| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第11-18页 |
| 1.1 荒漠化的危害及其防治 | 第11页 |
| 1.2 生物土壤结皮 | 第11-12页 |
| 1.2.1 生物土壤结皮 | 第11页 |
| 1.2.2 生物土壤结皮的形成 | 第11页 |
| 1.2.3 生物土壤结皮的类型 | 第11-12页 |
| 1.2.4 生物土壤结皮的功能 | 第12页 |
| 1.3 不产氧光营养细菌和固氮细菌 | 第12-13页 |
| 1.3.1 不产氧光营养细菌 | 第12-13页 |
| 1.3.2 固氮菌 | 第13页 |
| 1.4 微生物多样性 | 第13-15页 |
| 1.4.1 微生物多样性的研究现状 | 第13-14页 |
| 1.4.2 微生物多样性的研究方法 | 第14-15页 |
| 1.4.2.1 传统平板培养法 | 第14页 |
| 1.4.2.2 生物化学方法 | 第14-15页 |
| 1.4.2.3 分子生物学方法 | 第15页 |
| 1.5 高通量测序技术 | 第15-17页 |
| 1.5.1 Roche 454 GSFLX+System | 第15-16页 |
| 1.5.2 Life Technologies Ion Torrent | 第16页 |
| 1.5.3 Illuminate Solexa测序法 | 第16页 |
| 1.5.4 高通量测序在微生物学研究中的应用 | 第16-17页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-30页 |
| 2.1 采样地点概述 | 第18页 |
| 2.2 材料 | 第18-21页 |
| 2.2.1 样品采集与处理 | 第18页 |
| 2.2.2 主要仪器设备 | 第18-20页 |
| 2.2.3 实验试剂与配方 | 第20-21页 |
| 2.3 实验方法 | 第21-30页 |
| 2.3.1 生物土壤结皮各类指标的测定方法 | 第21-23页 |
| 2.3.2 生物土壤结皮样本总DNA的提取方法 | 第23-24页 |
| 2.3.3 Biolog ECO板系统 | 第24页 |
| 2.3.4 MiSeq测序实验流程 | 第24-25页 |
| 2.3.5 生物信息分析流程 | 第25-30页 |
| 2.3.5.1 优化序列统计 | 第25页 |
| 2.3.5.2 稀释型曲线 | 第25页 |
| 2.3.5.3 OTU聚类分析 | 第25-26页 |
| 2.3.5.4 分类学分析 | 第26-27页 |
| 2.3.5.5 多样性指数分析 | 第27页 |
| 2.3.5.6 Shannon-Wiener曲线 | 第27页 |
| 2.3.5.7 OTU分布的Venn图 | 第27-28页 |
| 2.3.5.8 PCoA分析 | 第28页 |
| 2.3.5.9 基于Beta多样性距离的非度量多维尺度分析(NMDS) | 第28页 |
| 2.3.5.10 多样本相似度树状图Hcluster-Tree | 第28页 |
| 2.3.5.11 热图 | 第28页 |
| 2.3.5.12 LEfSE分析 | 第28-29页 |
| 2.3.5.13 PCA分析 | 第29页 |
| 2.3.5.14 RDA/CCA分析 | 第29页 |
| 2.3.5.15 Rank-Abundance曲线 | 第29-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-55页 |
| 3.1 土壤理化性质 | 第30-31页 |
| 3.2 生物土壤结皮样本代谢功能分析比较 | 第31-33页 |
| 3.3 生物土壤结皮微生物多样性和群落结构分析 | 第33-55页 |
| 3.3.1 测序样本的质量检测 | 第33-35页 |
| 3.3.1.1 样本的稀释曲线 | 第33-34页 |
| 3.3.1.2 样本的Shannon-Wiener曲线 | 第34-35页 |
| 3.3.2 样本的OTU聚类和多样性指数分析 | 第35-36页 |
| 3.3.3 OTU分布的Venn图 | 第36-37页 |
| 3.3.4 主坐标分析(PCoA分析) | 第37-39页 |
| 3.3.5 基于Beta多样性距离的非度量多维尺度分析(NMDS) | 第39-41页 |
| 3.3.6 多样本相似度树状图 | 第41-42页 |
| 3.3.7 热图 | 第42-44页 |
| 3.3.8 LEfSE分析 | 第44-46页 |
| 3.3.9 主成分分析 | 第46-48页 |
| 3.3.10 RDA分析 | 第48-49页 |
| 3.3.11 群落结构分析 | 第49-55页 |
| 3.3.11.1 门水平群落结构分析 | 第49-51页 |
| 3.3.11.2 属水平群落结构分析 | 第51-55页 |
| 4 讨论 | 第55-59页 |
| 4.1 生物土壤结皮土壤理化性质 | 第55页 |
| 4.2 生物土壤结皮代谢功能 | 第55-56页 |
| 4.3 生物土壤结皮细菌多样性 | 第56-57页 |
| 4.4 生物土壤结皮不产氧光营养细菌多样性 | 第57-58页 |
| 4.5 生物土壤结皮固氮细菌多样性 | 第58-59页 |
| 5 结论 | 第59-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 作者简介 | 第69页 |
