| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 珠江水域广州段污染现状 | 第12页 |
| 1.2 参与氮循环微生物与功能基因 | 第12-17页 |
| 1.2.1 氨氧化和氨氧化微生物 | 第13-14页 |
| 1.2.2 硝化和硝化微生物 | 第14-15页 |
| 1.2.3 反硝化和反硝化微生物 | 第15-17页 |
| 1.2.4 固氮作用 | 第17页 |
| 1.2.5 厌氧氨氧化 | 第17页 |
| 1.3 高通量测序、宏基因组和宏转录组测序 | 第17-22页 |
| 1.3.1 高通量测序技术分析群落多样性 | 第17-19页 |
| 1.3.2 宏基因组测序 | 第19-20页 |
| 1.3.3 宏转录组测序 | 第20-22页 |
| 1.4 本研究的目的和内容 | 第22-23页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第22页 |
| 1.4.2 研究的目的及意义 | 第22页 |
| 1.4.3 技术路线 | 第22-23页 |
| 第二章 珠江水体细菌和古菌 16S rRNA基因的高通量测序 | 第23-41页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料与方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 水样的采集 | 第23-24页 |
| 2.2.2 NH_4~+、NO_2~-和NO_3~-浓度的测定 | 第24页 |
| 2.2.3 水样基因组DNA的提取 | 第24-25页 |
| 2.2.4 细菌和古菌 16S rRNA基因的Illumina Miseq测序样品制备 | 第25-26页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第26-38页 |
| 2.3.1 珠江广州流域不同位点水样的NH_4~+、NO_2~-和NO_3~-浓度 | 第26页 |
| 2.3.2 水样基因组DNA提取结果 | 第26-27页 |
| 2.3.3 Illumina Miseq测序样品制备结果 | 第27页 |
| 2.3.4 细菌 16S rRNA基因高通量测序结果 | 第27-33页 |
| 2.3.5 古菌 16S rRNA基因的高通量测序结果和分析 | 第33-38页 |
| 2.4 本章小结 | 第38-41页 |
| 第三章 珠江水体反硝化功能基因的高通测序 | 第41-76页 |
| 3.1 引言 | 第41页 |
| 3.2 材料和方法 | 第41-45页 |
| 3.2.1 水样的采集 | 第41页 |
| 3.2.2 水样基因组DNA的提取 | 第41页 |
| 3.2.3 Illumina Miseq测序样品制备 | 第41-42页 |
| 3.2.4 实时荧光定量PCR标准品的制备 | 第42-44页 |
| 3.2.5 实时荧光定量PCR | 第44-45页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第45-74页 |
| 3.3.1 水样基因组DNA提取结果 | 第45页 |
| 3.3.2 高通量测序样品制备结果 | 第45-46页 |
| 3.3.3 nap A高通量测序结果和分析 | 第46-50页 |
| 3.3.4 细菌-nir K基因的高通量测序和结果 | 第50-55页 |
| 3.3.5 AOA-nir K基因高通测序结果和分析 | 第55-61页 |
| 3.3.6 nir S的高通量测序结果和分析 | 第61-67页 |
| 3.3.7 nos Z的高通量测序结果和分析 | 第67-72页 |
| 3.3.8 反硝化功能基因的丰度分析 | 第72-74页 |
| 3.4 本章小结 | 第74-76页 |
| 第四章 珠江水体的宏基因组与宏转录组测序 | 第76-100页 |
| 4.1 引言 | 第76页 |
| 4.2 材料和方法 | 第76-80页 |
| 4.2.1 样品采集 | 第76页 |
| 4.2.2 环境总DNA的提取 | 第76页 |
| 4.2.3 环境总RNA的提取 | 第76-78页 |
| 4.2.4 宏基因组测序分析方法 | 第78-79页 |
| 4.2.5 宏转录组测序分析方法 | 第79-80页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第80-99页 |
| 4.3.1 宏基因组测序结果 | 第80-84页 |
| 4.3.2 宏转录组测序结果 | 第84-89页 |
| 4.3.3 基于kegg的硝化和反硝化功能基因注释 | 第89-93页 |
| 4.3.4 基于nr数据库的硝化和反硝化功能基因注释结果 | 第93-99页 |
| 4.4 本章小结 | 第99-100页 |
| 结论与展望 | 第100-103页 |
| 结论 | 第100-101页 |
| 创新点 | 第101页 |
| 展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-109页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 附件 | 第111页 |
