Yeast as a model organism | 第32-34页 |
| 1.3.2.Ethanol tolerance in yeast | 第34-43页 |
| 1.3.2.1.Ethanol Fermentation with Yeast | 第34-35页 |
| 1.3.2.2.Biochemical/Physiological Determinants of Ethanol Tolerance in Yeast | 第35-40页 |
| 1.3.2.3.Progress in Genetic Dissection of Ethanol Tolerance in Yeast | 第40-43页 |
| 1.4.Objective | 第43-45页 |
| CHAPTER 2.SELECTION OF HIGHLY PHENOTYPICALLY DIVERGENT STRAINS | 第45-68页 |
| 2.1.Reagents and Solutions | 第46-49页 |
| 2.1.1.Reagents | 第46页 |
| 2.1.2.Solutions | 第46-49页 |
| 2.2.Materials | 第49-50页 |
| 2.2.1.Strains | 第49页 |
| 2.2.2.Plasmids | 第49-50页 |
| 2.3.Methods | 第50-61页 |
| 2.3.1.Phenotype Scoring of Ethanol Tolerance | 第50页 |
| 2.3.2.Preparation of Competent Cells | 第50-51页 |
| 2.3.3.Bacteria Transformation | 第51-52页 |
| 2.3.4.Plasmid Extraction | 第52-53页 |
| 2.3.5.Yeast Transformation | 第53-54页 |
| 2.3.6.Yeast DNA Extraction | 第54-55页 |
| 2.3.7.Yeast Tetrad Spores Dissection | 第55-56页 |
| 2.3.8.HO Gene Knockout | 第56-57页 |
| 2.3.9.Diploidization and Mating-type Switch | 第57-58页 |
| 2.3.10.Selection of Parent Strains with Divergent Ethanol Tolerance Phenotype | 第58-61页 |
| 2.3.11.Gene Dosage Assay | 第61页 |
| 2.4.Results | 第61-66页 |
| 2.4.1.Phenotype Distribution in 53 Yeast Strains | 第61-62页 |
| 2.4.2.Selection for Parent Strain with Low Ethanol Tolerance | 第62-65页 |
| 2.4.3.Performance of Haploid and Diploid Strains | 第65-66页 |
| 2.5.Discussion | 第66-68页 |
| CHAPTER 3.GENOMEWIDE SCANNING FOR ET QTL AND CANDIDATE QTL GENES IN F_2 POPULATION | 第68-87页 |
| 3.1.Reagents and Materials | 第69-70页 |
| 3.1.1.Reagents | 第69-70页 |
| 3.1.2.Materials | 第70页 |
| 3.2.Methods | 第70-76页 |
| 3.2.1.Establishment of F_2 Mapping Population | 第70-71页 |
| 3.2.2.Screening of Short Tandem Repeat Markers | 第71页 |
| 3.2.3.Screening of SNP Markers | 第71页 |
| 3.2.4.Genotyping | 第71-72页 |
| 3.2.5.DNA Gel Extraction | 第72-73页 |
| 3.2.6.PCR Purification | 第73-74页 |
| 3.2.7.DNA Sequencing | 第74-75页 |
| 3.2.8.Mapping Ethanol-tolerance QTL | 第75-76页 |
| 3.3.Results | 第76-85页 |
| 3.3.1.F_2 Mapping Population | 第76-77页 |
| 3.3.2.Molecular Marker | 第77-78页 |
| 3.3.3.Genomewide Scanning for ET QTL and Candidate QTL Genes | 第78-81页 |
| 3.3.4.Multi-locus Association Analysis | 第81-85页 |
| 3.4.Discussion | 第85-87页 |
| CHAPTER 4.FINE MAPPING USING RECURRENT SELECTION AND BACKCROSS BREEDING SCHEME | 第87-108页 |
| 4.1.Background | 第87-88页 |
| 4.2.Theoretical Basis of RSB | 第88-90页 |
| 4.3.Materials | 第90-91页 |
| 4.4.Methods | 第91-94页 |
| 4.4.1.Construction of Parent Strains with Opposite Mating Types | 第91页 |
| 4.4.2.RSB Breeding Scheme | 第91-92页 |
| 4.4.3.Genotyping of RSB Individuals | 第92-93页 |
| 4.4.4.Test for Maker-ET Association in RSB Mapping Population | 第93-94页 |
| 4.5.Results | 第94-104页 |
| 4.5.1.Construction of RSB Populations | 第94-98页 |
| 4.5.1.1.Selection of Highly Tolerant Segregants | 第94-95页 |
| 4.5.1.2.Selection of Sensitive Segregants | 第95-96页 |
| 4.5.1.3.Introgression of Donor Genes at Two STR Loci | 第96-98页 |
