| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-48页 |
| 1. 蛋白质组学简介 | 第13-14页 |
| 2. 质谱技术 | 第14-22页 |
| ·生物质谱离子化技术 | 第14-16页 |
| ·基质辅助激光解析电离 | 第14-15页 |
| ·电喷雾电离 | 第15-16页 |
| ·质谱仪的种类 | 第16-22页 |
| ·离子阱和四级杆质量分析器 | 第17-19页 |
| ·飞行时间质量分析器和与其相关的串联质谱仪 | 第19-21页 |
| ·傅立叶变换离子回旋共振和Orbitrap质量分析器 | 第21-22页 |
| 3. 分离技术 | 第22-26页 |
| ·高压液相色谱技术 | 第23页 |
| ·反相色谱技术 | 第23-24页 |
| ·多维液相分离技术 | 第24-25页 |
| ·亲水相互作用色谱 | 第25页 |
| ·静电排斥亲水相互作用色谱 | 第25-26页 |
| ·毛细管电泳分离技术 | 第26页 |
| 4. 蛋白质组学研究策略 | 第26-29页 |
| ·自下而上(Bottom-Up)分析策略 | 第27-28页 |
| ·自上而下(Top-Down)分析策略 | 第28-29页 |
| 5. 定量蛋白质组学 | 第29-35页 |
| ·化学反应标签法 | 第29-32页 |
| ·稳定同位素代谢整合法 | 第32-34页 |
| ·非标记定量法 | 第34-35页 |
| 6. 磷酸化蛋白质组学 | 第35-46页 |
| ·磷酸化蛋白和肽段的亲和富集法 | 第36-42页 |
| ·免疫亲和层析富集法 | 第37-38页 |
| ·固定金属离子亲和层析技术 | 第38-39页 |
| ·二氧化钛层析技术 | 第39-40页 |
| ·SIMAC技术 | 第40-41页 |
| ·磷酸钙沉淀法 | 第41-42页 |
| ·化学衍生法 | 第42页 |
| ·各种富集方法之间比较 | 第42-43页 |
| ·串联质谱的磷酸化肽段测序 | 第43-46页 |
| ·碰撞诱导碎裂(Collision-induced dissociation,CID) | 第44页 |
| ·电子捕获碎裂(Electron capture dissociation,ECD) | 第44-45页 |
| ·电子转移碎裂(Electron transfer dissociation,ETD) | 第45-46页 |
| 7. DNA错配修复及DNA损伤应答 | 第46-48页 |
| 第二章 不同高效液相色谱方法对磷酸化肽段分离的比较 | 第48-79页 |
| 1. 本课题主要研究内容及意义 | 第48-49页 |
| 2. 实验材料和方法 | 第49-58页 |
| ·细胞培养及肽段样品制备 | 第49页 |
| ·蛋白浓度测定 | 第49-50页 |
| ·酶解肽段的C18反相色谱柱脱盐 | 第50页 |
| ·IMAC填料制备及磷酸化肽段富集方法 | 第50-51页 |
| ·SCX分离磷酸化肽段 | 第51-52页 |
| ·HILIC分离磷酸化肽段 | 第52-53页 |
| ·ERLIC分离磷酸化肽段 | 第53-55页 |
| ·ERLIC-nV分离磷酸化肽段 | 第53-54页 |
| ·ERLIC-V分离磷酸化肽段 | 第54-55页 |
| ·ZiptipC18脱盐 | 第55-56页 |
| ·RPLC-MS/MS质谱分析 | 第56-57页 |
| ·质谱数据分析 | 第57页 |
| ·磷酸化基序分析 | 第57-58页 |
| ·磷酸化蛋白网络分析 | 第58页 |
| 3. 实验结果和讨论 | 第58-77页 |
| ·实验策略 | 第58-59页 |
| ·四种HPLC方法的色谱图 | 第59-61页 |
| ·四种HPLC方法鉴定的磷酸化肽段数目 | 第61-62页 |
| ·磷酸化位点分布比较 | 第62-63页 |
| ·磷酸化肽段和非磷酸化肽段分布比较 | 第63-65页 |
| ·多磷酸化肽段分布比较 | 第65-67页 |
| ·四种HPLC方法对磷酸化肽段分离能力的比较 | 第67-69页 |
| ·四种HPLC方法正交性比较 | 第69-71页 |
| ·GO(gene ontology)分析 | 第71-72页 |
| ·磷酸化基序分析 | 第72-75页 |
| ·鉴定出的磷酸化蛋白在DNA损伤应答网络中的分析 | 第75-77页 |
| 4. 小结 | 第77-79页 |
| 第三章 DNA损伤应答机制的蛋白质组学分析 | 第79-114页 |
| 1. 本课题主要研究内容及意义 | 第79-80页 |
| 2. 实验材料和方法 | 第80-90页 |
| ·细胞培养 | 第80页 |
| ·流式细胞仪分析 | 第80-81页 |
| ·DNA片断分析 | 第81页 |
| ·SILAC培养基配制及标记细胞 | 第81-82页 |
| ·MNNG刺激细胞及蛋白样品制备 | 第82页 |
| ·细胞核蛋白样品制备 | 第82-83页 |
| ·蛋白浓度测定 | 第83-84页 |
| ·Western Blot | 第84-85页 |
| ·蛋白胰酶消化 | 第85页 |
| ·酶解肽段的C18反相色谱柱脱盐 | 第85页 |
| ·IMAC填料制备及磷酸化肽段富集方法 | 第85-87页 |
| ·HILIC分离肽段 | 第87-88页 |
| ·RPLC-MS/MS质谱分析 | 第88-89页 |
| ·数据库搜索 | 第89页 |
| ·定量数据分析 | 第89-90页 |
| ·STRING分析 | 第90页 |
| ·NetworKIN分析 | 第90页 |
| 3. 实验结果和讨论 | 第90-111页 |
| ·MNNG刺激后细胞状态分析 | 第90-92页 |
| ·实验策略 | 第92-94页 |
| ·定量蛋白质组数据概况 | 第94-96页 |
| ·TK6细胞中蛋白相互作用网络分析 | 第96-102页 |
| ·TK6细胞中已定量磷酸化蛋白上游激酶预测 | 第102-105页 |
| ·TK6细胞中的核质穿梭蛋白 | 第105-106页 |
| ·TK6和MT1蛋白质组定量数据比较 | 第106-108页 |
| ·在TK6和MT1细胞中均存在定量信息的蛋白分析 | 第108-111页 |
| 4. 小结 | 第111-114页 |
| 总结 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-133页 |
| 中英文对照表 | 第133-134页 |
| 附表1 | 第134-148页 |
| 附表2 | 第148-154页 |
| 在读期间发表的文章 | 第154-155页 |
| 致谢 | 第155页 |
