| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 基因组结构研究 | 第11-13页 |
| 1.2 比较基因组学研究 | 第13-14页 |
| 1.3 被子植物的全基因组加倍 | 第14页 |
| 1.4 茄科植物的起源与多倍化研究 | 第14-16页 |
| 1.5 基因组的同源共线研究 | 第16页 |
| 1.6 研究内容 | 第16-17页 |
| 1.7 研究方案 | 第17-19页 |
| 1.7.1 数据材料的获取与预处理 | 第17页 |
| 1.7.2 基因组内和基因组间的同源比对 | 第17页 |
| 1.7.3 构建基因组内、间结构同源性点阵图 | 第17-18页 |
| 1.7.4 获得基因组的同源片段及其在进化关系上的区分 | 第18页 |
| 1.7.5 以同源进化关系为基础的染色体进化分析 | 第18页 |
| 1.7.6 获取共线性支持的基因同源性列表 | 第18-19页 |
| 1.7.7 基因组结构进化与特定基因表达水平、功能的关联分析 | 第19页 |
| 1.8 研究的前景与意义 | 第19-21页 |
| 第2章 茄科基因组同源结构的比较基因组学分析 | 第21-28页 |
| 2.1 数据材料 | 第21页 |
| 2.2 研究方法 | 第21-23页 |
| 2.2.1 原始数据的下载与预处理 | 第21-22页 |
| 2.2.2 基因组内、间序列的同源性比对 | 第22页 |
| 2.2.3 构建基因组内、间的结构同源性点阵图 | 第22-23页 |
| 2.3 结果与分析 | 第23-27页 |
| 2.3.1 基因组内的同源比对与结构解析 | 第23-24页 |
| 2.3.2 基因组间的同源比对与结构解析 | 第24-26页 |
| 2.3.3 茄科共有的全基因三倍乘事件 | 第26-27页 |
| 2.4 小结 | 第27-28页 |
| 第3章 茄科作物多基因组的联合比对图谱构建 | 第28-37页 |
| 3.1 数据材料 | 第28页 |
| 3.2 研究方法 | 第28-29页 |
| 3.2.1 基因组的同源共线片段搜索及分类 | 第28-29页 |
| 3.2.2 构建多基因组联合比对列表及其统计分析 | 第29页 |
| 3.3 结果与分析 | 第29-36页 |
| 3.3.1 同源共线基因片段的推断与统计 | 第29-33页 |
| 3.3.2 同源共线基因的获取与多物种联合比对图谱的构建 | 第33-36页 |
| 3.4 小结 | 第36-37页 |
| 第4章 茄科作物基因组重复基因丢失与古老加倍时间测定 | 第37-46页 |
| 4.1 数据材料 | 第37页 |
| 4.2 研究方法 | 第37-39页 |
| 4.2.1 基因丢失的统计 | 第37-38页 |
| 4.2.2 物种进化事件的时间推断 | 第38-39页 |
| 4.2.3 估算祖先基因组的含量 | 第39页 |
| 4.3 结果与分析 | 第39-46页 |
| 4.3.1 基因组的进化与基因丢失 | 第39-41页 |
| 4.3.2 推断茄科物种发生的主要进化事件 | 第41-43页 |
| 4.3.3 各物种祖先基因组基因含量的推断 | 第43-46页 |
| 第5章 讨论 | 第46-49页 |
| 5.1 茄科专属的全基因三倍乘 | 第46页 |
| 5.2 茄科物种基因组的分化与基因丢失 | 第46-47页 |
| 5.3 物种分化时间的矫正 | 第47-49页 |
| 结论 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-58页 |
| 附录A 不同条件茄科物种的同源基因对和同源片段数量 | 第58-59页 |
| 附录B 茄科物种的系统发育与染色体进化关系 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 导师简介 | 第61-62页 |
| 作者简介 | 第62-63页 |
| 学位论文数据集 | 第63页 |