| 4.5.2.Marker-ET Association | 第98-102页 |
| 4.5.3.Fine Mapping on Chromosome 9 and Functional Evaluation of the Candidate Gene | 第102-104页 |
| 4.6.Discussion | 第104-108页 |
| BIBLIOGRAPHY | 第108-115页 |
| PART Ⅱ | 第115-172页 |
| CHAPTER 5.INTRODUCTION | 第116-129页 |
| 5.1.Backgronud | 第116-119页 |
| 5.2.DNA Microarray | 第119-123页 |
| 5.3.Allelic Variation Scanning Using DNA Microarray | 第123页 |
| 5.4.Simultaneous Genotyping and Gene Expression Measurement | 第123-126页 |
| 5.5.Objective | 第126-129页 |
| CHAPTER 6.YEAST AND BARLEY MICROARRAY DATA | 第129-144页 |
| 6.1.Materials and Datasets | 第129-130页 |
| 6.1.1.Yeast Strains and RSB Mapping Population | 第129页 |
| 6.1.2.Yeast Genomic DNA Hybridizaiton and RNA Profiling Microarray Data | 第129-130页 |
| 6.1.3.Barley Expression Profiling Microarray Data | 第130页 |
| 6.1.4.Sources of Check Data | 第130页 |
| 6.2.Experiment Protocols for Yeast Genome 2.0 Arrays | 第130-144页 |
| 6.2.1.Reagents | 第131-132页 |
| 6.2.2.Labeled Genomic DNA Preparation | 第132-134页 |
| 6.2.2.1.Preparation of Yeast Cells for DNA Extraction | 第132页 |
| 6.2.2.2.Isolation of DNA from Yeast | 第132-133页 |
| 6.2.2.3.Determination of Yield and Purity of the DNA | 第133页 |
| 6.2.2.4.Genomic DNA Fragmentation | 第133-134页 |
| 6.2.2.5.Terminal Labeling and Checking of Labeling Efficiency | 第134页 |
| 6.2.2.6.Quantifying Labeled DNA | 第134页 |
| 6.2.3.RNA Target Preparation | 第134-142页 |
| 6.2.3.1.Preparation of Yeast Cells for RNA Extraction | 第134-135页 |
| 6.2.3.2.Hot Phenol Extraction of RNA from Yeast | 第135-136页 |
| 6.2.3.3.Purification of Total RNA from Yeast | 第136-137页 |
| 6.2.3.4.Preparation of Poly-A RNA Controls for One-Cycle cDNA Synthesis | 第137页 |
| 6.2.3.5.First-Strand cDNA Synthesis | 第137-138页 |
| 6.2.3.6.Second-Strand cDNA Synthesis | 第138-139页 |
| 6.2.3.7.Cleanup of Double-Stranded cDNA | 第139页 |
| 6.2.3.8.Synthesis of Biotin-Labeled cRNA | 第139-140页 |
| 6.2.3.9.Cleanup of Biotin-Labeled cRNA | 第140-141页 |
| 6.2.3.10.Quantification of Biotin-Labeled cRNA | 第141页 |
| 6.2.3.11.Fragmenting the cRNA for Target Preparation | 第141-142页 |
| 6.2.4.Microarray Hybridization | 第142页 |
| 6.2.5.Washing,Staining,and Scanning | 第142-144页 |
| CHAPTER 7.STATISTICAL INFERENCE OF SINGLE FEATURE POLYMORPHISMS | 第144-163页 |
| 7.1 Analytical Model | 第144-147页 |
| 7.2.SFP Genotyping | 第147-148页 |
| 7.3.Calculation of True Discovery Rate and Rate of False Negative | 第148-150页 |
| 7.4.Results | 第150-163页 |
| 7.4.1.Predictability of PM Hybridization Intensity | 第151-152页 |
| 7.4.2.Consistency in SFPs Predicted from Parallel DNA and RNA Datasets | 第152-154页 |
| 7.4.3.Proportion of Differentially Expressed Genes | 第154-155页 |
| 7.4.4.Mutual Predictability among Different Methods | 第155-157页 |
| 7.4.5.Efficiency to Predict Sequence Polymorphisms | 第157-160页 |
| 7.4.6.Genotyping and Genetic Map Construction Using SFP | 第160-163页 |
| CHAPTER 8.DISCUSSION | 第163-168页 |
| BIBLIOGRAPHY | 第168-172页 |
| LIST OF PUBLICATIONS | 第172-173页 |
