| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-26页 |
| 1.1 碳硫的生物化学循环与硫氧化微生物 | 第12-18页 |
| 1.2 硫氧化代谢途径及其机制 | 第18-22页 |
| 1.2.1 细菌硫氧化途径 | 第18-20页 |
| 1.2.2 古菌代谢途径 | 第20页 |
| 1.2.3 不同SOB种类的硫化合物氧化途径 | 第20-22页 |
| 1.3 微生物多样性研究 | 第22-23页 |
| 1.4 微生物基因组学研究进展 | 第23-24页 |
| 1.5 课题研究目的和内容 | 第24-26页 |
| 1.5.1 本课题研究的目的 | 第24页 |
| 1.5.2 本课题研究内容 | 第24-26页 |
| 第二章 珠江水体中CO_2固定与硫氧化细菌多样性分析 | 第26-66页 |
| 2.1 引言 | 第26-27页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第27-37页 |
| 2.2.1 采样 | 第27页 |
| 2.2.2 水样各位点物质离子浓度测定 | 第27-31页 |
| 2.2.3 水样基因组的提取与纯化 | 第31-32页 |
| 2.2.4 各位点硫氧化功能基因soxB, Sqr, dsrA与RubisCO基因扩增 | 第32-33页 |
| 2.2.5 各位点硫氧化功能基因soxB, Sqr, dsrA的Q-PCR分析 | 第33-35页 |
| 2.2.6 功能基因的高通量测序及数据分析 | 第35-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-63页 |
| 2.3.1 珠江中下游各个位点水体中各物质的浓度 | 第37-38页 |
| 2.3.2 四个位点水样基因组DNA提取结果 | 第38-39页 |
| 2.3.3 Sqr, soxB, dsrA与cbbL, cbbM基因扩增结果 | 第39-40页 |
| 2.3.4 硫氧化功能基因soxB, Sqr, dsrA的Q-PCR结果 | 第40-42页 |
| 2.3.5 水样Sqr基因多样性分析 | 第42-47页 |
| 2.3.6 水样soxB基因高通量测序结果分析 | 第47-51页 |
| 2.3.7 水样dsrA基因多样性分析 | 第51-55页 |
| 2.3.8 水样cbbL基因多样性分析 | 第55-59页 |
| 2.3.9 水样cbbM基因多样性分析 | 第59-63页 |
| 2.4 本章小结 | 第63-66页 |
| 第三章 硫氧化细菌的富集、筛选及其鉴定 | 第66-82页 |
| 3.1 引言 | 第66页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第66-69页 |
| 3.2.1 样品准备 | 第66页 |
| 3.2.2 培养基 | 第66-67页 |
| 3.2.3 硫氧化细菌的富集与分离方法 | 第67页 |
| 3.2.4 硫氧化细菌基因组DNA的提取 | 第67-68页 |
| 3.2.5 硫氧化细菌的 16S rRNA鉴定 | 第68页 |
| 3.2.6 硫氧化细菌固定CO_2与硫氧化能力相关功能基因鉴定 | 第68-69页 |
| 3.2.7 序列进化树分析 | 第69页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第69-81页 |
| 3.3.1 硫氧化细菌的富集 | 第69页 |
| 3.3.2 硫氧化细菌的分离与菌落形态 | 第69-72页 |
| 3.3.3 分离菌株的 16S rRNA基因序列系统发育分析 | 第72-74页 |
| 3.3.4 硫氧化细菌cbbL, cbbM, soxB, Sqr与dsrA鉴定结果与分析 | 第74-81页 |
| 3.3.4.1 筛选菌株功能基因鉴定 | 第74-78页 |
| 3.3.4.2 基于筛选菌株功能基因序列的系统发育进化分析 | 第78-81页 |
| 3.4 本章小结 | 第81-82页 |
| 第四章 硫氧化细菌Halothiobacillus LS2基因组学研究 | 第82-101页 |
| 4.1 引言 | 第82页 |
| 4.2 实验方法 | 第82-84页 |
| 4.2.1 菌株LS2的生长曲线测定 | 第82页 |
| 4.2.2 菌株LS2的耐盐性 | 第82-83页 |
| 4.2.3 碳源、氮源利用实验 | 第83页 |
| 4.2.4 含硫化合物利用实验 | 第83页 |
| 4.2.5 菌株LS2的基因组学分析 | 第83-84页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第84-99页 |
| 4.3.1 菌株LS2的生长曲线测定 | 第84-85页 |
| 4.3.2 菌株LS2的耐盐性检测 | 第85-86页 |
| 4.3.3 菌株LS2碳源氮源的利用情况 | 第86-87页 |
| 4.3.4 含硫化合物利用实验 | 第87页 |
| 4.3.5 全基因组测序数据产出及数据控制 | 第87页 |
| 4.3.6 通用功能基因注释 | 第87-89页 |
| 4.3.7 比较基因组学分析 | 第89-92页 |
| 4.3.8 硫氧化相关途径预测 | 第92-95页 |
| 4.3.9 碳代谢及CO_2固定相关途径预测 | 第95-97页 |
| 4.3.10 氮代谢 | 第97页 |
| 4.3.11 不利环境抵抗机制 | 第97-99页 |
| 4.4 本章小结 | 第99-101页 |
| 结论与展望 | 第101-104页 |
| 参考文献 | 第104-113页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 附件 | 第115页 |
