| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 引言 | 第13-15页 |
| 第一章 综述 | 第15-30页 |
| 1.1 青藏高原的演变 | 第15-17页 |
| 1.2 高海拔适应机制的研究进展 | 第17-22页 |
| 1.2.1 鱼类的适应性进化 | 第18-19页 |
| 1.2.2 其他物种的适应性进化 | 第19-22页 |
| 1.2.3 小结 | 第22页 |
| 1.3 裂腹鱼类研究进展 | 第22-23页 |
| 1.3.1 裂腹鱼类的分布和类群特征 | 第22-23页 |
| 1.3.2 裂腹鱼类的起源和演化 | 第23页 |
| 1.4 转录组学概述 | 第23-26页 |
| 1.4.1 测序技术的发展 | 第24-26页 |
| 1.4.2 RNA-seq技术的运用 | 第26页 |
| 1.5 适应性进化分析 | 第26-30页 |
| 1.5.1 分子进化的动力 | 第26-27页 |
| 1.5.2 分子进化的中性学说 | 第27页 |
| 1.5.3 中性突变的类型 | 第27-28页 |
| 1.5.4 适应性进化分析方法 | 第28-30页 |
| 第二章 怒江裂腹鱼和软刺裸鲤的转录组比较研究 | 第30-51页 |
| 2.1 材料和方法 | 第30-38页 |
| 2.1.1 动物伦理学说明 | 第30-31页 |
| 2.1.2 样本采集 | 第31页 |
| 2.1.3 总RNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.1.4 cDNA文库构建和Illumina测序 | 第32-33页 |
| 2.1.5 生物信息分析 | 第33-38页 |
| 2.2 研究结果 | 第38-49页 |
| 2.2.1 转录组过滤及拼接结果 | 第38-39页 |
| 2.2.2 转录组注释结果 | 第39-42页 |
| 2.2.3 单拷贝直系同源基因家族及进化速率 | 第42-44页 |
| 2.2.4 正选择基因及其功能富集 | 第44-46页 |
| 2.2.5 低氧相关基因的鉴定 | 第46-49页 |
| 2.3 小结和讨论 | 第49-51页 |
| 第三章 四种裂腹鱼的转录组比较研究 | 第51-80页 |
| 3.1 材料和方法 | 第51-57页 |
| 3.1.1 动物伦理学说明 | 第51页 |
| 3.1.2 样本采集 | 第51-52页 |
| 3.1.3 总RNA的提取 | 第52页 |
| 3.1.4 cDNA文库构建和Illumina测序 | 第52页 |
| 3.1.5 生物信息分析 | 第52-57页 |
| 3.2 研究结果 | 第57-77页 |
| 3.2.1 Illumina测序和de novo组装 | 第57-58页 |
| 3.2.2 转录组注释 | 第58-60页 |
| 3.2.3 单拷贝直系同源基因家族 | 第60页 |
| 3.2.4 系统发育树和分歧年代 | 第60-61页 |
| 3.2.5 裂腹鱼类的快速进化 | 第61-65页 |
| 3.2.6 正选择基因及富集分析 | 第65-69页 |
| 3.2.7 基因表达差异结果及富集分析 | 第69-77页 |
| 3.3 小结和讨论 | 第77-80页 |
| 结论 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-91页 |
| 在学期间的研究成果 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
